เว็บบอร์ดประชาไท เป็นพื้นที่แยกต่างหากจากหนังสือพิมพ์ประชาไท ที่ www.prachataiwebboard.com เปิดเพื่อให้สาธารณะแลกเปลี่ยนกันเรื่องสังคมและการเมือง[4]

เว็บบอร์ดประชาไทปิดตัวลงเมื่อ 31 กรกฎาคม 2553 โดยจีรนุช เปรมชัยพร ให้เหตุผลในจดหมายถึงผู้อ่านและสมาชิกเว็บบอร์ดว่าเป็นเพราะสถานการณ์การจับกุมผู้โพสต์แสดงความคิดเห็นในพื้นที่ออนไลน์เกิดขึ้นอย่างต่อเนื่องในช่วงดังกล่าว ทั้งที่เป็นข่าวและไม่เป็นข่าวจากข้อกล่าวหา “เป็นภัยต่อความมั่นคงของชาติ” ด้วยพ.ร.บ.ว่าด้วยการกระทำความผิดเกี่ยวกับคอมพิวเตอร์, พ.ร.ก.สถานการณ์ฉุกเฉิน และกฎหมายอาญามาตรา 112[5]