ในวันขึ้น 15 ค่ำ เดือน 10 ปี พ.ศ. 2460 เมื่อพระสดกลับจากบิณฑบาตแล้ว ท่านก็เข้าไปนั่งสมาธิเจริญภาวนาในพระอุโบสถ ขณะนั้นเวลาประมาณ 8 โมงเศษๆ ท่านก็เริ่มทำความเพียร โดยตั้งใจว่าหากยังไม่ได้ยินเสียงกลองเพล จะไม่ยอมลุกจากที่ เมื่อตั้งใจดังนั้นแล้ว ก็หลับตาภาวนา "สัมมา อะระหัง" ไปเรื่อยๆ จนกระทั่งความปวดเมื่อย และอาการเหน็บชาค่อยๆ เพิ่มทีละน้อยๆ และมากขึ้นจนมีความรู้สึกว่า กระดูกทุกชิ้นแทบจะระเบิดหลุดออกมาเป็นชิ้นๆ จนเกือบจะหมดความอดทน ความกระวนกระวายใจก็ตามมา

"เอ...แต่ก่อนเราไม่เคยรู้สึกเช่นนี้เลย พอตั้งสัจจะลงไปว่า ถ้ากลองเพลไม่ดังจะไม่ลุกจากที่ เหตุใดมันจึงเพิ่มความกระวนกระวายใจมากมายอย่างนี้ ผิดกว่าครั้งก่อนๆ ที่นั่งภาวนา เมื่อไรหนอ กลองเพลจึงจะดังสักที" คิดไปจิตก็ยิ่งแกว่งและซัดส่ายมากขึ้น จนเกือบจะเลิกนั่งหลายครั้ง แต่เมื่อได้ ตั้งสัจจะไปแล้วท่านก็ทนนั่งต่อไป ในที่สุดใจก็ค่อยๆ สงบลงทีละน้อย แล้วรวมหยุดเป็นจุดเดียวกัน เห็นเป็นดวงใสบริสุทธิ์ขนาดเท่าฟองไข่แดงของไก่ ในใจชุ่มชื่นเบิกบานอย่างบอกไม่ถูก ความปวดเมื่อยหาย ไปไหนไม่ทราบ ในเวลาเดียวกันนั้นเสียงกลองเพลก็ดังขึ้น

วันนั้นท่านมีความสุขตลอดทั้งวัน ดวงธรรมขั้นต้นซึ่งเป็นดวงใสก็ยังเห็นติดอยู่ตรงศูนย์กลางกายตลอดเวลา ในช่วงเย็น หลังจากได้ร่วมลงฟังพระปาฏิโมกข์กับเพื่อนภิกษุ ท่านได้เข้าไปในพระอุโบสถแล้วตั้งสัตยาธิษฐานว่า "แม้เลือดเนื้อจะ แห้งเหือดหายไป เหลือแต่หนัง เอ็น กระดูก ก็ตามที ถ้านั่งลงไปแล้ว ไม่บรรลุธรรมที่พระพุทธเจ้าทรงเห็น จะไม่ยอมลุกขึ้นจากที่จนตลอดชีวิต" เมื่อ ตั้งจิตอธิษฐานเสร็จ จึงเริ่มนั่งและตั้งจิตอ้อนวอนแด่พระพุทธเจ้าว่า

ขอพระองค์ได้ทรงพระกรุณาโปรดข้าพระพุทธเจ้า ทรงประทานธรรมที่พระองค์ได้ตรัสรู้อย่างน้อยที่สุดแลง่ายที่สุด ที่พระองค์ได้ทรงรู้แล้วแก่ข้าพระพุทธเจ้า ถ้าข้าพระพุทธเจ้ารู้ธรรมของพระองค์แล้วเป็นโทษแก่ศาสนาของพระองค์แล้ว ขอพระองค์อย่าพระราชทานเลย ถ้าเป็นคุณแก่ศาสนาของพระองค์แล้ว ขอพระองค์ได้ทรงพระกรุณา โปรดพระราชทานแก่ข้าพระองค์ ข้าพระองค์รับเป็นทนายศาสนาในศาสนาของพระองค์ไปจนตลอดชีวิต

