อินโดนีเซียประกอบด้วยหมู่เกาะที่มีความเจริญรุ่งเรืองมาช้านาน แต่ต่อมาต้องตกอยู่ภายใต้การปกครองของเนเธอร์แลนด์อยู่ประมาณ 301 ปี ในเดือนมกราคม พ.ศ. 2485 ซึ่งเป็นช่วงสงครามโลกครั้งที่ 2 ญี่ปุ่นบุกอินโดนีเซีย และทำการขับไล่เนเธอร์แลนด์เจ้าอาณานิคมของอินโดนีเซียออกไปได้สำเร็จ จึงทำให้ผู้นำอินโดนีเซียคนสำคัญในสมัยนั้นให้ความร่วมมือกับญี่ปุ่นแต่ไม่ได้ให้ความไว้วางใจกับญี่ปุ่นมากนัก เพราะมีเหตุเคลือบแคลงคือ เมื่อผู้รักชาติอินโดนีเซียจัดตั้งขบวนการต่าง ๆ ขึ้นมา ญี่ปุ่นจะขอเข้าร่วมควบคุมและดำเนินงานด้วย

เมื่อญี่ปุ่นแพ้สงครามและประกาศยอมจำนนต่อฝ่ายพันธมิตร อินโดนีเซียได้ถือโอกาสประกาศเอกราชใน พ.ศ. 2488 แต่เนเธอร์แลนด์เจ้าของอาณานิคมเดิมไม่ยอมรับการประกาศเอกราชของอินโดนีเซีย จึงยกกองทัพเข้าปราบปราม ผลจากการสู้รบปรากฏว่าเนเธอร์แลนด์ไม่สามารถปราบปรามกองทัพอินโดนีเซียได้ ระหว่างการเรียกร้องเอกราชทำให้เกิดผู้นำในการเรียกร้องหลายท่านที่ควรค่าแก่การยกย่องดังที่พบในรายนามวีรบุรุษแห่งชาติ (อินโดนีเซีย) เช่น กี ฮาจาร์ เดเวนตารา (Ki Hajar Dewantara) จากนั้นอังกฤษซึ่งเป็นพันธมิตรกับเนเธอร์แลนด์จึงเข้ามาช่วยไกล่เกลี่ยเพื่อให้ยุติความขัดแย้งกัน โดยให้ทั้งสองฝ่ายลงนามในข้อตกลงลิงกาจาตี (Linggadjati Agreement) เมื่อ พ.ศ. 2489 โดยเนเธอร์แลนด์ยอมรับอำนาจรัฐของรัฐบาลอินโดนีเซียในเกาะชวาและสุมาตรา ต่อมาภายหลังเนเธอร์แลนด์ได้ละเมิดข้อตกลงโดยได้นำทหารเข้าโจมตีอินโดนีเซียทำให้ประเทศอื่น ๆ เช่น ออสเตรเลีย อินเดีย ได้ยื่นเรื่องให้คณะมนตรีความมั่นคงแห่งสหประชาชาติเข้าจัดการ สหประชาชาติได้เข้าระงับข้อพิพาทโดยตั้งคณะกรรมการประกอบด้วยออสเตรเลีย เบลเยียม และสหรัฐอเมริกา เพื่อทำหน้าที่ไกล่เกลี่ยประนีประนอมและได้เรียกร้องให้หยุดยิง แต่เนเธอร์แลนด์ได้เข้าจับกุมผู้นำคนสำคัญของอินโดนีเซีย คือ ซูการ์โนและฮัตตาไปกักขัง ต่อมาทหารอินโดนีเซียสามารถช่วยเหลือนำตัวผู้นำทั้งสองออกมาได้ ในระยะนี้ทุกประเทศทั่วโลกต่างตำหนิการกระทำของเนเธอร์แลนด์อย่างยิ่งและคณะมนตรีความมั่นคงได้กดดันให้เนเธอร์แลนด์มอบเอกราชแก่อินโดนีเซีย

ในวันที่ 27 ธันวาคม พ.ศ. 2492 อินโดนีเซียได้รับเอกราชแต่ความยุ่งยากยังคงมีอยู่เนื่องจากเนเธอร์แลนด์ไม่ยินยอมให้รวมดินแดนอีรียันตะวันตกเข้ากับอินโดนีเซีย ทั้งสองฝ่ายจึงต่างเตรียมการจะสู้รบกันอีก ผลที่สุดเนเธอร์แลนด์ก็ยอมโอนอำนาจให้สหประชาชาติควบคุมดูแลอีรียันตะวันตกและให้ชาวอีรียันตะวันตกแสดงประชามติว่าจะรวมกับอินโดนีเซียหรือไม่ ผลการออกเสียงประชามติปรากฏว่าชาวอีรียันตะวันตกส่วนใหญ่ต้องการรวมกับอินโดนีเซีย สหประชาชาติจึงโอนอีรียันตะวันตกให้อยู่ในความปกครองของอินโดนีเซียเมื่อเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2506