พ.ศ. 2107 พญาแก้วรัตนภูมินทร์ยอมอ่อนน้อมต่อพม่าในสมัยพระเจ้าบุเรงนอง และเป็นกำลังสำคัญให้พม่าในการปราบปรามรัฐไทยอื่นๆ เชียงตุงเป็นประเทศราชของพม่าอย่างสงบ 200 ปี จนกระทั่งสมัยพญากาวิละกอบกู้เชียงใหม่จากการยึดครองของพม่าหันมาเป็นประเทศราชของสยาม พญากาวิละได้ยกทัพไปตีเมืองต่างๆตามแม่น้ำสาละวินรวมถึงเมืองเชียงตุงให้เข้ามาตั้งรกรากในเชียงใหม่ และเกลี้ยกล่อมให้เชียงตุงมาขึ้นกับเชียงใหม่ดังเดิม จนถึงสมัยของเจ้ามหาขนานจึงกลับไปเป็นประเทศราชของพม่าอีกเมื่อ พ.ศ. 2356

เมื่อเชียงตุงไปเป็นประเทศราชของพม่าอีกครั้งนั้น เชียงใหม่ยังเป็นประเทศราชของสยาม ความขัดแย้งระหว่างพม่ากับสยาม ทำให้สยามไม่ไว้ใจเชียงตุงให้เชียงใหม่คอยสอดส่องดูแลอย่างใกล้ชิด สุดท้ายจึงกลายเป็นสงครามเชียงใหม่-เชียงตุง 3 ครั้งคือ

• ครั้งที่ 1 พ.ศ. 2393 เจ้ามหาขนานเป็นเจ้าเมืองเชียงตุง เจ้าพุทธวงษ์เป็นเจ้าเมืองเชียงใหม่ สมัยรัชกาลที่ 3 เกิดจากเจ้านายเชียงรุ่งหนีลงมาหลวงพระบาง ขอความช่วยเหลือจากกรุงเทพฯ รัชกาลที่ 3 จึงถือโอกาสขยายอำนาจไปเชียงรุ่ง โดยต้องตีเชียงตุงให้ได้ก่อน กรุงเทพฯให้เชียงใหม่เป็นทัพใหญ่ แต่ตีเมืองเชียงตุงไม่ได้ การที่คิดจะไปยึดเชียงรุ่งจึงเลิกไป
• ครั้งที่ 2 พ.ศ. 2395 สมัยรัชการที่ 4 เป็นช่วงที่อังกฤษขยายอำนาจเข้ามาในพม่า พระองค์จึงให้ยกทัพไปตีเชียงตุงโดยยกทัพไปจากกรุงเทพฯ ให้เชียงใหม่กับเชียงแสนเป็นทัพหนุน แต่เมื่อทัพจากกรุงเทพฯไปถึงเชียงแสน ทางเชียงใหม่ขอระงับทัพ แจ้งว่าส่งเสบียงไม่ทัน กรุงเทพฯจึงเกณฑ์เสบียงจากหลวงพระบาง แล้วจึงยกทัพเข้ายึดเชียงตุง แต่ไม่สำเร็จ
• ครั้งที่ 3 พ.ศ. 2397 เกิดขึ้นเมื่อกรมหลวงวงศาธิราชสนิท ซึ่งนำทัพมารบเมื่อ พ.ศ. 2395 พักกองทัพอยู่ที่น่าน ส่งหนังสือมาขอกองทัพและอาวุธเพิ่มเติม เมื่อได้แล้วจึงยกเข้าตีอีกครั้ง ผลปรากฏว่าทัพสยามตีเชียงตุงไม่สำเร็จ เพราะหัวเมืองล้านนาไม่เต็มใจสนับสนุน

ในที่สุดเมื่ออังกฤษยึดพม่าได้ทั้งประเทศ เชียงตุงจึงเป็นอาณานิคมของอังกฤษไปด้วยเมื่อ พ.ศ. 2433 อยู่แต่ยังมีเจ้าฟ้าปกครอง เชียงตุงในสมัยนี้ ทำให้เกิดเจ้าฟ้าที่ยิ่งใหญ่ที่สุดของเชียงตุง พระนามว่า เจ้าฟ้ารัตนะก้อนแก้วอินแถลง หรือ เจ้าอินแถลง ซึ่ง อยู่ร่วมสมัยกับ รัชกาลที่ 5 ของไทย พระองค์ปกป้องเมืองเชียงตุงไม่ให้กลายเป็นเมืองอาณานิคมของจักรวรรดิอังกฤษ แต่หลังจากพระองค์สิ้นพระชนม์ เชียงตุงก็ตกไปอยู่ภายใต้อำนาจของอังกฤษ