ราวปี พ.ศ. 1400 มีการตั้งเมืองพระประแดงบริเวณฝั่งซ้ายของแม่น้ำเจ้าพระยาเพื่อเป็นเมืองหน้าด่านให้กับอาณาจักรละโว้[9] มีการเอ่ยถึงบางผึ้งในกำสรวลสมุทรในบทที่ 71 ซึ่งเป็นวรรณคดีอยุธยายุคต้น โดยกล่าวถึงบริเวณวัดบางผึ้งเหนือ คลองลัดโพธิ์[10] พบหลักฐานว่ามีการสร้างวัดกองแก้ว โดยได้รับพระราชทานวิสุงคามสีมาเมื่อ พ.ศ. 2243 ปัจจุบันโบราณสถานภายในวัดที่คงอยู่เช่น พระอุโบสถหลังเก่า รูปแบบสถาปัตยกรรมสมัยอยุธยา หลังคาไม่มีการลดหลั่น[11] ต่อมาในรัชกาลสมเด็จพระเจ้าท้ายสระโปรดให้พระยาราชสงคราม (ปาน) เป็นแม่กองขุดคลองลัดโพธิ์ เพื่อเป็นทางลัดออกไปทางปากอ่าวไทย ในพระราชวโรกาสที่ต้องการทรงเบ็ด (ตกปลา) อันเป็นกีฬาที่ทรงโปรดปราน[12] เดิมคลองนี้มีความยาว 25 เส้น (1,000 เมตร)

จนเมื่อในรัชสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกโปรดฯ ให้ย้ายราชธานีจากกรุงธนบุรีมาตั้ง ณ ฝั่งซ้ายของแม่น้ำเจ้าพระยา ต่อมาปี พ.ศ. 2329 องเชียงสือซึ่งเป็นหลานของกษัตริย์ญวน ที่ได้หนีภัยการเมืองเข้ามาขอพึ่งพระบรมโพธิสมภารตั้งแต่ปี พ.ศ. 2325 เห็นว่าหมดภัยทางบ้านเกิดเมืองนอน แต่จะทูลลากลับก็เกรงพระทัย จึงหนีลงเรือหนีไปทางปากน้ำเจ้าพระยา เมื่อพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกและกรมพระราชวังบวรมหาสุรสิงหนาท ทรงทราบ ทรงยกกองเรือตามไปแต่ไม่ทันกัน ทรงกริ้วมาก ทรงเห็นว่า องเชียงสือรู้ความตื้นลึกหนาบางของไทยเป็นอย่างดี จึงโปรดฯ ให้กรมพระราชวังบวรฯ ลงสำรวจพื้นที่สร้างเมืองใหม่บริเวณปากน้ำเจ้าพระยา กรมพระราชวังบวรฯ เห็นว่าบริเวณ "ลัดโพธิ์" มีชัยภูมิที่ดี จากนั้นได้สร้างป้อมค่ายหนึ่งป้อมชื่อ "ป้อมวิทยาคม" พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกได้รับสั่งให้สร้างเมืองบริเวณปากลัด แต่ยังไม่สำเร็จเพราะเกิดศึกกับพม่าก่อน[13] แต่มีการถมคลองลัดโพธิ์ให้แคบเพื่อป้องกันการโจมตีจากทะเล อีกทั้งอาจทำให้น้ำเค็มจากปากน้ำไหลมาถึงกรุงเทพได้เร็วขึ้น[14]

รัชกาลต่อมา พระพุทธเลิศหล้านภาลัย โปรดให้ตั้งเมืองใหม่ชื่อ "เมืองนครเขื่อนขันธ์" โปรดให้เกณฑ์ชาวมอญจากเมืองปทุมธานี 300 คน ย้ายครัวมอญมาอยู่ที่เมืองนี้ ไปตั้งภูมิลำเนาอยู่ที่เมืองนี้ นอกจากนี้พระบาทสมเด็จพระพุทธเลิศหล้านภาลัยได้โปรดฯ ให้ขุดคลองลัดใหม่ที่เหนือคลองลัดโพธิ์[15] เริ่มอพยพเข้ามาตั้งแต่ พ.ศ. 2357 ตั้งแต่สมัยรัตนโกสินทร์ตอนต้น เป็นชุมชนชาวมอญเก่า ยังคงรักษาประเพณีงานเทศกาลที่สำคัญไว้อยู่ เช่นประเพณีสงกรานต์ การเล่นสะบ้า การบวชพระของชาวรามัญ การแห่หงส์ธงตะขาบ เป็นต้น[16] การตั้งถิ่นฐานที่บางกะเจ้า คาดว่าเริ่มจากบริเวณตำบลทรงคนอง แล้วขยายตัวไปเรื่อย ๆ ตามถนนเพชรหึงษ์ อีกส่วนหนึ่งคาดว่าเริ่มบริเวณบางน้ำผึ้งในปัจจุบัน[17]