ปี 2520 คณะรัฐมนตรี มีมติ ครม. กำหนด 6 ตำบลของ อำเภอพระประแดง อันได้แก่ 6 ตำบลในบางกะเจ้า เพื่อจัดทำเป็นพื้นที่ป่าอนุรักษ์ แบ่งเป็น 2 โซนหลักคือ พื้นที่โซนสีเขียวทึบ ซึ่งเป็นพื้นที่ชนบทและเกษตรกรรม และพื้นที่ขาวทแยงเขียวเป็นโซนอนุรักษ์ชนบทและเกษตรกรรม เป็นเขตที่ได้รับการปกป้องมากที่สุด หลังจากนั้นได้มีการเปลี่ยนผังเมืองหลายครั้ง โดยทุกครั้งเป็นการเปิดให้มีการพัฒนาอาคารสิ่งก่อสร้างมากขึ้น อย่างฉบับปี 2548 พื้นที่ขาวทะแยงเขียวที่ไม่อนุญาตให้ก่อสร้างอาคารก็ปรับเปลี่ยนให้สามารถสร้างบ้านเดี่ยวขนาดไม่เกิน 200 ตร.ม.ได้แต่ต้องไม่กินที่เกิน 5% ในแต่ละบริเวณที่กำหนดไว้ในผังเมือง พอฉบับปี 2556 ปรับให้สร้างได้ไม่เกิน 15% ในแต่ละบริเวณ ส่วนพื้นที่เขียวทึบนั้นในปี 2548 ให้ก่อสร้างได้ 10% ในแต่ละบริเวณ แต่ไม่ให้นำที่ดินไปจัดสรร ต่อมาในปี 2556 ปรับใหม่ให้นำไปจัดสรรสร้างบ้านเดี่ยวได้[23] จากข้อมูลการใช้ประโยชน์ที่ดินปี 2556 เป็นพื้นที่ที่มีการพัฒนาแล้ว ร้อยละ 41.79 พื้นที่อยู่อาศัย ร้อยละ 39.11 พื้นที่อุตสาหกรรม ร้อยละ 2.68 และพื้นที่สีเขียว ร้อยละ 58.21 ประกอบด้วยพื้นที่การเกษตร ร้อยละ 28.36 พื้นที่รกร้าง 20.10 พื้นที่เปิดโล่ง ร้อยละ 3.31 ป่าชายเลน ร้อยละ 2.61 พื้นที่นันทนาการ ร้อยละ 1.92 พื้นที่แหล่งน้ำ ร้อยละ 1.91[9]

ช่วงปี 2525 ถึง 2530 พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวฯ ประทับเฮลิคอปเตอร์พระที่นั่งผ่านบางกะเจ้าเป็นประจำ จึงทรงมีพระราชดำริว่า สมควรสงวนพื้นที่แห่งนี้ไว้สำหรับเป็นพื้นที่สีเขียวของกรุงเทพมหานครและปริมณฑล เนื่องจากลมมรสุมจากอ่าวไทยจะพัดเอาอากาศบริสุทธิ์เข้ามา ไล่อากาศเสียในกรุงเทพฯ เป็นเวลากว่าปีละ 9 เดือน[24] ดังนั้นรัฐบาลจึงประกาศให้พื้นที่แห่งนี้ อยู่ภายใต้โครงการ "สวนกลางมหานคร" กำหนดพื้นที่เวนคืนในพื้นที่บางกะเจ้า แต่ไม่เป็นผล จึงได้ปรับเปลี่ยนเป็นการซื้อขายตามความสมัครใจแทน[25] ปี 2539 ได้ประกาศในราชกิจจานุเบกษา ทำให้บางกะเจ้าถือเป็นพื้นที่สีเขียวที่ใหญ่ที่สุดและอยู่ใกล้กรุงเทพมหานครที่ได้รับการอนุรักษ์พื้นที่ไว้[26] ต่อมาในปี พ.ศ. 2542 สำนักงานนโยบายและแผนทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม (สผ.) กระทรวงวิทยาศาสตร์เทคโนโลยีและสิ่งแวดล้อม จัดซื้อที่ดิน 564 แปลง เนื้อที่ 1,276 ไร่ ก่อสร้างสวนสาธารณะและสวนพฤกษชาติ เนื้อที่ 148 ไร่ พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวฯ พระราชทานชื่อสวนสาธารณะและสวนพฤกษศาสตร์ ว่า "ศรีนครเขื่อนขันธ์"[27] ปี 2562 มีการประกาศกฎกระทรวงกำหนดให้พื้นที่ตำบลบางกะเจ้า ตำบลบางกอบัว ตำบลบางน้ำผึ้ง ตำบลบางยอ ตำบลบางกระสอบ และตำบลทรงคนอง อำเภอพระประแดง จังหวัดสมุทรปราการ เป็นเขตพื้นที่คุ้มครองสิ่งแวดล้อม กล่าวคือ ห้ามก่อสร้าและดัดแปลงอาคารเป็น โรงงาน โรงแรม อาคารชุด ท่าเทียบเรือสำราญและกีฬา อาคารทุกประเภทในที่ดินอาคารทุกประเภทในที่ดินของรัฐที่ได้จัดซื้อตามโครงการสวนกลางมหานคร เว้นแต่ อาคารที่ใช้เพื่อสาธารณประโยชน์ หรือการปรับปรุงหรือก่อสร้างทดแทนอาคารหน่วยงานของรัฐในพื้นที่เดิม และยังกำหนดทางด้านการปิดกั้นคูคลองหรือแหล่งน้ำสาธารณะ การปล่อยทิ้งมลพิษลงสู่แหล่งน้ำ การทำผนังคอนกรีตริมฝั่งคูคลอง[28]

อีกปัญหาหนึ่งของบางกะเจ้าคือ การกัดเซาะชายฝั่ง สาเหตุมาจากคลื่นจากการเดินเรือ และจอดเรือใหญ่ กรมเจ้าท่าคุมเรื่องการเดินเรือ จอดเรือ รวมถึงควบคุมความเร็วของเรือ และปลูกพืชกันการกัดเซาะด้วย ซึ่งพบว่าต้นไม้อย่างลำพู รากของลำพูจะช่วยดักตะกอนโคลนที่ฟุ้งกระจายให้ตกตะกอน และช่วยให้ดินเลนยึดรวมตัวกัน ทำให้ยากต่อการพังทลาย นอกจากนี้ยังมีปัญหาน้ำเค็มรุกเข้ามาถึง 8 เดือน ซึ่งจะต้องถูกแก้ไปพร้อมกันด้วยให้น้ำเค็มรุกเข้ามาเหลือ 3 เดือนตามธรรมชาติ โดยวิธีเพิ่มแหล่งกักเก็บน้ำจืด และทำให้การไหลเวียนของพื้นที่ 3 น้ำ คือ น้ำจืด น้ำเค็ม น้ำกร่อย กลับคืนมา โดยสามารถกักเก็บน้ำได้ที่สวนสาธารณะศรีนครเขื่อนขันธ์และฟื้นฟูคูคลอง 32 คลองที่ต่อเชื่อมคุ้งบางกะเจ้าทั้งหมด[29]