ประชาไทริเริ่มโดยแนวคิดของ จอน อึ๊งภากรณ์ ซึ่งต้องการทำสื่อที่เป็นอิสระไม่ถูกควบคุมโดยหน่วยงานภาครัฐ หลังจากได้เห็นตัวอย่างสื่อในประเทศฟิลิปปินส์ ชื่อ มินดานิวส์ จอนจึงเริ่ม โครงการวารสารข่าวทางอินเทอร์เน็ตเพื่อการศึกษาและสุขภาวะของชุมชน เมื่อวันที่ 1 มิถุนายน พ.ศ. 2547 โดยได้รับเงินทุนสนับสนุนจากกองทุนส่งเสริมสุขภาพ (สสส.) และสถาบันพัฒนาองค์กรชุมชน (พอช.) ในภายหลังยังได้รับเงินอุดหนุนเพิ่มเติมจากมูลนิธิร็อกเกอะเฟลเลอร์ และ Open Society Institue[1]

ประชาไทเริ่มเผยแพร่ข้อมูลผ่านทางเว็บไซต์ครั้งแรกเมื่อ 6 กันยายน พ.ศ. 2547[1]

ในระยะเริ่มต้นประชาไทจดทะเบียนเป็นนิติบุคคลในชื่อ คณะบุคคล ร่วมดำเนินโครงการวารสารข่าวทางอินเทอร์เน็ตเพื่อการศึกษาและสุขภาวะของชุมชน ในภายหลังได้จดทะเบียนเป็นมูลนิธิชื่อว่า "มูลนิธิสื่อเพื่อการศึกษาของชุมชน" มีนายเกษม ศิริสัมพันธ์ เป็นประธานมูลนิธิ

ชื่อประชาไทในภาษาไทยมักถูกสะกดผิดเป็น "ประชาไทย"[3] ส่วนชื่อในภาษาอังกฤษใช้ว่า "Prachatai"