เส้นทางบริการรถไฟของบริษัทรถไฟญี่ปุ่นตะวันออกครอบคลุมพื้นอาณาเขตภูมิภาคคันโตและโตโฮะกุ จังหวัดนีงะตะ จังหวัดนะงะโนะ จังหวัดยะมะนะชิ และจังหวัดชิซุโอะกะ

ชิงกันเซ็ง

บริษัทให้บริการรถไฟความเร็วสูงชิงกันเซ็งในเส้นทางด้านทิศเหนือของโตเกียว มีเส้นทางดังนี้

• อากิตะชิงกันเซ็ง (โมริโอกะ - อากิตะ)
• โฮกูริกุชิงกันเซ็ง (โตเกียว - คานาซาวะ)
• โจเอสึชิงกันเซ็ง (โตเกียว - นีงาตะ)
• โทโฮกุชิงกันเซ็ง (โตเกียว - เซนได - ฮาชิโนเฮะ - อาโอโมริ)
• ยามางาตะชิงกันเซ็ง (ฟูกูชิมะ - ชินโจ)

แม้ว่าสายโทไกโดชิงกันเซ็ง (โตเกียว - โอซากะ) ให้บริการโดยบริษัทรถไฟโทไก แต่จอดรับส่งผู้โดยสารในสถานีของบริษัทรถไฟญี่ปุ่นตะวันออก

ภูมิภาคคันโต

พื้นที่มหานครโตเกียว

• ██ สายหลักชูโอ (โตเกียว - ชิโอะจิริ[ต้องการอ้างอิง])
• ██ สายรถเร็วชูโอ (โตเกียว - ทะคะโอะ - โอทสึกิ)
• ██ สายชูโอ-โซบุ (มิตะกะ - ชินจูกุ - จิบะ)
• ██ สายฮาจิโก (ฮะจิโอะจิ - คุระงะโนะ)
• ██ สายอิสึกาอิชิ (ฮะอิจิมะ - มุซะชิ-อิสึกะอิชิ)
• ██ สายโจบัง (อุเอะโนะ - อิวะนุมะ)
• ██ สายโจเอสึ (ทะกะซะกิ - มินะกะมิ)
• ██ สายคาวาโงเอะ (โอมิยะ - คะวะโงะเอะ - โคะมะงะวะ)
• ██ สายเคฮิง-โทโฮกุ (โอะมิยะ- โตเกียว - โยะโกะฮะมะ)
• ██ สายเคโย (โตเกียว - โซะงะ)
• ██ สายมิโตะ (โอะยะมะ - โทะโมะเบะ)
• ██ สายมูซาชิโนะ (ฟุชู - ฮมมะชิ - นิชิ-ฟุนะบะชิ) (วงแหวนรอบนอกโตเกียว)
• ██ สายนัมบุ (คะวะซะกิ - ทะชิกะวะ ชิตเตะ - ฮะมะกะวะซะกิ)
• ██ สายนาริตะ (ซะกุระ - โชชิ; อะบิโกะ - นะริตะ; นะริตะ - ท่าอากาศยานนะริตะ)
• ██ สายเนงิชิ (โยะโกะฮะมะ - โอฟุนะ)
• ██ สายโอเมะ (ทะชิกะวะ - โอเมะ - โอะกุตะมะ)
• ██ สายเรียวโม (โอะยะมะ - ชิน-มะเอะบะชิ)
• ██ สายซางามิ (ฮะชิโมะโตะ - จิงะซะกิ)
• ██ สายไซเกียว (โอซะกิ - โอมิยะ) (██ สายเดิมคือ สายอะคะบะเนะ (อิเคะบุคุโระ - อะคะบะเนะ) )
• ██ สายโชนัน-ชินจูกุ (โอมิยะ - ชินจูกุ - โอฟุนะ)
• ██ สายโชบุ (โตเกียว - โชชิ)
• ██ สายโซโตโบ (จิบะ - โมะบะระ - อะวะ-คะโมะงะวะ)
• ██ สายทากาซากิ (โอมิยะ - ทะกะซะกิ)
• ██ สายโทงาเนะ (นะรุโต- โออะมิ)
• ██ สายหลักโทโฮากุ (สายอุสึโนะมิยะ) (อุเอะโนะ - คุโระอิโสะ)
• ██ สายหลักโทไกโด (โตเกียว - โยะโกะฮะมะ - อะตะมิ)
• ██ สายสึรูมิ (ทซึรุมิ - โอะกิมะจิ; อันเซน - โอกะวะ; อะซะโนะ - อุมิ-ชิบะอุระ)
• ██ สายอูชิโบ (โซะงะ - คิสะระซุ - อะวะ-คะโมะงะวะ)
• ██ สายยามาโนเตะ (โอซะกิ - ชินจูกะ - ทะบะตะ - โตเกียว - โอซะกิ)
• ██ สายโยโกฮามะ (ฮิงะชิ-คะนะงะวะ - ฮะจิโอะจิ)
• ██ สายโยโกซูกะ (โตเกียว - คุริยะมะ)
• ██ สายนิกโก (อุสึโนะมิยะ - นิกโก)

