น้ำพริกลงเรือ ประกอบไปด้วยกะปิ พริกขี้หนู พริกชี้ฟ้า กระเทียม น้ำปลา น้ำตาล มะนาว กระเทียมดอง ไข่เค็ม (เฉพาะไข่แดง) ปลาดุกฟู และหมูหวาน โดยตำเช่นน้ำพริกทั่วไปก่อนใส่หมูหวานลงไปคลุกเคล้า เสร็จสรรพจึงตักใส่ชาม แล้วโรยด้วยปลาดุกฟูกรอบ ไข่เค็ม และกระเทียมดองตกแต่งให้สวยงาม เคียงด้วยผักต้มหรือผักสดตามชอบ[2][5] และควรปรุงให้มีรสชาติครบทั้งสามรส[3] คือมีทั้งรสเปรี้ยวเค็มหวานกลมกล่อมอย่างเท่า ๆ กันไม่มีรสใดนำโดดเด็ดขาด[2]

แต่ในปัจจุบันได้มีการดัดแปลงส่วนประกอบเพื่อให้เข้ากับรสชาติที่นิยมในปัจจุบัน เช่น ใส่มะดัน มะอึกเพื่อเพิ่มรสเปรี้ยว หรือไม่ใส่หมูหวานและปลาดุกฟู ดั่งในโรงแรมสวนสุนันทาที่ยังคงรักษาสูตรดั้งเดิมไว้ ทั้งมีการดัดแปลงส่วนประกอบตามความประสงค์ของผู้รับประทานด้วย[2]

นอกจากนี้ยังมีการดัดแปลงข้าวผัดที่มีส่วนประกอบเดียวกับน้ำพริกลงเรือ แต่นำเข้าไปผัดกับข้าวแล้วจัดจานด้วยผักตามชอบ เรียกข้าวผัดน้ำพริกลงเรือ[6]