เจ้าชายเฟอร์ดินานด์ทรงประสูติที่กรุงเวียนนา ทรงเป็นเจ้าชายแห่งราชวงศ์โคฮารี สายราชวงศ์แซ็กซ์-โคบูร์กและโกธา พระองค์ทรงเจริญพระชันษาในจักรวรรดิออสเตรีย-ฮังการี ทรงเป็นเชื้อพระวงศ์ชั้นสูงและพระราชวงศ์ทรงมีดินแดนในสโลวาเกียและเยอรมนี ซึ่งได้รับการสืบทอดจากบรรพบุรุษ เชื้อสายราชวงศ์โคฮารีมาจากตระกูลขุนนางชาวสโลวักจากฮังการี ที่ซึ่งมีความมั่นคั่ง ดังเช่นพระราชวงศ์ทรงมีปราสาทคาบราดและปราสาทซิทโน ซึ่งปัจจุบันอยู่ในสโลวาเกีย ทรัพย์สินของพระราชวงศ์ได้รับการเพิ่มอีกจากราชทรัพย์ของเจ้าหญิงคลีเมนทีนแห่งออร์เลออง

พระองค์เป็นพระโอรสในเจ้าชายออกุสต์แห่งแซ็กซ์-โคบูร์กและก็อตธากับเจ้าหญิงคลีเมนทีนแห่งออร์เลออง ซึ่งเป็นพระธิดาในพระเจ้าหลุยส์-ฟิลิปป์ที่ 1 แห่งฝรั่งเศส เจ้าชายเฟอร์ดินานด์เป็นพระนัดดาในดยุคเออร์เนสต์ที่ 1 แห่งแซ็กซ์-โคบูร์ก-ก็อตธา และสมเด็จพระราชาธิบดีลีโอโปลด์ที่ 1 แห่งเบลเยียม ซึ่งเป็นกษัตริย์องค์แรกของเบลเยียม เจ้าชายออกุสต์ ผู้เป็นพระบิดาของพระองค์เป็นพระอนุชาในพระเจ้าเฟอร์ดินานด์ที่ 2 แห่งโปรตุเกสและเป็นพระญาติชั้นหนึ่งในสมเด็จพระราชินีนาถวิกตอเรียแห่งสหราชอาณาจักร,เจ้าฟ้าชายอัลเบิร์ต เจ้าชายพระราชสวามี,สมเด็จพระจักรพรรดินีคาร์ลอร์ตาแห่งเม็กซิโกและสมเด็จพระราชาธิบดีลีโอโปลด์ที่ 2 แห่งเบลเยียม ทั้งพระเจ้าลีโอโปลด์และจักรพรรดินีคาร์ลอตายังเป็นพระญาติชั้นหนึ่งของเจ้าชายเฟอร์ดินานด์ผ่านทางพระมารดาของพระองค์อีกด้วย ราชวงศ์แซ็กซ์-โคบูร์กและโกธาจึงเป็นราชวงศ์ที่เข้มแข็งโดยการที่มีดินแดนในปกครองมาก รวมทั้งการอภิเษกสมรสระหว่างราชวงศ์ ตามมาด้วยการที่เจ้าชายเฟอร์ดินานด์ทรงสถาปนาราชวงศ์แซ็กซ์-โคบูร์กและโกธาในบัลแกเรีย อีกทั้งเจ้าชายเฟอร์ดินานด์ยังทรงมีเชื้อสายของผู้ปกครองบัลแกเรียตั้งแต่สมัยยุคกลาง