เมืองปัฏนา มีชื่อเรียกหลายคำ เช่น ปาฏลีบุตร ปาตลีบุตร ปัตนะ ในพระไตรปิฏกเรียกว่า บ้านปาฏลิคาม[3] เมืองนี้สร้างโดยพระเจ้าอชาตศัตรู พระราชาแห่งแคว้นมคธผู้ครองกรุงราชคฤห์ในสมัยปลายพุทธกาล โดยความประสงค์จะให้เป็นหมู่บ้านเล็กๆ ชั่วคราวเพื่อใช้เป็นหมู่บ้านหน้าด่านสำหรับตรวจความเคลื่อนไหวของแคว้นวัชชีเพื่อเตรียมพร้อมสำหรับสงครามยึดแคว้นวัชชี ซึ่งพระเจ้าอชาตศัตรูได้ส่งมหาอำมาตย์ชื่อสุนีธะและวัสสการพราหมณ์มาเพื่อเป็นแม่กองในการสร้างหมู่บ้านปาฏลิคาม ในพระไตรปิฎกได้กล่าวถึงการเสด็จมาของพระพุทธเจ้า ณ สถานที่นี้ในขณะกำลังสร้างหมู่บ้านด้วย ตามความในปาฏลิคามิยสูตรว่า พระพุทธเจ้าได้เสด็จมาและได้ทรงแสดงปาฏิหาริย์ข้ามฝั่งแม่น้ำเพื่อข้ามมายังหมู่บ้านนี้ ชาวบ้านจึงเรียกท่าที่พระองค์เสด็จขึ้นและประตูหมู่บ้านที่พระองค์เสด็จเข้าว่า โคตมติตถะและโคตมทวาร ตามลำดับ ซึ่งหลังจากพระองค์ได้ทอดพระเนตรที่ตั้งของหมู่บ้านห่างไกลแห่งนี้แล้ว ได้ทรงทำนายไว้ว่า

"อานนท์ มหาอำมาตย์ในแว่นแคว้นมคธชื่อสุนีธะและวัสสการะ จะสร้างเมืองในปาฏลิคามเพื่อป้องกันเจ้าวัชชีทั้งหลาย ประหนึ่งว่าปรึกษากับเทวดาชั้นดาวดึงส์แล้วสร้างเมืองฉะนั้น ... อานนท์ เมืองนี้จักเป็นเมืองเลิศแห่งที่ประชุมของเหล่ามนุษย์ผู้เป็นอริยะ และเป็นทางค้าขาย เป็นที่แก้ห่อสินค้า อันตราย 3 อย่าง (เท่านั้น) จักมีแก่เมืองปาฏลิคาม (คือ) จากไฟ จากน้ำ และจากความแตกแห่งกันและกัน."

จากความดังกล่าวพระพุทธองค์ทรงทำนายว่าหมู่บ้านเล็กๆ ห่างไกลแห่งนี้ จะมีความสำคัญในอนาคต และปรากฏว่า หลังพระพุทธปรินิพพานไม่ถึงร้อยปี หมู่บ้านสุดชายแดนแห่งนี้ก็กลายเป็นเมืองที่สำคัญที่สุดเมืองหนึ่งในหน้าประวัติศาสตร์แห่งชมพูทวีป คือได้เป็นเมืองหลวงแห่งแคว้นมคธ จากความผันผวนทางการเมืองจากเหตุการณ์ล้มราชวงศ์พิมพิสาร และการย้ายเมืองหลวงแห่งแคว้นมคธหลายครั้งในช่วง พ.ศ. 70 ที่เริ่มจากการที่อำมาตย์และราษฎรพร้อมใจกันถอดกษัตริย์นาคทัสสก์แห่งราชวงศ์ของพระเจ้าพิมพิสารออกจากพระราชบัลลังก์ และยกสุสูนาคอำมาตย์ซึ่งมีเชื้อสายเจ้าลิจฉวีในกรุงเวสาลีแห่งแคว้นวัชชีเก่า ให้เป็นกษัตริย์ตั้งราชวงศ์ใหม่ แล้วพระเจ้าสุสูนาคจึงได้ทำการย้ายเมืองหลวงของแคว้นมคธไปยังเมืองเวสาลีอันเป็นเมืองเดิมของตน และกษัตริย์พระองค์ต่อมาคือพระเจ้ากาลาโศกราช ผู้เป็นพระราชโอรสของพระเจ้าสุสูนาค ได้ย้ายเมืองหลวงของแคว้นมคธอีก จากเมืองเวสาลีมายังบ้านปาฏลิคาม ซึ่งกลายเป็นเมืองหลวง[4] และเป็นเมืองศูนย์กลางที่ยิ่งใหญ่ของพระพุทธศาสนาในเวลาต่อมา โดยเมืองนี้เป็นสถานที่ๆ มีการทำตติยสังคายนาโดยพระบรมราชูปถัมภ์ของพระเจ้าอโศกมหาราช พระมหาจักรพรรดิผู้ทรงเป็นมหาราชผู้ยิ่งใหญ่ที่สุดของประวัติศาสตร์อินเดีย และเมืองแห่งนี้ก็ได้เจริญรุ่งเรืองในฐานะศูนย์กลางทางการค้าและเศรษฐกิจมาจนปัจจุบัน