ป้อมปราการรุ่นแรกสร้างขึ้นในคริสต์ศตวรรษที่ 6 บนพื้นที่ที่มีผู้คนอาศัยอยู่ในช่วงยุคหินใหม่และยุคสำริด (ประมาณ 4,000 ปีก่อนคริสต์ศักราชเป็นต้นมา) โดยสร้างด้วยหินปูนสีเหลืองและแทรเวอร์ทีน พร้อมกับชิ้นส่วนของจารึกภาษาละติน วัสดุสำหรับสร้างป้อมปราการมีต้นกำเนิดมาจากเมืองสกูปีของโรมันซึ่งถูกทำลายจากแผ่นดินไหวใน ค.ศ. 518

เชื่อกันว่าป้อมปราการแห่งนี้สร้างขึ้นในสมัยการปกครองของจักรพรรดิยุสตินิอานุสที่ 1 และสร้างเพิ่มเติมในช่วงคริสต์ศตวรรษที่ 10 และ 11 ทับซากเดิมจากสมัยจักรพรรดิยุสตินิอานุส ซึ่งอาจถูกทำลายเนื่องจากสงครามและการสู้รบในภูมิภาค เมืองนี้เป็นเมืองหลวงของจักรวรรดิบัลแกเรียที่ 1 ระหว่าง ค.ศ. 992–1015 และเป็นศูนย์กลางของการลุกฮือของจักรวรรดิบัลแกเรียเพื่อต่อต้านจักรวรรดิไบแซนไทน์ภายใต้การปกครองของแปเตอร์ แดลยัน ไม่ค่อยมีใครรู้เกี่ยวกับป้อมปราการในสมัยกลางนอกเหนือจากเอกสารบางส่วนที่อธิบายลักษณะของป้อมปราการไว้เพียงเล็กน้อย

ใน ค.ศ. 1346 ที่ป้อมปราการสกอเปีย สแตฟันได้รับตำแหน่งจักรพรรดิในพิธีราชาภิเษกและได้ย้ายเมืองหลวงของจักรวรรดิเซอร์เบียมายังสกอเปีย[2][3]

ใน ค.ศ. 1660 เอฟลียา เชเลบี ผู้บันทึกเหตุการณ์ของจักรวรรดิออตโตมันได้เขียนเรื่องราวเชิงลึกเกี่ยวกับลักษณะของป้อมปราการขณะเดินทางผ่านดินแดนของจักรวรรดิ

ป้อมปราการถูกทำลายบางส่วนอีกครั้งจากแผ่นดินไหวใน ค.ศ. 1963 แต่ไม่ได้ถูกสร้างขึ้นใหม่จนกระทั่งเมื่อไม่นานมานี้[4][เมื่อไร?]