ปัจจัยหลายอย่าง เช่น ความต้องการวัตถุดิบและความปลอดภัยผลักดันให้อังกฤษดำเนินการรุกรานมากขึ้นต่อรัฐมาเลย์ ระหว่างพุทธศตวรรษที่ 22 – 24 มะละกาอยู่ภายใต้การปกครองของดัตช์ ในสงครามนโปเลียนระหว่าง พ.ศ. 2354 – 2359 มะละกาอยู่ภายใต้การยึดครองของอังกฤษเช่นเดียวกับดินแดนอื่นของดัตช์ในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ เพื่อป้องกันไม่ให้ฝรั่งเศสเข้ามาอ้างสิทธิ์ เมื่อสงครามสิ้นสุดลงใน พ.ศ. 2359 มะละกากลับมาอยู่ภายใต้การปกครองของดัตช์ ใน พ.ศ. 2367 อังกฤษและดัตช์ลงนามในข้อตกลงที่เรียกสนธิสัญญาแองโกล-ดัตช์ พ.ศ. 2367 ซึ่งเป็นการโอนมะละกาให้อังกฤษ สนธิสัญญานี้ยังแบ่งโลกมาเลย์เป็นสองฝั่ง และเป็นที่มาของการแบ่งแยกระหว่างมาเลเซียและอินโดนีเซียในปัจจุบัน

ยะโฮร์และสิงคโปร์

แผนที่ของเยอรมัน พ.ศ. 2431 แสดงเกาะสิงคโปร์

สิงคโปร์สมัยใหม่ก่อตั้งโดยเซอร์สแตมฟอร์ด รัฟเฟิล ก่อนการจัดตั้งสิงคโปร์ รัฟเฟิลเป็นรองผู้ว่าการชวาระหว่าง พ.ศ. 2354 – 2359 ใน พ.ศ. 2361 เขาเห็นว่าอังกฤษต้องการสถานีการค้าแห่งใหม่เพื่อต่อสู้กับอิทธิพลทางการค้าของดัตช์ เขาได้เดินทางไปสิงคโปร์ ซึ่งเป็นเกาะอยู่ปลายสุดของแหลมมลายู เกาะนี้ปกครองโดยเตอเมิงกุง

สิงคโปร์อยู่ภายใต้การควบคุมของเติงกูอับดุลเราะห์มาน สุลต่านแห่งยะโฮร์-รีเยาโดยอยู่ภายใต้อิทธิพลของดัตช์และบูกิส สุลต่านไม่เคยทำความตกลงกับอังกฤษเกี่ยวกับสิงคโปร์ สุลต่านอับดุลเราะห์มานครองราชย์หลังจากสุลต่านองค์ก่อนที่เป็นพระบิดาสิ้นพระชนม์เมื่อ พ.ศ. 2355 และพี่ชายของพระองค์คือเติงกูฮุสเซนหรือเติงกูลงถูกตัดสิทธิ์เพราะเดินทางไปแต่งงานที่ปาหัง เติงกูฮุสเซนไม่พอใจและเตอเมิงกูที่สิงคโปร์นิยมเติงกูฮุสเซนมากกว่า

ในตอนแรก อังกฤษยอมรับสุลต่านอับดุลเราะห์มาน จนกระทั่ง พ.ศ. 2361 ฟาร์กวูฮารฺไปเยี่ยมเติงกูฮุสเซนที่เกาะเปอเญองัต ใกล้กับชายฝั่งบินตัน เมืองหลวงของรีเยา แผนการใหม่ได้ถูกร่างขึ้น และใน พ.ศ. 2362 รัฟเฟิลได้ติดต่อกับเติงกูฮุสเซน และทำข้อตกลงว่าอังกฤษจะยอมรับเติงกูฮุสเซนเป็นผู้ปกครองสิงคโปร์ถ้าเขาอนุญาตให้ตั้งสถานีการค้าที่นั่น และจะได้รับเงินรายปีจากอังกฤษ ได้ลงนามในสนธิสัญญาเมื่อ 6 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2361 ด้วยความช่วยเหลือของเตอเมิงกุง เติงกูฮุสเซนได้เดินทางมาถึงสิงคโปร์และตั้งตัวเป็นสุลต่าน ดัตช์ไม่พอใจการกระทำของรัฟเฟิล อย่างไรก็ตาม หลังการลงนามในสนธิสัญญาแองโกล-ดัตช์ พ.ศ. 2367 สนธิสัญญานี้ได้แบ่งรัฐยะโฮร์เดิมออกเป็นสองส่วนคือยะโฮร์สมัยใหม่และรัฐสุลต่านรีเยา

