ในประมาณ พ.ศ. 1742 กองทัพมุสลิมเติรกส์ได้ยกมารุกรานรบชนะกษัตริย์แห่งชมพูทวีปฝ่ายเหนือ และเข้าครอบครองดินแดนโดยลำดับ กองทัพมุสลิมเติรกส์ได้เผาผลาญทำลายวัดและปูชนียสถานในพุทธศาสนาลงแทบทั้งหมด และสังหารผู้ที่ไม่ยอมเปลี่ยนศาสนา นาลันทามหาวิหารก็ถูกเผาผลาญทำลายลงในช่วงระยะเวลานั้นด้วย มีบันทึกของนักประวัติศาสตร์ชาวมุสลิมเล่าว่า ที่นาลันทา พระภิกษุถูกสังหารแทบหมดสิ้น และมหาวิทยาลัยนาลันทาก็ก้าวถึงความพินาศสูญสิ้นลงแต่บัดนั้นมา

จากการบันทึกของท่าน ตารนาท ธรรมสวามินปราชญ์เขียนเอาไว้ว่า พอกองทัพมุสลิมยกทัพกลับไปแล้ว พระ นักศึกษา และพระอาจารย์ ที่มหาวิทยาลัยสงฆ์นาลันทา ซึ่งเหลืออยู่ประมาณ 70 องค์ ก็พากันออกมาจากที่ซ่อน ทำการสำรวจข้าวของที่ยังหลงเหลืออยู่ รวบรวมเท่าที่จะหาได้ ปฏิสังขรณ์ตัดทอนกันเข้าก็พอได้ใช้สอยกันต่อมา และ ท่านมุทิตาภัทร รัฐมนตรีของกษัตริย์ในสมัยนั้นได้จัดทุนทรัพย์จำนวนหนึ่ง ส่งไปจากแคว้นมคธ เพื่อช่วยเหลือซ่อมแซมปฏิสังขรณ์วัดวาอารามที่นาลันทาขึ้นมาใหม่แต่ก็ทำได้บางส่วนเท่านั้น

แต่แล้ววันหนึ่งได้มีปริพาชก 2 คนได้เข้ามาประกอบพิธีกรรมทางศาสนาของตนขึ้นและคงคิดว่าเพียงพอแล้วที่จะอยู่ที่นี่ต่อไป จึงได้รวบรวมเศษไม้แล้วก่อไฟขึ้น พร้อมทั้งขว้างปาดุ้นฟืนที่ติดไฟไปตามสถานที่ต่างๆ โดยรอบ จนกระทั่งเกิดไฟลุกไหม้ไปทั่วมหาวิทยาลัยนาลันทา ก็เป็นอันแหลกลาญเป็นผุยผง สุดที่จะทำการซ่อมแซมปฏิสังขรณ์ให้คืนดีได้ดังเดิม มหาวิทยาลัยนาลันทา อันเลื่องชื่อลือนาม ก็เป็นอันสิ้นสุดลง ถูกปล่อยให้รกร้างว่างเปล่า มาตั้งแต่บัดนั้นซากของนาลันทาที่ถูกขุดค้นพบในภายหลัง ยังประกาศยืนยันอย่างชัดเจนถึงความยิ่งใหญ่ของนาลันทาในอดีตในปลายพุทธศตวรรษที่ 25