ในการบริหารรัฐมาเลย์และการปกป้องเหมืองแร่ดีบุกและยางพารา อังกฤษพยายามเข้ามาควบคุมการบริหารโดยจัดตั้งสหพันธรัฐระหว่างสี่รัฐคือ สลังงอร์ เประ เนอเกอรีเซิมบีลันและปาหัง เรียกว่าสหพันธรัฐมาเลย์ มีกัวลาลัมเปอร์เป็นศูนย์กลาง การบริหารในรูปสหพันธ์นี้ สุลต่านยังคงมีอยู่แต่มีอำนาจจำกัด ในฐานะเป็นตัวแทนวัฒนธรรมมาเลย์และอิสลาม การออกกฎหมายเป็นหน้าที่ของสภาสหพันธรัฐ แม้ว่าสุลต่านจะมีอำนาจน้อยกว่ารัฐนอกสหพันธรัฐมาเลย์ แต่สหพันธรัฐก็พอใจในการทำให้ทันสมัย การเป็นสหพันธรัฐมีข้อดีในด้านความร่วมมือทางการพัฒนาเศรษฐกิจ มีหลักฐานในยุคแรกที่ปาหังฟื้นตัวจากทุนจากสลังงอร์และเประ

ในทางตรงกันข้าม รัฐมาเลย์นอกสหพันธรัฐ รักษาสถานะกึ่งเอกราช มีอำนาจในการปกครองตนเองมากกว่า มีอังกฤษเป็นที่ปรึกษา ปะลิส ไทรบุรี กลันตัน ตรังกานู เข้ามาเป็นส่วนหนึ่งของมลายาหลังจากสนธิสัญญา พ.ศ. 2452 ยะโฮร์ที่เป็นเอกราชได้ส่งมอบสิงคโปร์ให้แก่อังกฤษในช่วงแรกก่อนจะถูกบีบให้ยอมรับอังกฤษเป็นที่ปรึกษาใน พ.ศ. 2457 ถือเป็นรัฐมาเลย์รัฐสุดท้ายที่สูญเสียเอกราช

ยุคนี้เป็นการรวมศูนย์อำนาจอย่างหลวม ๆ โดยยังคงมีสุลต่านแต่ไม่มีอำนาจในการปกครอง แต่ถือเป็นจุดเริ่มต้นในการสร้างรัฐที่เป็นสหพันธรัฐในอนาคตคือสหพันธรัฐมลายาและมาเลเซีย ซึ่งต่างจากประเทศอื่นในบริเวณเดียวกันที่มีการรวมศูนย์อย่างแน่นหนากว่า