นิคมช่องแคบ

แสตมป์จากนิคมช่องแคบเมื่อ พ.ศ. 2426

หลังจากที่อังกฤษได้สิงคโปร์มาตามสนธิสัญญาแองโกล-ดัตช์ พ.ศ. 2367 อังกฤษพยายามรวมศูนย์การบริหารปีนัง มะละกา และสิงคโปร์ ใน พ.ศ. 2369 ได้สร้างกรอบสำหรับนิคมช่องแคบโดยมีปีนังเป็นเมืองหลวง ต่อมาใน พ.ศ. 2375 ได้ย้ายเมืองหลวงไปสิงคโปร์ ต่อมา เกาะคริสต์มาส หมู่เกาะโคโคส ลาบวน และดินดิงในเประได้รวมเข้ามาในนิคมช่องแคบ แต่เดิม นิคมช่องแคบอยู่ภายใต้การควบคุมของบริษัทอินเดียตะวันออกที่กัลกัตตา จนบริษัทสลายตัวใน พ.ศ. 2401 และบริติชอินเดียจนถึง พ.ศ. 2410 แต่ต่อมา ได้เกิดความขัดแย้งในการบริหารงาน ใน พ.ศ. 2410 ได้เปลี่ยนมาขึ้นกับสำนักงานอาณานิคมในลอนดอนโดยตรง ซึ่งแสดงถึงความเป็นอิสระและอิทธิพลภายในจักรวรรดิอังกฤษ

ใน พ.ศ. 2489 หลังสงครามโลกครั้งที่ 2 อาณานิคมได้สลายไป มะละกากับปีนังรวมเข้ากับสหภาพมลายา สิงคโปร์แยกออกมาเป็นอาณานิคมต่างหาก ต่อมา สหภาพมลายาถูกแทนที่ด้วยสหพันธรัฐมลายาใน พ.ศ. 2491 และใน พ.ศ. 2506 รวมกับบอร์เนียวเหนือ ซาราวัก และสิงคโปร์กลายเป็นมาเลเซีย

กลุ่มรัฐมาเลย์ทางเหนือและสยาม

อังกฤษและฝรั่งเศสกดดันสยามให้ส่งมอบดินแดนในอินโดจีนและคาบสมุทรมาเลย์

ในช่วงปลายพุทธศตวรรษที่ 24 บริษัทอินเดียตะวันออกสนใจเฉพาะการค้ากับรัฐมาเลย์เท่านั้น อิทธิพลของสยามต่อรัฐมาเลย์ทางเหนือโดยเฉพาะเกอดะฮ์ กลันตัน ตรังกานูและปัตตานี ทำให้การค้าของบริษัทไม่ราบรื่น ใน พ.ศ. 2369 บริษัทได้ลงนามในสัญญาลับซึ่งเป็นที่รู้จักในทุกวันนี้ว่าสนธิสัญญาเบอร์นีกับสยาม รัฐมาเลย์ทั้งสี่รัฐไม่ได้ปรากฏในสัญญา อังกฤษยอมรับอธิปไตยของสยามเหนือรัฐเหล่านี้ สยามยอมรับอธิปไตยของอังกฤษเหนือปีนังและจังหวัดเวลเลสเลย์ และยอมให้บริษัทเข้ามาค้าขายในกลันตันและตรังกานูได้

