ยุคมืดของกัมพูชา เริ่มตั้งแต่อาณาจักรอยุธยาได้โจมตีอาณาจักรเขมร และ ได้เผา พระนคร เมืองหลวงของอาณาจักรเขมร ราบเป็นหน้ากลอง ทำให้อาณาจักรเขมรเป็นส่วนหนึ่งของสยามประเทศตั้งแต่บัดนั้นมา เขมรเป็นส่วนหนึ่งของอาณาจักรอยุธยาในฐานะดินแดนประเทศราช อาณาจักรอยุธยาปกครองเขมรเป็นเวลาเกือบ 400 ปี ต่อมาในสมัยกรุงธนบุรีและกรุงรัตนโกสินทร์เขมรตกอยู่ภายใต้การควบคุมของจักรวรรดิสยามอย่างเข้มงวด ในสมัยรัชกาลที่3 ได้เกิด สงครามอานามสยามยุทธทำให้กัมพูชาเป็นรัฐอารักขาระหว่างสยามกับญวณ ก่อนที่จะตกเป็นของฝรั่งเศสในเวลาต่อมา