เมื่อท่านตั้งความปรารถนาแล้ว ก็เริ่มนั่งขัดสมาธิเข้าที่ภาวนา พอดีนึกถึงมดขี้ที่อยู่ในระหว่างช่องแผ่นหินซึ่งกำลังไต่ไปมา จึงหยิบขวดน้ำมันก๊าด เอานิ้วมือจุ่ม เพื่อจะเขียนวงให้รอบตัวกันมดรบกวน แต่พอจรดนิ้วที่พื้นหินยังไม่ถึงครึ่งวง ก็เกิดความคิดขึ้นมาว่า ชีวิตสละได้ แต่ทำไมยังกลัวมดขี้นอยู่เล่า นึกละอายตัวเอง จึงวางขวดน้ำมันลง แล้วนั่งเข้าที่ได้ประมาณครึ่งหรือค่อนคืน เมื่อใจหยุดเป็นจุดเดียวกัน ก็มองเห็นดวงใสบริสุทธิ์ขนาดเท่าฟองไข่แดงของไก่ ซึ่งยังติดอยู่ที่ศูนย์กลางกายจากเมื่อเพล ยิ่งมองยิ่งใสสว่างมากขึ้น และขยายใหญ่ขนาดเท่าดวงอาทิตย์ ดวงใสยังคงสว่างอยู่อย่างนั้น โดยที่ท่านก็ไม่ทราบว่าจะทำอย่างไรต่อไป เพราะทุกสำนักที่ท่านได้ศึกษามาไม่เคยมีประสบการณ์เช่นนี้มาก่อน

ขณะที่ใจหยุดนิ่งอยู่ตรงนั้น ก็มีเสียงหนึ่งดังขึ้นมาจากจุดกลางดวงนั้นว่า "มัชฌิมาปฏิปทา" แต่ขณะที่เสียงนั้นดังแผ่วขึ้นมาในความรู้สึก ก็เห็นจุดเล็กๆ เรืองแสง สว่างวาบขึ้นมาจากกลางดวงนั้น เสมือนจุดศูนย์กลางของวงกลม ความสว่างของจุดนั้นสว่างกว่าดวงกลมรอบๆ ท่านมองเรื่อยไป พลางคิดในใจว่า นี่กระมังทางสายกลาง จุดเล็กที่เราเพิ่งจะเห็นเดี๋ยวนี้อยู่กึ่งกลางพอดี ลองมองดูซิจะเกิดอะไรขึ้น

จุดนั้นค่อยๆ ขยายขึ้นและโตเท่ากับดวงเดิม ดวงเก่าหายไป ท่านมองไปเรื่อยๆ ก็เห็นดวงใหม่ลอยขึ้นมาแทนที่ เหมือนน้ำพุที่พุ่งขึ้นมาแทนที่กันนั่นแหละ ต่างแต่ใสยิ่งขึ้นกว่าดวงเดิม ในที่สุดก็ เห็นกายต่างๆ ผุดซ้อนกันขึ้นมาจนถึงธรรมกาย เป็นพระปฏิมากร เกตุดอกบัวตูม ใสบริสุทธิ์ยิ่งกว่า พระพุทธรูปบูชาองค์ใด เสียงพระธรรมกายกังวานขึ้นมาในความรู้สึกว่า "ถูกต้องแล้ว" เท่านั้นแหละ ความปีติสุขก็เกิดขึ้นอย่างไม่เคยเป็นมาก่อน ท่านถึงกับรำพึงออกมาเบาๆ ว่า

เออ... มันยากอย่างนี้นี่เอง ถึงได้ไม่บรรลุกัน ความเห็น ความจำ ความคิด ความรู้ ต้องรวมเป็นจุดเดียวกัน เมื่อหยุดแล้วจึงดับ เมื่อดับแล้วจึงเกิด ถ้าไม่ดับ ก็ไม่เกิด นี่เป็นของจริง ของจริงต้องอยู่ตรงนี้ ถ้าไม่ถูกส่วนนี้ เป็นไม่เห็นเด็ดขาด

การค้นพบวิชชาธรรมกายอันเป็นของจริงของแท้ เป็นทางบรรลุธรรมที่องค์สมเด็จพระสัมมาสัมพุทธเจ้า ได้ทรงบรรลุแล้ว เป็นสิ่งที่ละเอียดลึกซึ้งมาก ท่านจึงมาคำนึงว่า

คมฺภีโรจายํ ธรรมเป็นของลึกถึงเพียงนี้ ใครจะไปคิดคาดคะเนเอาได้ พ้นวิสัยของความตรึกนึกคิด ถ้ายังตรึกนึกคิดอยู่ก็เข้าไม่ถึง ที่จะเข้าถึง ต้องทำให้รู้ตรึก รู้นึก รู้คิดนั้น หยุดเป็นจุดเดียวกัน แต่พอหยุดก็ดับ แต่พอดับแล้วก็เกิด ถ้าไม่ดับแล้วไม่เกิด ตรองดูเถิดท่านทั้งหลาย นี้เป็นของจริง หัวต่อมีเป็นอยู่ตรงนี้ ถ้าไม่ถูกส่วนดังนี้ ก็ไม่มีไม่เป็นเด็ดขาด

