คำว่า กะเจ้า มีความหมายว่า นกยาง หรือ นกกระยาง น่าจะมาจากเมื่อก่อนมีนกกระยางอาศัยอยู่บริเวณนี้จำนวนมาก บางกะเจ้ายังมีอากาศร่มเย็นเป็นธรรมชาติ เหมาะสำหรับตั้งบ้านเรือนเพื่ออยู่อาศัย ฝั่งตรงข้ามของบางกะเจ้าคือช่องนนทรีและพระโขนง ในอดีตมีเหล่าขุนนางอาศัยอยู่จำนวนมาก หญิงสมัยก่อนนิยมไว้ผมสูงรัดเกล้า ได้มีการอพยพหนีมายังบางกะเจ้าด้วยเหตุผลไม่แน่ชัด ผ่านทางคลองสายหนึ่ง ซึ่งชาวบ้านเรียก ช่องนางหนี ก่อนจะเปลี่ยนมาเป็น ช่องนนทรี[6] ส่วนพื้นที่ริมคลองที่ได้อพยพมา เรียกชนกลุ่มนี้ว่า "บางบ้านเจ้า" หรือ "คลองรัดเกล้า" เมื่อเวลาเปลี่ยนไปเรียก "บางรัดเกล้า" หรือ "บางบ้านเจ้า" จึงเปลี่ยนเป็น "บางกะเจ้า"[7]

ส่วนอีกความหมายหนึ่ง มาจาก ปอกระเจา คือ ต้นกระเจา ที่ชาวบ้านใช้ปอกระเจาทำเชือก สันนิษฐานได้จากชื่อวัดบางกระสอบที่ตั้งอยู่ในบางกะเจ้า[8]