อีก 83 ปีต่อมา มีสนธิสัญญาใหม่คือสนธิสัญญาอังกฤษ-สยาม พ.ศ. 2452 หรือสนธิสัญญากรุงเทพฯ สยามยกเลิกการอ้างสิทธิ์เหนือเกอดะฮ์ ปะลิส ตรังกานู และกลันตัน ในขณะที่ปัตตานียังอยู่ในเขตแดนของสยาม ปะลิสเคยเป็นส่วนหนึ่งของเกอดะฮ์ แต่สยามได้เข้าไปยึดครองและแยกออกจากเกอดะฮ์ สตูลซึ่งเคยเป็นดินแดนหนึ่งของเกอดะฮ์ ถูกผนวกเป็นส่วนหนึ่งของสยามในสนธิสัญญาเดียวกัน ปัตตานีต่อมาถูกแบ่งเป็น 3 จังหวัดคือ ปัตตานี ยะลา และนราธิวาส หลังจากที่รัชกาลที่ 5 ได้ตัดสินใจลงนามในสนธิสัญญานี้กับอังกฤษ ซึ่งเป็นเพราะการที่ฝรั่งเศสกดดันสยามทางตะวันออกมากขึ้น ทำให้สยามตัดสินใจร่วมมือกับอังกฤษ ข้อตกลงในสนธิสัญญานี้เป็นที่มาของแนวชายแดนไทย-มาเลเซียในปัจจุบัน

สุลต่านของมาเลย์ไม่ยอมรับข้อตกลงนี้ แต่อ่อนแอเกินกว่าจะต่อต้านอิทธิพลของอังกฤษ ในเกอดะฮ์ หลังการลงนามในสนธิสัญญา จอร์จ แมกซ์เวลได้เป็นที่ปรึกษาสุลต่านรัฐเกอดะฮ์ อังกฤษเข้าครอบงำทางด้านเศรษฐกิจ การวางแผนและการประหารชีวิต ได้สร้างทางรถไฟเพื่อเชื่อมเกอดะฮ์กับสยามเมื่อ พ.ศ. 2455 และเกิดการปฏิรูปที่ดินใน พ.ศ. 2457 ในปะลิสมีประสบการณ์ที่คล้ายคลึงกัน สุลต่านไม่ยอมรับสนธิสัญญา พ.ศ. 2452 แต่อังกฤษได้เข้ามาปกครองโดยพฤตินัย ใน พ.ศ. 2473 รายา เชด อัลวีจึงยอมรับตัวแทนของอังกฤษเป็นที่ปรึกษาในรัฐปะลิส

สนธิสัญญาปังกอร์และเประ

รายาอับดุลลอห์

เประเป็นรัฐที่อยู่ตามแนวชายฝั่งตะวันตกของมาเลเซีย ในช่วงพุทธศตวรรษที่ 24 – 25 เป็นดินแดนที่อุดมไปด้วยดีบุก ยุโรปในยุคปฏิวัติอุตสาหกรรมต้องการดีบุกมาก อังกฤษและดัตช์เข้ามามีอิทธิพลในรัฐนี้ ใน พ.ศ. 2361 สยามได้สั่งให้เกอดะฮ์โจมตีเประ ด้วยสถานการณ์ที่ไม่มั่นคงในเประ ทำให้อังกฤษเข้ามาปกป้องเประใน พ.ศ. 2369