สายอื่นในภูมิภาคคันโต

• ██ สายคะระสุยะมะ (คะระสุยะมะ - โฮชะกุจิ)
• ██ สายคะชิมะ (คะโตะริ - สนามกีฬาคะชิมะ)
• ██ สายคุรุอิ (คิสะระซุ - คะซุสะ-คะเมะยะมะ)

ภูมิภาคโตไกและโคชิเนทสึ

• ██ สายอะกะทซึมะ (ชิบุกะวะ - โอมะเอะ)
• ██ สายจูโอ (นิระซะกิ - ชิโอะจิริ)
• ██ สายเอะจิโกะ (นีงะตะ - คะชิวะซะกิ)
• ██ สายฮะกุชิน (นีงะตะ - ชิบะตะ)
• ██ สายอียะมะ (โทะโยะโนะ - เอะจิโกะ-คะวะกุจิ)
• ██ สายอิโต (อะตะมิ - อิโต)
• ██ สายโจเอตสึ (ชิบุกะวะ - มิยะอุจิ; เอะจิโกะ-ยุซะวะ - กะละ-ยุซะวะ)
• ██ สายโคะอุมิ (โคะบุจิซะวะ - โคะโมะโระ)
• ██ สายโออิโตะ (มัตซึโมะโตะ -มินะมิโอะตะริ)
• ██ สายชินเอตสึ (ทะกะซะกิ - โยะโกะคะวะ; ชิโนะโนะอิ - นะงะโนะ - นีงะตะ)
• ██ สายชิโนะโนะอิ (ชิโนะโนะอิ - ชิโอะจิริ)
• ██ สายยะฮิโกะ (ฮิงะชิ-ซันโจ - ยะฮิโกะ)

ภูมิภาคโตโฮะกุ

• ██ สายอะเตะระซะวะ (คิตะ-ยะมะงะตะ - อะเตะระซะวะ)
• ██ สายบันเอตสึตะวันออก (อิวะกิ - โคริยะมะ)
• ██ สายบันเอตสึตะวะนตก (โคริยะมะ -นิอิทสึ)
• ██ สายโกะโน (ฮิงะชิ-โนะชิโระ - คะวะเบะ)
• ██ สายฮะจิโนะเฮะ (ฮะจิโนะเฮะ - คุจิ)
• ██ สายฮะนะวะ (โอดะเตะ - โคมะ)
• ██ สายอิชิโนะมะกิ (โคะโงะตะ - โอะนะงะวะ)
• ██ สายอิวะอิซุมิ (โมะอิจิ - อิวะอิซุมิ)
• ██ สายโจบัง (ทะกะฮะงิ - อิวะนุมะ)
• ██ สายคะมะอิชิ (ฮะนะมะกิ - คะมะอิชิ)
• ██ สายเคะเซ็นนุมะ (มะเอะยะจิ - เคะเซ็นนุมะ)
• ██ สายคิตะคะมิ (คิตะคะมิ - โยะโกะเตะ)
• ██ สายโอฟุนะโตะ (อิจิโนะเซะกิ - ซะคะริ)
• ██ สายโอะงะ (โอะอิวะเกะ - โอะงะ)
• ██ สายโอมินะโตะ (โนะเฮะจิ - โอมินะโตะ)
• ██ สายโออุ (ฟุกุชิมะ - ยะมะงะตะ - อะกิตะ - อะโอะโมะริ)
• ██ สายริคุอุตะวันออก (โคะโงะตะ - ชินโจ)
• ██ สายริคุอุตะวันตก (ชินโจ- อะมะรุเมะ)
• ██ สายเซ็นเซะกิ (อะโอะบะโดริ - อิชิโนะมะกิ)
• ██ สายเซ็นซัน (เซ็นได - อุเซน-จิโตะเสะ)
• ██ สายซุยกัน (มิโตะ - อะซะกะ-นะงะโมะริ; คะมิซุงะยะ - ฮิตะชิ-โอตะ)
• ██ สายทะดะมิ (อะอิซุ-วะกะมัตซึ - โคะอิเดะ)
• ██ สายทะซะวะโกะ (โมะริโอะกะ - โอมะงะริ)
• ██ สายโตโฮะกุ (คุโระอิโซะ - โมะริโอะกะ; ฮะจิโนะเฮะ - อะโอะโมะริ; อิวะกิริ - ริฟุ)
• ██ สายทสึกะรุ (อะโอะโมะริ - มิมมะยะ) (ส่วนหนึ่งของ สายทสึกะรุไคเคียว)
• ██ สายทสึกะรุไคเคียว (อะโอะโมะริ -นะกะโอะกุนิ)
• ██ สายอุเอตสึ (นิอิตสึ - อะกิตะ)
• ██ สายยะมะดะ (โมะริโอะกะ - คะมะอิชิ)
• ██ สายโยะเนะซะกะ (โยะเนะซะวะ - ซะกะมะจิ)