ภายหลังพุทธกาล ชื่อเมืองนาลันทาเงียบหายไประยะหนึ่ง หลวงจีนฟาเหียนซึ่งจาริกมาสืบศาสนาในชมพูทวีป ราว พ.ศ. 944-953 บันทึกไว้ว่าได้พบเพียงสถูปองค์หนึ่งที่นาลันทา แต่ต่อมาไม่นาน กษัตริย์ราชวงศ์คุปตะพระองค์หนึ่งพระนามว่าศักราทิตย์ หรือกุมารคุปตะที่ 1 ซึ่งครองราชย์ประมาณ พ.ศ. 958-998 ได้ทรงสร้างวัดอันเป็นสถานศึกษาขึ้นแห่งหนึ่งที่เมืองนาลันทา และกษัตริย์พระองค์ ต่อๆ มาในราชวงศ์นี้ก็ได้สร้างวัดอื่นๆ เพิ่มขึ้นในโอกาสต่างๆ จนมีถึง 6 วัด อยู่ในบริเวณใกล้เคียงกัน ในที่สุดได้มีการสร้างกำแพงใหญ่อันเดียวล้อมรอบ ทำให้วัดทั้ง 6 รวมเข้าด้วยกันเป็นหนึ่งเดียว เรียกว่า นาลันทามหาวิหาร และได้กลายเป็นศูนย์กลางการศึกษาที่ยิ่งใหญ่ แห่งสำคัญยิ่ง ที่นักประวัติศาสตร์สมัยปัจจุบัน เรียกกันทั่วไปว่า “มหาวิทยาลัยนาลันทา”