ดูรายละเอียดเพิ่มเติมที่ การคมนาคมในประเทศญี่ปุ่น

ใน พ.ศ. 2548 ร้อยละ 50 ของพลังงานที่ใช้ในญี่ปุ่นผลิตจากปิโตรเลียม ร้อยละ 20 จากถ่านหิน ร้อยละ 14 จากก๊าซธรรมชาติ[100] การผลิตพลังงานไฟฟ้าจากนิวเคลียร์มีปริมาณหนึ่งในสี่ของการผลิตไฟฟ้าทั้งหมด[100] แต่หลังจากเกิดเหตุอุบัติเหตุนิวเคลียร์ฟูกูชิมะไดอิชิ รัฐบาลญี่ปุ่นก็วางแผนที่จะเลิกใช้พลังงานนิวเคลียร์ภายในทศวรรษที่ 2570[101]

ญี่ปุ่นมีบริษัทรถไฟหลายแห่ง เช่นกลุ่มบริษัทรถไฟญี่ปุ่น รถไฟฮังคิว รถไฟเซบุ และบริษัทเคโอ ซึ่งแข่งขันกันด้านบริการในพื้นที่ต่าง ๆ ปัจจุบันที่รถไฟชิงกันเซ็งซึ่งเปิดใช้ตั้งแต่ พ.ศ. 2507 มีเครือข่ายเชื่อมโยงเมืองหลักเกือบทั่วประเทศ รถไฟของญี่ปุ่นเป็นที่รู้จักในเรื่องตรงต่อเวลา[102] ทางรถไฟญี่ปุ่น ระยะทางรวมทั้งสิ้น23,474 กิโลเมตรแบ่งเป็น ราง 1.435 เมตร สำหรับวิ่งรถไฟความเร็วสูงหรือรถไฟใต้ดินหลายเมือง ระยะทาง 2,664 กม รางรถไฟ 1.067 เมตร สำหรับรถไฟฟ้าชานเมืองรถไฟทางใกล ระยะทาง 22,445 กม.ทางด่วนแห่งชาติ ของประเทศญี่ปุ่นมีระยะทางทั้งสิ้น 11,520 กิโลเมตรการเดินทางโดยเครื่องบินเป็นที่นิยมและมีสนามบิน 173 แห่งทั่วประเทศ สนามบินฮาเนดะที่ส่วนใหญ่ให้บริการเที่ยวบินภายในประเทศเป็นสนามบินที่หนาแน่นที่สุดในเอเชีย[103] สนามบินนานาชาติที่สำคัญได้แก่สนามบินนาริตะ สนามบินคันไซ และสนามบินนานาชาตินาโงยา แต่การก่อสร้างสนามบินบางแห่งเป็นเพียงส่วนหนึ่งของการใช้งบประมาณเพื่อกระตุ้นเศรษฐกิจมากกว่าเพื่อประโยชน์ใช้สอยจริง[104] สนามบินบางแห่งขาดทุนมาตลอดตั้งแต่เปิดทำการ[105]