การทำเหมืองแร่ในเประทำให้ต้องการผู้ใช้แรงงานมากจึงนำแรงงานจีนจากปีนังเข้ามาทำงานในเประ ในทศวรรษ 2383 จำนวนชาวจีนในเประขยายตัวขึ้น มีผู้อพยพเข้ามาใหม่ที่ไม่ได้เป็นสมาชิกสมาคมลับของชาวจีนสองกลุ่มที่ใหญ่ที่สุดคือคี ฮิน และไฮ ซัน ทั้งสองกลุ่มพยายามเพิ่มอิทธิพลของตนในเประและมักปะทะกันบ่อยครั้ง และงะห์ อิบราฮิม มนตรีบาซาร์ไม่สามารถบังคับใช้กฎหมายได้ ในขณะเดียวกัน มีข้อขัดแย้งเกิดขึ้นในราชวงศ์ของเประ สุลต่านอาลีสิ้นพระชนม์เมื่อ พ.ศ. 2414 และผู้ที่จะครองราชย์สมบัติต่อมาคือรายา อับดุลลอห์ แต่พระองค์ไม่ปรากฏตัวระหว่างพิธีศพของสุลต่าน ทำให้รายาอิสมาอีลขึ้นครองราชย์เป็นสุลต่านองค์ต่อไปของเประ รายาอับดุลลอห์เมื่อได้ทราบข่าวนี้ พระองค์ไม่ยอมรับและพยายามแสวงหาความช่วยเหลือทางการเมืองหลายช่องทางจากผู้ปกครองท้องถิ่นในเประและชาวอังกฤษที่พระองค์เคยทำธุรกิจด้วย ทำให้เกิดตัวแทนในการต่อสู้เพื่อราชบัลลังก์ ในกลุ่มของชาวอังกฤษนี้ มีพ่อค้าชาวอังกฤษ ดับบลิว เอช เอ็ม รีด รายายอมรับให้เขาเป็นที่ปรึกษาชาวอังกฤษ ถ้าอังกฤษช่วยให้ตนได้เป็นผู้ปกครองเประ

ผู้ปกครองนิคมช่องแคบในขณะนั้นคือ เซอร์ เฮนรี ออร์ดและเป็นเพื่อนกับงะห์ อิบราฮิมซึ่งมีความขัดแย้งกับรายาอับดุลลอห์มาก่อน ด้วยความช่วยเหลือของออร์ด งะห์ อิบราฮิมส่งทหารซีปอยจากอินเดียไปยับยั้งความพยายามของรายาอัลดุลลอห์ในการอ้างสิทธิ์ในราชบัลลังก์และควบคุมสมาคมลับของชาวจีน ใน พ.ศ. 2416 สำนักงานอาณานิคมในลอนดอนได้แต่งตั้งเซอร์ แอนดริว คลาร์กมาทำหน้าที่แทนออร์ด และคลาร์กได้วางรากฐานในการครอบครองมลายาของอังกฤษ เหตุเพราะลอนดอนกังวลว่านิคมช่องแคบจะต้องพึ่งพารัฐมาเลย์อื่นๆมากขึ้นทางด้านเศรษฐกิจ รวมทั้งเประ เมื่อคลากร์มาถึงสิงคโปร์ พ่อค้าชาวอังกฤษจำนวนมากรวมทั้งรีดมีความใกล้ชิดรัฐบาลมากขึ้น คลากร์ได้รับรู้ปัญหาของรายาอับดุลลอห์ คลากร์ใช้โอกาสนี้ในการเพิ่มอิทธิพลของอังกฤษ นำไปสู่การลงนามในสนธิสัญญาปังกอร์เมื่อ 20 มกราคม พ.ศ. 2416 คลากร์ยอมรับรายาอับดุลลอห์เป็นสุลต่านของเประ และ เจ ดับบลิว ดับบลิว เบิร์ชเป็นตัวแทนอังกฤษในเประ

สลังงอร์

กัวลาลัมเปอร์ เมืองหลวงของมลายา ยังคงเป็นเมืองหลวงของมาเลเซียปัจจุบัน

เช่นเดียวกับเประ สลังงอร์เป็นรัฐมาเลย์อีกรัฐหนึ่งที่ตั้งอยู่ในบริเวณที่มีเหมืองแร่จำนวนมาก มีเหมืองดีบุกฮูลูสลังงอร์อยู่ทางเหนือ ฮูลูกลังอยู่ตอนกลาง และลูกุตอยู่ทางใต้ใกล้เนอเกอรีเซิมบีลัน เมื่อราว พ.ศ. 2383 ภายใต้การนำของรายายูมาอัตจากรีเยา เหมืองแร่ดีบุกกลายเป็นการลงทุนขนาดใหญ่ ทำให้สุลต่านมูฮัมหมัดแห่งสลังงอร์ยกการบริหารลูกุตแก่รายายูมาอัตใน พ.ศ. 2389 ในทศวรรษ 2393 บริเวณดังกล่าวเต็มไปด้วยผู้ตั้งหลักแหล่งใหม่จากนิคมช่องแคบ มีคนงานชาวจีนไม่น้อยกว่า 20,000 คน รายายูมาอัตสิ้นพระชนม์เมื่อ พ.ศ. 2407 ทำให้เกิดสุญญากาศทางการเมือง ลูกุตถูกส่งคืนและถูกลืมไป

