สิ่งที่บ่งชี้คุณภาพของปลาร้า คือ คุณค่าด้านสารอาหาร รส กลิ่น สี นักโภชนาการยอมรับกันว่า เมื่อเปรียบเทียบปลาร้ากับอาหารหมักดองประเภทอื่น เช่น ปลาจ่อม ปลาส้มฟัก กะปิ ปลาร้าให้คุณค่าด้านสารอาหารค่อนข้างสูง คือ ให้โปรตีน ไขมัน เกลือแร่ โดยเฉพาะปลาร้าที่ทำมาจากปลาช่อน

ส่วนรสชาติ กลิ่น สีของปลาร้านั้นขึ้นอยู่กับปลาร้าที่ได้สัดส่วนระหว่างปลา เกลือและอุณหภูมิ หากปลาร้าไม่เน่า เพราะเกลือได้สัดส่วน และเป็นเกลือสินเธาว์ตัวปลาจะแข็ง มีสีแดง ส่วนกลิ่นที่หอมและรสที่ไม่เค็มเกินไปขึ้นอยู่กับการใช้ข้าวคั่วและรำใหม่ ที่มีคุณภาพดี ชาวอีสานจะเรียกปลาร้าตามคุณภาพของรสและกลิ่น เช่น ปลาแดกหอม ปลาแดกนัวหรือปลาแดกต่วง และปลาแดกโหน่ง

ปลาแดกหอม เป็นปลาร้าที่มีกลิ่นหอมสีแดงน่ารับประทาน ทำจากปลาตัวโตเช่น ปลาช่อนและปลาดุก ส่วนประกอบในการหมักใช้เกลือมากกว่าสูตรทั่วไป คือ ปลาสี่ส่วน เกลือสองส่วนและข้าวคั่วหรือรำหนึ่งส่วน

ปลาแดกนัวหรือปลาแดกต่วง เป็นปลาร้าที่หมักให้มีกลิ่นนุ่มนวล ปลาที่ใช้ทำจะเลือกปลาขนาดกลางและขนาดเล็ก ส่วนผสมประกอบด้วย ปลาสี่ส่วน เกลือหนึ่งส่วนครึ่ง และรำหนึ่งส่วน

ปลาแดกโหน่ง เป็นปลาร้าที่มีกลิ่นอันร้ายกาจ ส่งกลิ่นฟุ้งได้ไกล รสชาติแปลกประหลาด สีออกดำคล้ำ นิยมใช้ปรุงส้มตำ ปลาร้าชนิดนี้จะทำมาจากปลาขนาดเล็ก เช่น ปลาซิว ปลาสร้อย ปลาขาวนา ส่วนผสมที่ใช้ ปลาสี่ส่วน เกลือหนึ่งส่วน รำหนึ่งส่วน

ปลาร้าที่หมักนานกว่าสามเดือนขึ้นไปจะให้รสชาติที่ดี ถ้าปลาช่อนตัวใหญ่อาจต้องใช้เวลาถึงหนึ่งปี ไม่ต้องพะวงกับเชื้อโรคในปลาร้า เพราะนักโภชนาการเชื่อว่า เกลือในปริมาณที่พอเหมาะมากพอจะทำให้ยับยั้งการเจริญเติบโตของจุลินทรีย์ที่ ทำให้อาหารบูดเน่าได้ ดังนั้นถ้าปลาร้าที่ทำจากปลาที่ล้างสะอาด สด ใช้เกลือสินเธาว์และภาชนะบรรจุที่เหมาะสมจะทำให้ได้ปลาร้าที่มีคุณภาพดี จากการศึกษาวิจัยยังพบอีกว่า ปลาร้าที่หมักนานกว่าสามเดือนขึ้นไป พยาธิใบไม้ตับ จะตายหมดไม่สามารถติดต่อมายังคนได้ไม่ว่าจะรับประทานปลาร้าดิบหรือสุกก็ตาม