ตลอดการดำเนินงาน ประชาไทได้รับเงินบริจาคจากหลายแหล่ง [6] ส่งผลให้มีข้อครหาเกี่ยวกับผลประโยชน์แอบแฝงเช่น สำนักข่าวอิศราเผยแพร่บทความของ โทนี คาตาลัคซี นักค้นคว้าวิจัยทางการเมืองในเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ผู้ถูกเฟสบุ๊คกล่าวหาว่าเป็นขบวนการตัวตนปลอม [7] ที่เขาเขียนลงในเว็บบล็อกส่วนตัวของเขา Land Destroyer ว่ากระทรวงการต่างประเทศสหรัฐสนับสนุนกลุ่มประชาไทผ่านเงินบริจาคจาก National Endowment for Democracy เพื่อช่วยเหลือกลุ่มทักษิณและ นปช. [8] นอกจากนี้ The New Atlas แพลตฟอร์มสื่อวิเคระห์การเมืองที่ตั้งอยู่ในกรุงเทพ [9] ได้กล่าวหาว่าประชาไทรับเงินจาก George Soros ซึ่งภายหลัง น.ส.จีรนุช เปรมชัยพร ผู้อำนวยการเว็บไซต์ประชาไท ได้ให้สัมภาษณ์ว่าประชาไทรับเงินบริจาคจากมูลนิธิ Open Society Foundations ของโซรอสจริง [10]