ราก

ผักเสี้ยนผี เป็นพืชที่มีระบบรากแก้ว ประกอบด้วยรากแรกเริ่มที่งอกออกจากเมล็ดและหยั่งลงสู่ดิน มีขนาดใหญ่กว่ารากอื่นๆ เรียกว่ารากแก้ว มีรากแขนงแตกออกจากรากแก้ว มีขนาดเล็กกว่ารากแก้ว โดยรากแขนงจะแตกออกจากรากแก้วในลักษณะแผ่กระจายออกไปรอบๆ รากแก้ว มีทิศทางเอียงลงสู่ดิน และรากแขนงยังแตกแขนงออกไปอีกเป็นทอดๆ รากผักเสี้ยนผีมีสีขาวขุ่น แต่รากที่มีอายุมากขึ้นจะเปลี่ยนเป็นสีน้ำตาลอ่อน มีกลิ่นเหม็น รสขม รากที่มีอายุ 3 เดือน มีความยาวของรากแก้ว ประมาณ 16 เซนติเมตร เส้นรอบวงบริเวณโคนราก ยาวประมาณ 1.5 เซนติเมตร รากแขนงยาวประมาณ 7 เซนติเมตร

ลำต้น

ผักเสี้ยนผี เป็นไม้ล้มลุก ลำต้นตั้งตรงเหนือดิน มีกิ่งแตกออกจากลำต้นทุกทิศทาง ข้อและปล้องเห็นไม่ชัดเจน ลำต้นที่มีอายุน้อยจะมีสีเขียว ส่วนลำต้นที่มีอายุมาก จะมีสีน้ำตาลปนม่วง ผิวของลำต้นไม่เรียบ มีรอยนูนเป็นเส้นตามความยาวของลำต้น มีขนอ่อนสีขาวนวลปกคลุมที่ผิวลำต้น มีกลิ่นเหม็น รสขม ภายในลำต้นมีน้ำยางใสและเหนียว เมื่อโตเต็มที่มีความสูงประมาณ 1 เมตร เส้นรอบวงโคนลำต้นยาวประมาณ 3 เซนติเมตร

ใบ

ใบประกอบแบบขนนก เรียงสลับ ใบย่อย 3 – 7 ใบ แต่ส่วนใหญ่ มีใบย่อย 3 – 5 ใบ รูปไข่ ยาวประมาณ 2 เซนติเมตร กว้างประมาณ 1 เซนติเมตร หนาประมาณ 0.3 มิลลิเมตร ปลายแหลม โคนสอบคล้ายรูปลิ่ม ขอบใบหยักเล็กน้อย เส้นใบสานเป็นร่างแห จัดเป็นพืชใบเลี้ยงคู่ ด้านหลังใบจะมีสีเขียวเข้มกว่าด้านท้องใบ มีขนอ่อนสีขาวนวลปกคลุมอยู่ทั่วใบ ใบอ่อนที่ม้วนงออยู่ตามความยาวของใบ เมื่อคลี่ออกจะค่อยๆ คลี่ออกทางด้านกว้างของใบ ก้านใบยาวประมาณ 2 เซนติเมตร มีกลิ่นเหม็น รสขม

ดอก

ดอกช่อแบบช่อเชิงหลั่น เป็นดอกสมบูรณ์เพศ คือมีเกสรเพศผู้และเกสรเพศเมียอยู่ในดอกเดียวกัน และเป็นดอกสมบูรณ์ คือมีส่วนประกอบครบทั้ง 4 ส่วน ได้แก่ กลีบเลี้ยง กลีบดอก เกสรเพศผู้และเกสรเพศเมีย ดอกออกที่ปลายยอด กลีบเลี้ยง สีเขียวอ่อน เรียวยาว ปลายกลีบแหลม 4 กลีบเป็นกลีบใหญ่ 1 กลีบ กลีบเล็ก 3 กลีบ กลีบเลี้ยงที่มีขนาดใหญ่ จะอยู่ตรงกับตำแหน่งที่เว้นว่างระหว่างกลีบดอก กลีบเลี้ยงใหญ่มีความยาวประมาณ 0.6 เซนติเมตร กว้างประมาณ 0.2 เซนติเมตร หนาประมาณ 0.1 มิลลิเมตร กลีบเลี้ยงเล็ก มีความยาวและความหนาเท่าๆ กับกลีบเลี้ยงใหญ่ แต่มีความกว้างน้อยกว่า คือประมาณ 1.5 มิลลิเมตร กลีบดอก สีเหลือง 4 กลีบเรียงชิดกัน มีช่องว่างเหลือประมาณความกว้างของ 1 กลีบดอก กลีบดอกมีลักษณะแผ่แบนคล้ายเล็บ ขอบเรียบ โค้งมน ยาวประมาณ 1 เซนติเมตร กว้างประมาณ 0.4 เซนติเมตร หนาประมาณ 0.1 มิลลิเมตร ก้านดอก สีเขียวอ่อน ยาวประมาณ 0.6 เซนติเมตร รังไข่มีตำแหน่งอยู่เหนือวงกลีบ แต่ละดอก ประกอบด้วยเกสรเพศเมีย 1 อัน และเกสรเพศผู้ ประมาณ 20 อัน มีกลิ่นเหม็น รสขม ผักเสี้ยนผีจะออกดอกเมื่ออายุประมาณ 1 เดือนครึ่ง – 2 เดือน

ผล

ผลเดี่ยวชนิดผลแห้ง ผลมีลักษณะเป็นฝัก กลมยาว ปลายแหลม มีจะงอยที่ปลายผล ผิวหยาบ ผลสด สีเขียว ผลแก่ที่แห้งแล้วสีน้ำตาล มีขนสีขาวนวลปกคลุมทั่วทั้งผล ยาวประมาณ 6 เซนติเมตร เส้นรอบวงตรงกลางผลยาวประมาณ 1 เซนติเมตร ก้านผลยาวประมาณ 1.4 เซนติเมตร มีกลิ่นเหม็น รสขม อายุของผลตั้งแต่เริ่มเกิดผลจนกระทั่งแก่และฝักแตก ใช้เวลาประมาณ 3 สัปดาห์

เมล็ด

รูปทรงกลม แบน เมล็ดอ่อน สีเขียวอ่อน เมล็ดแก่ สีน้ำตาลแดง ผิวหยาบ มีเส้นลายนูนต่ำแผ่ออกจากตรงกลางที่เป็นรอยบุ๋ม เส้นผ่านศูนย์กลางยาวประมาณ 1.2 มิลลิเมตร หนาประมาณ 0.6 มิลลิเมตร จำนวนเมล็ดต่อผลประมาณ 150 เมล็ด มีกลิ่นเหม็น รสขม