พระมณีรัตนาเริ่มเข้ารับราชการฝ่ายในตั้งแต่พระราชสวามีทำพิธีปราบดาภิเษก ดังปรากฏในคำให้การขุนหลวงหาวัดความว่า "ส่วนพระนเรศร์นั้นก็เข้าไปกรุงศรีอยุธยา ก็เสด็จขึ้นสู่พระราชฐาน อันอัครมหาเสนาบดีและมหาปุโรหิตทั้งปวง จึงทำการปราบดาภิเษก แล้วเชื้อเชิญขึ้นในเสวยราชสมบัติจึงถวายอาณาจักรเวนพิภพแล้ว ทั้งเครื่องราชาธูปโภคทั้งปวงอันครบครันแล้วจึงถวายพระนามใส่ในพระสุพรรณบัฏสมญา แล้วฝ่ายกรมในจึงถวายพระมเหสีพระนามชื่อนั้นพระมณีรัตนา แล้วถวายพระสนมกำนัลทั้งสิ้น..."[1]

ในประวัติศาสตร์ฟิลิปปินส์และอาณาจักรอื่น ๆ (History of the Philippines and Other Kingdom) อันเป็นจดหมายเหตุของสเปน เขียนโดยบาทหลวงมาร์เซโล เด ริบาเดเนรา (Marcelo de Ribadeneira) ซึ่งบันทึกตามคำบอกเล่าของบาทหลวงคณะฟรันซิสกันที่เคยอาศัยอยู่ในกรุงศรีอยุธยาเมื่อปี พ.ศ. 2125-2139 เนื้อความตอนหนึ่งกล่าวถึงกระบวนเสด็จพยุหยาตราทางชลมารคของพระมหากษัตริย์ พระมเหสี และพระราชโอรส ความว่า "...ครั้งหนึ่งบาทหลวงฟรันซิสกันได้เห็นพระเจ้าแผ่นดินประทับในเรือพระที่นั่งที่ตกแต่งประดับประดาไปด้วยพระปฏิมากร เพื่อจะเสด็จไปยังพระอารามแห่งหนึ่ง...[เรือ] แต่ละลำบรรทุกผู้คนมามากมายที่แต่งกายด้วยเครื่องแบบประเภทต่าง ๆ...แล้วจากนั้นเป็น [เรือของ] พระราชกุมารพระองค์เยาว์ที่สุดในพระเจ้าแผ่นดินที่เสด็จปรากฏพระองค์ในเรือพระที่นั่งที่ตกแต่งอย่างหรูหรา ตามติดมาเป็นสมเด็จพระอัครมเหสีและสาวสรรกำนัลใน สมเด็จพระอัครมเหสีประทับอยู่ลำพังพระองค์..."[2]

จากเนื้อความแสดงว่าสมเด็จพระนเรศวรมหาราชกับพระมณีรัตนาคงมีพระราชบุตรไม่ต่ำกว่าสองพระองค์[2]

พระนามของพระมณีรัตนาถูกตั้งเป็นชื่อสระน้ำแห่งหนึ่งในมหาวิทยาลัยนเรศวร[3]

ส่วนชื่อ "มณีจันทร์" มาจากความเข้าใจคลาดเคลื่อนของผู้แปลจดหมายเหตุวันวลิต เดิมผู้เขียนได้บันทึกพระนามของมเหสีม่ายพระองค์หนึ่งของสมเด็จพระนเรศวรมหาราชโดยสะกดตามอักขรวิธีดัตช์ว่า "Tjau Croa Mahaditjan" แต่ผู้แปลภาษาอังกฤษและฝรั่งเศสได้บันทึกเป็น "Zian Croa Mady Tjan"[4] และมีความเป็นไปได้ว่าพระมเหสีพระองค์นี้กับพระมณีรัตนาเป็นคนละคนกัน