หลังจากการล่มสลายของจักรวรรดิโรมัน การศึกษาวิชากายวิภาคศาสตร์ได้หยุดชะงักลงในทวีปยุโรปซึ่งนับถือศาสนาคริสต์ซึ่งมีข้อกำหนดทางศาสนาที่เคร่งครัด แต่กลับรุ่งเรืองขึ้นในยุคกลางของโลกอิสลาม ที่ซึ่งแพทย์และนักวิทยาศาสตร์ชาวมุสลิมได้อุทิศตัวอย่างหนักในการศึกษาความรู้และวัฒนธรรมในยุคกลาง แพทย์ชาวเปอร์เซียชื่อว่า อวิเซนนา หรืออาบู อาลี อัล-ฮุเซน อิบน์ อับด์ อัลลอฮ์ อิบน์ ซีนา (Avicenna, Abū ʿAlī al-Ḥusayn ibn ʿAbd Allāh ibn Sīnā; ภาษาเปอร์เซีย: ابو علی الحسین ابن عبدالله ابن سینا) (ค.ศ. 980 - ค.ศ. 1037) ได้ซึมซับการสอนวิชากายวิภาคศาสตร์ของกาเลนและได้เพิ่มเติมลงใน The Canon of Medicine (ทศวรรษที่ 1020) ซึ่งนับว่ามีอิทธิพลอย่างมากต่อทั้งโลกอิสลามและโลกคริสเตียนของยุโรป The Canon เป็นตำราทางกายวิภาคที่เชื่อถือได้มากที่สุดในโลกอิสลามจนกระทั่ง อิบน์ อัล-นาฟิส (Ibn al-Nafis) ในคริสต์ศตวรรษที่ 13 เมื่อตำรานี้ได้เผยแพร่มาในยุโรปจนกระทั่งมีบทบาทโดดเด่นถึงคริสต์ศตวรรษที่ 16

อิบน์ ซุห์ร (Ibn Zuhr หรือ Avenzoar, ค.ศ. 1091 - ค.ศ. 1161) เป็นแพทย์ชาวอาหรับคนแรกที่ทำการชำแหละร่างกายมนุษย์และการชันสูตรศพ และพิสูจน์ว่าโรคหิดเกิดจากเชื้อปรสิต ซึ่งเป็นการค้นพบที่ค้านกับทฤษฎี humorism ของฮิปโปกราเตสและกาเลนที่เชื่อว่าโรคเกิดมาจากความไม่สมดุลขององค์ประกอบสี่อย่างของมนุษย์ได้แก่ น้ำดีสีดำ, น้ำดีสีเหลือง, เลือด, และเสมหะ การนำปรสิตออกจากร่างกายของคนไข้ก็ไม่ได้เกี่ยวกับการอาเจียน การเอาเลือดออก หรือการรักษาแบบดั้งเดิมที่เกี่ยวข้องกับองค์ประกอบสี่อย่างของมนุษย์[2] ในคริสต์ศตวรรษที่ 12 แพทย์ประจำพระองค์ของสุลต่านศอลาฮุดดีน (Saladin) ชื่อ อิบน์ จุไม (Ibn Jumay) เป็นหนึ่งในคนแรกๆ ที่ทำการชำแหละร่างกายมนุษย์ และได้ทำให้แพทย์คนอื่นๆ สนใจและศึกษาตาม ในช่วง ค.ศ. 1200 เกิดความแห้งแล้งในอียิปต์ อับด์-เอล-ละติฟ (Abd-el-latif) ได้สังเกตและศึกษาโครงกระดูกมนุษย์จำนวนมาก และค้นพบว่ากาเลนกล่าวผิดเกี่ยวกับรูปร่างของกระดูกกรามล่างและกระเบนเหน็บ (sacrum) [3]

อิบน์ อัล-นาฟิส

แพทย์ชาวอาหรับนามว่า อิบน์ อัล-นาฟิส (Ibn al-Nafis, ค.ศ. 1213 - ค.ศ. 1288) เป็นหนึ่งในคนแรกๆ ที่เสนอการชำแหละร่างกายมนุษย์และการชันสูตรศพ และในปี ค.ศ. 1242 เขาเป็นคนแรกที่อธิบายระบบการไหลเวียนปอด (pulmonary circulation) [4] และระบบไหลเวียนโคโรนารี (coronary circulation) [5] ซึ่งเป็นพื้นฐานของรวามรู้เรื่องระบบไหลเวียนโลหิต เขาจึงได้ชื่อว่าเป็นบิดาแห่งทฤษฎีการไหลเวียน[6] อิบน์ อัล-นาฟิสยังเป็นผู้ที่อธิบายความคิดแรกเริ่มของเมแทบอลิซึม[7] และได้พัฒนาระบบการศึกษากายวิภาคศาสตร์และสรีรวิทยาขึ้นมาแทนที่ลัทธิของอวิเซนนาและกาเลน ด้วยการล้มล้างความเชื่อที่ผิดๆ เกี่ยวกับทฤษฎี humorism, การคลำชีพจร,[8] กระดูก, กล้ามเนื้อ, ลำไส้, อวัยวะรับความรู้สึก, ท่อน้ำดี, หลอดอาหาร, กระเพาะอาหาร, และกายวิภาคของร่างกายมนุษย์แทบทุกส่วน[9]