ปลาการ์ตูนแบ่งออกได้เป็น 2 สกุล คือ Amphiprion และ Premnas ซึ่งมีอยู่เพียงชนิดเดียว

• สกุล Amphiprion:[1]
  • Amphiprion akallopisos – ปลาการ์ตูนอินเดียนม่วง
  • Amphiprion akindynos
  • Amphiprion allardi
  • Amphiprion barberi
  • Amphiprion bicinctus
  • Amphiprion chagosensis
  • Amphiprion chrysogaster
  • Amphiprion chrysopterus
  • Amphiprion clarkii – ปลาการ์ตูนลายปล้อง
  • Amphiprion ephippium – ปลาการ์ตูนแดงดำ, ปลาสลิดหินส้ม
  • Amphiprion frenatus – ปลาการ์ตูนมะเขือเทศ
  • Amphiprion fuscocaudatus
  • Amphiprion latezonatus
  • Amphiprion latifasciatus – ปลาการ์ตูนมาดากัสการ์
  • Amphiprion leucokranos
  • Amphiprion mccullochi
  • Amphiprion melanopus
  • Amphiprion nigripes
  • Amphiprion ocellaris – ปลาการ์ตูนส้มขาว
  • Amphiprion omanensis
  • Amphiprion pacificus – ปลาการ์ตูนแปซิฟิก
  • Amphiprion percula – ปลาการ์ตูนส้ม
  • Amphiprion perideraion
  • Amphiprion polymnus – ปลาการ์ตูนอานม้า
  • Amphiprion rubacinctus
  • Amphiprion sandaracinos – ปลาการ์ตูนเหลือง
  • Amphiprion sebae – ปลาการ์ตูนลายปล้องหางเหลือง
  • Amphiprion thiellei
  • Amphiprion tricinctus
• สกุล Premnas:[1]
  • Premnas biaculeatus – ปลาการ์ตูนแดง

ปัจจุบัน ปลาการ์ตูนทั่วโลกพบทั้งหมด 30 ชนิด ในน่านน้ำไทยพบปลาการ์ตูน 7 ชนิด[2] ทั้งด้านอ่าวไทยและอันดามันได้แก่ ปลาการ์ตูนส้มขาว (Amphiprion ocellaris), ปลาการ์ตูนอินเดียนแดง (A. akallopisos), ปลาการ์ตูนมะเขือเทศ (A. frenatus), ปลาการ์ตูนอานม้า (A. polymnus), ปลาการ์ตูนลายปล้อง (A. clarkii), ปลาการ์ตูนลายปล้องหางเหลือง (A. sebae) และปลาการ์ตูนแดง (Premnas biaculeatus)