พระเจ้าหรรษาวรรธนะ มหาราชพระองค์หนึ่งของอินเดีย ซึ่งครองราชย์ระหว่าง พ.ศ. 1149-1191 ก็ได้ทรงเป็นองค์อุปถัมภ์ของมหาวิทยาลัยนาลันทา หลวงจีนเหี้ยนจัง (พระถังซำจั๋ง) ซึ่งจาริกมาสืบพระศาสนาในอินเดียในรัชกาลนี้ ในช่วง พ.ศ. 1172-1187 ได้มาศึกษาที่นาลันทามหาวิหาร และได้เขียนบันทึกบรรยายอาคารสถานที่ที่ใหญ่โตและศิลปกรรมที่วิจิตรงดงาม ท่านเล่าถึงกิจกรรมทางการศึกษา ที่รุ่งเรืองยิ่ง นักศึกษามีประมาณ 10,000 คน และมีอาจารย์ประมาณ 1,500 คน พระมหากษัตริย์พระราชทานหมู่บ้าน 200 หมู่โดยรอบให้ โดยทรงยกภาษีที่เก็บได้ให้เป็นค่าบำรุงมหาวิทยาลัย ผู้เล่าเรียนไม่ต้องเสียค่าใช้จ่ายใดๆ ทั้งสิ้น วิชาที่สอนมีทั้งปรัชญา โยคะ ศัพทศาสตร์ เวชชศาสตร์ ตรรกศาสตร์ นิติศาสตร์ นิรุกติศาสตร์ ตลอดจนโหราศาสตร์ ไสยศาสตร์ และตันตระ

แต่ที่เด่นชัดก็คือนาลันทาเป็นศูนย์กลางการศึกษาพุทธศาสนาฝ่ายมหายาน และเพราะความที่มีกิตติศัพท์เลื่องลือมาก จึงมีมีนักศึกษาเดินทางมาจากต่างประเทศหลายแห่ง เช่น จีน ญี่ปุ่น เอเซียกลาง สุมาตรา ชวา ทิเบต และมองโกเลีย เป็นต้น หอสมุดของนาลันทาใหญ่โตมากและมีชื่อเสียงไปทั่วโลก เมื่อคราวที่ถูกเผาทำลายในสมัยต่อมา มีบันทึกกล่าวว่าหอสมุดนี้ไหม้อยู่เป็นเวลาหลายเดือน หลวงจีนอี้จิงซึ่งจาริกมาในระยะประมาณ พ.ศ. 1223 ก็ได้มาศึกษาที่นาลันทาและได้เขียนบันทึกเล่าไว้อีก นาลันทารุ่งเรืองสืบมาช้านานจนถึงสมัยราชวงศ์ปาละ (พ.ศ. 1303-1685) กษัตริย์ราชวงศ์นี้ก็ทรงอุปถัมภ์มหาวิหารแห่งนี้ เช่นเดียวกับมหาวิทยาลัยอื่นๆ โดยเฉพาะโอทันตปุระที่ได้ทรงสถาปนาขึ้นใหม่

อย่างไรก็ดี ในระยะหลังๆ นาลันทาได้หันไปสนใจการศึกษาพุทธศาสนาแบบตันตระ ที่ทำให้เกิดความย่อหย่อนและหลงเพลินทางกามารมณ์ ซึ่งเมื่อพระที่ควรงดเว้นเรื่องกามตามหลักคำสอนของพระพุทธศาสนา กลับหันมาเสพกามเสียแล้ว ก็ทำให้เหล่าอุบาสก อุบาสิกาเริ่มเสื่อมศรัทธาจนส่งผลให้ไม่สนใจใยดีพระศาสนา ปล่อยให้เป็นหน้าที่ของพระสงฆ์ฝ่ายเดียวต่างจากลัทธิพราหมณ์เริ่มที่จะปรับตัวจนกลายมาเป็น ฮินดู การปรับตัวนั้นก็เพื่อต่อสู้กับการเจริญเติบโตของพุทธศาสนา จากลัทธิพราหมณ์ที่ไม่มีนักบวช ก็มี ไม่มีวัด ก็มี จากการเข่นฆ่าบูชายัญสัตว์ ก็หันมานับถือสัตว์บางประเภทและประกาศไม่กินเนื้อ เช่น วัว สร้างเรื่องให้พระพุทธเจ้าก็กลายเป็นอวตารหนึ่งของเทพเจ้าในศาสนาฮินดูและทำให้พุทธศาสนากลมกลืนกับศาสนาฮินดูมากขึ้น ซึ่งเป็นเหตุสำคัญอย่างหนึ่งแห่งความเสื่อมโทรมของพระพุทธศาสนา