ฮูลูกลังได้เติบโตขึ้นมาแทนในฐานะแหล่งแร่ดีบุก ระหว่าง พ.ศ. 2392 – 2393 รายาอับดุลลอห์ บินรายา ยาอาฟาร์ ซึ่งเป็นญาติของรายายูมาอัต ได้รับการมอบหมายจากสุลต่านให้บริหารกลัง ความสำคัญทางเศรษฐกิจของลูกุตค่อยๆลดลง ในขณะที่ฮูลูกลังเพิ่มขึ้น ดึงดูดผู้ใช้แรงงานจำนวนมากมาที่นี่ โดยเฉพาะผู้อพยพจากจีนที่เคยทำงานที่ลูกุต ผู้ที่มีความสำคัญในการดึงดูดให้ชาวจีนเคลื่อนย้ายจากลูกุตไปยังฮูลูกลังคือซูตัน ปัวซาจากอัมปัง เขาค้าขายกับชาวเหมืองแร่ในฮูลูกลังด้วยสินค้าตั้งแต่ข้าวจนถึงฝิ่น และทำให้เริ่มมีการตั้งถิ่นฐานในราว พ.ศ. 2403 เพิ่มขึ้นที่กัวลาลัมเปอร์และกลัง กัปตันชาวจีนชื่อ ยับ อะห์ลอยเป็นผู้มีบทบาทในการสร้างกัวลาลัมเปอร์

ดังที่เกิดขึ้นในเประ การพัฒนาอย่างรวดเร็วดึงดูดการลงทุนจากบริติชในนิคมช่องแคบ เศรษฐกิจของสลังงอร์มีความสำคัญเพียงพอที่นิคมช่องแคบจะเห็นเป็นคู่แข่ง อังกฤษจึงต้องการเข้ามามีอิทธิพลในการเมืองของสลังงอร์ รวมทั้งการเกิดสงครามกลางเมื องที่เรียกสงครามกลังที่เริ่มเมื่อ พ.ศ. 2410 ในเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2416 เรือจากปีนังถูกโจมตีโดยโจรสลัดใกล้กัวลาลังกัตของสลังงอร์ โจรสลัดถูกจับใกล้ยูกราและถูกสั่งประหารชีวิต สุลต่านได้ขอความช่วยเหลือจากเซอร์แอนดริว คลากร์ แฟรงก์ สเวตเตนแฮมได้มาเป็นที่ปรึกษาของสุลต่าน หลังจากนั้นอีกราวปีนึง นักกฎหมายจากสิงคโปร์ เจ จี ดาวิดสัน ได้เป็นตัวแทนอังกฤษในสลังงอร์ สงครามกลางเมืองสิ้นสุดลงเมื่อ พ.ศ. 2417

ซูไงอูยง เนอเกอรีเซิมบีลัน

ธงของเนอเกอรีเซิมบีลัน

เนอเกอรีเซิมบีลันเป็นอีกหนึ่งผู้ผลิตดีบุกในมลายา ใน พ.ศ. 2412 เกิดความขัดแย้งระหว่างเติงกูอันตะห์และเต็งกูอาหมัด ตุงกัลในการสืบทอดอำนาจปกครองเนอเกอรีเซิมบีลัน ทำให้สหพันธ์ถูกแบ่งแยกและทำลายความน่าเชื่อถือของเนอเกอรีเซิมบีลันในฐานะผู้ผลิตดีบุก

