ปลาการ์ตูนออกลูกเป็นไข่และสามารถเปลี่ยนเพศได้ ปลาการ์ตูนจะเปลี่ยนเพศเมื่อสิ่งแวดล้อมกำหนดบทบาทให้ โดยในระยะแรกเริ่มหลังจากที่ฟักออกจากไข่ยังไม่สามารถกำหนดได้ว่าเป็นเพศใด จนกว่าจะเป็นตัวเต็มวัยจึงจะปรากฏเป็นปลาเพศผู้ และในปลารุ่นเดียวกันที่มีขนาดใหญ่ที่สุดจะต้องเปลี่ยนแปลงเป็นปลาเพศเมีย โดยในสังคมของปลาการ์ตูนกลุ่มหนึ่ง ๆ จะมีปลาเพศเมียเพียงตัวเดียวเท่านั้น ตัวใหญ่ที่สุดในฝูง สีสันไม่สดใสมากนัก พฤติกรรมก้าวร้าว ส่วนปลาเพศผู้มีขนาดเล็กกว่า สีสันสวยงามกว่า จากปลาเพศผู้ เมื่อมีสิ่งเร้าจากภายนอกและภายในเกิดขึ้นอย่างสมบูรณ์ เทเลนฟาลอน (Telenephalon) จะส่งสัญญาณมาที่ทาลามัส (Thalamus) และไฮโปธาลามัส (Hypothalamus) ส่งคำสั่งไปยังต่อมใต้สมองให้หลั่งฮอร์โมนเฉพาะของเพศผู้ อวัยวะเป้าหมายส่วนที่ จะพัฒนาจนสามารถทำงานได้คืออัณฑะผลิตสเปิร์ม ส่วนตัวที่ใหญ่ ที่สุดจะมีพัฒนาการตรงกันข้าม ไฮโปธาลามัสจะส่งคำสั่งไปยังต่อมใต้สมองให้หลั่งฮอร์โมนเฉพาะของเพศเมีย อวัยวะเป้าหมายคือรังไข่ ผลิตไข่ และถ้าเพศเมียตายไป ปลาการ์ตูนเพศผู้ที่มีขนาดใหญ่ที่สุด แข็งแกร่งที่สุด จะเกิดการเปลี่ยนแปลงเพศทดแทนด้วยกลไกแบบหลังภายใน 4 สัปดาห์ โดยจะเพิ่มขนาดอย่างรวดเร็ว พร้อมสีสันสวยน้อยลง

และจากการศึกษาพบว่า ปลาการ์ตูนมีระบบชนชั้นภายในฝูง โดยตำแหน่งหัวหน้าฝูงจะเป็น ปลาเพศเมียตัวที่ใหญ่ที่สุด และลดหลั่นกันไปจนถึงตัวที่มีขนาดเล็กที่สุด อีกทั้งยังพบด้วยว่า แม้ว่าปลาการ์ตูนจะถือกำเนิดห่างไกลจากที่กำเนิดเท่าใด เมื่อเจริญเติบโตขึ้นหรือถึงฤดูผสมพันธุ์วางไข่ จะว่ายฝ่ากระแสน้ำกลับมาวางไข่ยังบริเวณเดิมที่กำเนิด โดยอาศัยการดมกลิ่นจากกลิ่นของพืชที่อยู่บริเวณนั้น ซึ่งปลาจะมีความจดจำลักษณะเฉพาะของกลิ่นได้[3]

ความสัมพันธ์กับดอกไม้ทะเล

ปลาการ์ตูนเป็นปลาที่มีลักษณะเฉพาะ คือ จะอาศัยอยู่ภายในดอกไม้ทะเลซึ่งมีเข็มพิษ แต่ไม่เป็นอันตรายกับปลาการ์ตูน เพื่อป้องกันตัว เป็นพฤติกรรมที่สัตว์ทั้งสองพึ่งพากัน ดอกไม้ทะเลมีหนวดยาวมากมายพลิ้วไหวไปตามกระแสน้ำ ส่วนร่างยึดติดกับโขดหินหรือปะการังเอาไว้ หนวดที่อ่อนนุ่มเป็นอวัยวะสำคัญที่ใช้หาอาหาร บริเวณปลายหนวดเต็มไปด้วยเข็มพิษจำนวนมหาศาล เมื่อมีปลาว่ายหลงผ่านมา ดอกไม้ทะเลจะใช้หนวดพิษทิ่มแทงเหยื่อให้เป็นอัมพาต แล้วใช้หนวดจับเข้าปาก จึงไม่มีปลาอื่นกล้าว่ายเข้าใกล้ดอกไม้ทะเล ยกเว้นเพียงปลาการ์ตูน ที่เที่ยวว่ายหากินสาหร่ายเล็ก ๆ อยู่รอบ ๆ ครั้นมีศัตรูมารบกวน มันจะรีบว่ายเข้าไปหลบซ่อนอยู่ในกอดอกไม้ทะเล

นอกจากนี้แล้ว จากการศึกษาล่าสุดพบว่า ในเวลากลางคืนที่ปริมาณออกซิเจนในน้ำลดน้อยลง ปลาการ์ตูนจะโบกครีบไปมาเพื่อให้เกิดกระแสน้ำไหลผ่านดอกไม้ทะเลเพื่อให้ออกซิเจนอีกด้วย[4]

อันที่จริงแล้วปลาการ์ตูนก็ได้รับพิษเช่นกัน แต่รู้จักปรับตัวโดยใช้วิธีว่ายเข้าไปสัมผัสกับดอกไม้ทะเลทีละน้อย ๆ แล้วถอยออกมา ทำอยู่จนกระทั่งร่างกายสร้างเมือกขึ้นมาปกคลุมตัว ช่วยป้องกันเข็มพิษดอกไม้ทะเลได้ในที่สุด แต่ถ้าปลาการ์ตูนปราศจากเมือกอันนี้เมื่อใด ปลาก็จะถูกเข็มพิษของดอกไม้ทะเลทำร้าย จนตายในที่สุด