ลูกปลาการ์ตูนบางส่วนที่หน่วยงานกรมประมงเพาะพันธุ์ได้ จะถูกนำไปปล่อยคืนในแหล่งน้ำธรรมชาติที่เหมาะสมซึ่งปลาการ์ตูนสามารถดำรงชีวิตอยู่ได้ โดยการปล่อยปลาการ์ตูน จะต้องมีการปรับสภาพให้ปลามีคุ้ยเคยกับแหล่งที่จะปล่อยปลาการ์ตูนเหล่านั้น เพื่อให้รอดพ้นจากกการถูกทำร้ายจากสัตว์น้ำชนิดอื่น และดำรงชีวิตต่อไปได้[5]