ซูไงอูยงเป็นรัฐหนึ่งภายในสหพันธ์ และเป็นพื้นที่ที่มีดีบุกมาก ปกครองโยดาโต๊ะกลานา เซ็นเดิง แต่มีผู้ปกครองอีกคนหนึ่งคือดาโต๊ะบันดาร์ กูลบ ตุงกิล ซึ่งเป็นผู้ที่มีอิทธิพลมากกว่าดาโต๊ะกลานา ดาโต๊ะบันดาร์ได้รับการสนับสนุนจากท้องถิ่นมากกว่า รวมทั้งจากผู้อพยพชาวจีนภายในเหมืองในซูไงอูยง การที่ดาโต๊ะกลานามีอำนาจจำกัดเขาจึงต้องพึ่งพาผู้ปกครองอีกคน คือ ซายิด อับดุลเราะห์มาน ผู้บังคับกองเรือหลวง ความสำคัญที่ตรึงเครียดนี้ก่อให้เกิดปัญหาในซูไงอูยง

ก่อน พ.ศ. 2416 หนึ่งปี ดาโต๊ะกลานามีอิทธิพลมากขึ้นในซูไงลิงกีและเริมเบาซึ่งเป็นอีกรัฐหนึ่งในสหพันธ์ เขาพยายามจะดึงซูไงลิงกีออกจากการควบคุมของซูไงอูยง เนอเกอรีเซิมบีลันในขณะนั้นมีพื้นที่ติดต่อกับมะละกาผ่านทางซูไงลิงกีและมีการค้ามหาศาลผ่านบริเวณซูไงลิงกีในแต่ละปี การครอบครองซูไงลิงกีจะทำให้ได้ภาษีจำนวนมาก หลังจากดาโต๊ะกลานาเสียชีวิตใน พ.ศ. 2416 ซายิด อับดุล้ราะห์มานเข้ายึดครองสถานที่นี้ ขึ้นดำรงตำแหน่งดาโต๊ะกลานาคนใหม่ การเสียชีวิตนี้ไม่ได้ทำให้ความสัมพันธ์ระหว่างดาโต๊ะกลานากับดาโต๊ะบันดาร์ดีขึ้น แต่กลับแย่ลง

เมื่อคลาร์กเข้ามาเป็นผู้บริหารนิคมช่องแคบ ดาโต๊ะกลานาได้เข้ามาพึ่งอังกฤษเพื่อให้เขาคงสถานะในซูไงลิงกีต่อไปได้ ในเดือนเมษายน พ.ศ. 2417 เซอร์แอนดริว คลาร์กได้รับข้อเสนอของดาโต๊ะกลานาในการให้อังกฤษเข้าไปในซูไงอูยงและเนอเกอรีเซิมบีลัน คลาร์กยอมรับให้ดาโต๊ะกลานาเป็นผู้นำซูไงอูยง อังกฤษและดาโต๊ะกลานาลงนามในสนธิสัญญาให้ดาโต๊ะกลานาปกครองซูไงอูยง ปกป้องการค้า และป้องกันการต่อต้านอังกฤษที่นั่น ดาโต๊ะบันดาร์ไม่ได้รับเชิญให้ไปร่วมลงนาม ดาโต๊ะบันดาร์และผู้ปกครองท้องถิ่นไม่ยอมรับการเข้ามาสู่ซูไงอูยงของอังกฤษ ดาโต๊ะกลานาจึงไม่ได้รับความนิยม

อีกไม่นาน บริษัทของวิลเลียม เอ พิกเกอริง จากนิคมช่องแคบถูกส่งไปยังซูไงอูยง เพื่อประเมินสถานการณ์ อังกฤษได้ส่งทหารมาช่วยพิกเกอริงรบกับดาโต๊ะบันดาร์ สิ้นปี พ.ศ. 2417 ดาโต๊ะกลานาหนีไปเกอปายัง อังกฤษได้ให้ดาโต๊ะกลานาลี้ภัยไปยังสิงคโปร์ ในปีต่อมา อิทธิพลของอังกฤษเพิ่มขึ้นจนสามารถตั้งที่ปรึกษาและให้ดาโต๊ะกลานาเป็นรัฐบาลปกครองซูไงอูยงได้

ปาหัง

อังกฤษเข้ามาเกี่ยวข้องกับการบริหารปาหังหลังจากสงครามกลางเมืองระหว่างผู้อ้างสิทธิ์ในราชบัลลังก์ 2 คน ระหว่าง พ.ศ. 2401 - 2404

พัฒนาการของมาเลเซีย