ท่านยังคงนั่งเจริญภาวนาทบทวนอย่างนี้ต่อไปอีกประมาณ 30 นาที ก็เกิดภาพในสมาธิ เป็นภาพของวัดบางปลาปรากฏขึ้น ความรู้สึกขณะนั้นเหมือนตัวท่านอยู่ที่วัดนั้น ทำให้คิดว่าธรรมที่รู้เห็นได้ยากนั้น ที่วัดบางปลาจะต้องมีผู้ที่สามารถบรรลุธรรมได้แน่นอน ภาพของวัดบางปลาจึงปรากฏขึ้นในสมาธิ

นับแต่นั้นเป็นต้นมา ท่านได้ทุ่มเทชีวิตให้กับการปฏิบัติธรรมเจริญสมาธิภาวนาอย่างเต็มที่ เพื่อค้นคว้าหาที่สุดแห่งธรรม ยิ่งค้นก็ยิ่งลึกซึ้งขึ้นไปทุกที ท่านปฏิบัติอยู่อย่างนี้อีกประมาณเดือนเศษ จนออกพรรษา เมื่อรับกฐินแล้ว ก็ลาเจ้าอาวาสวัดบางคูเวียงไปพักอยู่ที่วัดบางปลาม้า เพื่อไปสอนธรรมที่ท่านได้รู้ได้เห็นแล้ว ท่านสอนอยู่ประมาณ 4 เดือน มีพระภิกษุที่สามารถปฏิบัติธรรมตามอย่างท่านได้ 3 รูป คือ พระภิกษุสังวาลย์ พระภิกษุแบน และพระภิกษุอ่วม รวมทั้งคฤหัสถ์อีก 4 คน

จากนั้น พรรษาที่ 13 ท่านได้พาพระภิกษุสังวาลย์ไปจำพรรษาที่วัดสองพี่น้อง ที่วัดนี้มี พระภิกษุได้เห็นธรรมอีก 1 รูป คือ พระภิกษุหมก หลังจากนั้น ท่านได้เดินทางไปพักที่วัดประตูสาร จังหวัด สุพรรณบุรี ซึ่งเป็นวัดของพระอุปัชฌาย์ของท่าน (ขณะนั้นได้มรณภาพแล้ว) มีประชาชนมาขอให้ท่านแสดงธรรมหลายครั้ง ท่านขัดไม่ได้ จึงยอมแสดงพระธรรมเทศนา เนื่องจากท่านมีความสามารถในการเทศน์สอน จึงเป็นที่พอใจแก่ประชาชนมาก ต่อมามีผู้มาขอร้องท่านให้แสดงธรรมอีกเป็นครั้งที่สอง ท่านรู้ว่าถ้าเทศน์อีกจะทำให้เจ้าอาวาสไม่พอใจ แต่ท่านต้องการจะสงเคราะห์ญาติโยมจึงตัดสินใจแสดงธรรมอีก เมื่อท่านแสดงธรรมจบ ท่านก็เข้าไปกราบลาเจ้าอาวาส แล้วเดินทางกลับทันที เพื่อไม่ให้เกิดการกระทบกระเทือน โดยท่านให้เหตุผลว่าจะพาพระไปอยู่กรุงเทพฯ ท่านพำนักอยู่ที่วัดนี้เป็นระยะเวลารวม 4 เดือน

เมื่อออกจากวัดประตูสาร ท่านได้ไปรับพระภิกษุหมก พระภิกษุปลดและพระภิกษุพล (พระครูโสภณราชวรวิหาร วัดเบญจมบพิตรฯ (ลาสิกขาบทแล้ว)) และพระภิกษุฮั้ว วัดป่าพฤกษ์ ที่วัดสองพี่น้อง กลับลงมากรุงเทพฯ ไปอยู่ที่สำนักเรียนวัดพระเชตุพนฯ เพื่อศึกษาพระปริยัติธรรมต่อไป

ในสมัยนั้น หลวงพ่อวัดปากน้ำฯ ต้องเผชิญกับความไม่เข้าใจของสังคมและพระเถรานุเถระในวงการพระพุทธศาสนาอย่างต่อเนื่อง เกี่ยวกับการกล่าวอ้างถึงคำว่า "ธรรมกาย" อยู่มิได้ขาด ซึ่งคำว่า "ธรรมกาย" นั้น มีหลักฐานปรากฏอยู่ในพระไตรปิฎก หลักศิลาจารึก และคัมภีร์ต่างๆ มาตั้งแต่สมัยโบราณมาก่อนแล้ว หากเพียงแต่ว่ามิได้รับการขยายความจากพระวิปัสนาจารย์ท่านอื่นๆ เพราะส่วนมากท่านเหล่านั้นไม่ชำนาญภาษาบาลีในระดับสูง จึงแนะนำการปฏิบัติที่รับต่อมาจากครูบาอาจารย์ถ่ายทอดให้ตนเท่านั้น ฯ