เปลือกกระดองของนอติลอยด์มีลักษณะที่สำคัญ 3 ประการ คือห้องด้านใน ไซฟังเคิล และเส้นรอยเชื่อมบนเปลือกกระดองซึ่งเป็นลักษณะที่พบได้ในแอมโมนอยด์ด้วย

ผนังบางๆที่กั้นห้องด้านใน (คาเมอรา) ของเปลือกกระดองเรียกว่า “เซฟต้า” เมื่อนอติลอยด์เจริญเติบโตขึ้นมันจะคลายตัวเองออกจากผนังกั้นของเปลือกหอยแล้วขยับตัวเองไปทางด้านหน้า จากนั้นก็จะสร้างผนังกั้นแผ่นใหม่ขึ้นมาทางด้านหลังของมัน ผนังกั้นห้องแต่ละแผ่นที่สร้างเพิ่มขึ้นมานั้นจะทำให้เกิดห้องคาเมอราห้องใหม่ขึ้นมา ตัวหอยนอติลอยด์เองซึ่งเป็นเนื้อเยื่ออ่อนนุ่มจะอาศัยอยู่ในห้องสุดท้ายของเปลือกหอยที่เรียกกันว่า “บอดี้แชมเบอร์” หรือ ”ลิฟวิ่งแชมเบอร์”

ผนังกั้นห้องจะมีท่อไซฟังเคิลเป็นท่อยาวร้อยผ่านผนังกั้นและผ่านห้องด้านในของเปลือกกระดองทั้งหมด โดยรอบๆของท่อไซฟังเคิลเป็นโครงสร้างที่ทำจากแร่อะราโกไนต์ คอผนัง และวงแหวนเชื่อมต่อ (อะราโกไนต์เป็นโพลีมอร์ฟหนึ่งของแคลเซียมคาร์บอเนตซึ่งเมื่อกลายเป็นซากดึกดำบรรพ์จะเปลี่ยนไปเป็นแร่แคลไซต์) ในห้องด้านในที่ว่างเปล่าของนอติลอยด์รุ่นแรกบางชนิดจะมีตะกรันของสารแคลเซียมคาร์บอเนตตกสะสมอยู่ (เรียกว่า cameral deposits) หรือภายในท่อไซฟังเคิล (เรียกว่า endosiphuncular deposits) ซึ่งเป็นกระบวนการหนึ่งที่อาจเกี่ยวข้องกับการควบคุมการลอยตัวของตัวหอย ธรรมชาติของท่อไซฟังเคิลและตำแหน่งของมันภายในเปลือกกระดองมีความสำคัญในการจำแนกนอติลอยด์

เส้นรอยเชื่อมเห็นได้เป็นชุดของลายเส้นแคบๆที่คดโค้งไปมาบนผิวของเปลือกกระดองซึ่งจะเป็นตำแหน่งที่ผนังกั้นห้องแต่ละแผ่นไปเชื่อมสัมผัสกับผนังของเปลือกกระดองด้านนอก เส้นรอยเชื่อมของนอติลอยด์นี้จะมีรูปร่างลักษณะง่ายๆอาจเป็นเพียงเส้นตรงหรือโค้งเว้าเล็กน้อย นี้แตกต่างไปจากลักษณะเส้นรอยเชื่อมที่เป็นแบบซิกแซ๊กของโกนิเอไทต์และจะมีความซับซ้อนมากยิ่งขึ้นในเส้นรอยเชื่อมของแอมโมไนต์