ปูม้าตัวผู้และตัวเมียมีลักษณะแตกต่างกันที่จับปิ้งและสี ตัวผู้มีก้ามยาวเรียวกว่า มีสีฟ้าอ่อนและมีจุดขาวตกกระทั่วไปบนกระดองและก้าม พื้นท้องเป็นสีขาว จับปิ้งเป็นรูปสามเหลี่ยมเรียวสูง ตัวเมียจะมีก้ามสั้นกว่ากระดองและก้ามมีสีฟ้าอมน้ำตาลอ่อนและมีจุดขาวประทั่วไปทั้งกระดองและก้าม เมื่อถึงฤดูกาลวางไข่ ปูม้าตัวเมียจะมีไข่ติดอยู่บริเวณระยางค์ซึ่งเคยเป็นขาว่ายน้ำในระยะวัยอ่อน โดยในระยะแรกไข่จะอยู่ภายในกระดองต่อมากระดองทางหน้าท้องเปิดออกมาทำให้สามารถเห็นไข่ชัดเจน จึงมักเรียกปูม้าในระยะนี้ว่าปูม้าที่มีไข่นอกกระดอง ไข่นอกกระดองนี้ในขณะที่เจริญแบ่งเซลล์อยู่ภายในเปลือกไข่ สีของไข่จะค่อย ๆ เปลี่ยนจากสีเหลืองอมส้มเป็นสีเหลืองปนเทา สีเทาและสีเทาอมดำ ปูม้าที่มีไข่สีเทาอมดำนั้นจะวางไข่ภายใน 1–2 วัน วางไข่ได้ตลอดทั้งปี ตัวหนึ่งมีไข่ได้ถึง 120,000–1,300,000 ฟอง มีระยะเวลาการผสมพันธุ์นานถึง 12 วัน หลังผสมพันธุ์ ตัวผู้จะยังเกาะหลังตัวเมียต่อไปอีก 2 วัน