องค์อธิปัตย์แห่งราชอาณาจักรบัลแกเรียที่ 3 พระองค์แรก คือ เจ้าชายอเล็กซานเดอร์แห่งบาทเทนเบิร์ก พระองค์ทรงสละราชบัลลังก์ในปีพ.ศ. 2429 ซึ่งเป็นเวลาเพียง 7 ปีหลชังจากทรงได้รับเลือกให้เป็นองค์อธิปัตย์แห่งบัลแกเรีย เจ้าชายเฟอร์ดินานด์ได้รับเลือกเป็นคจานซ์แห่งรัฐอิสระบัลแกเรีย(องค์อธิปัตย์)โดยสมัชชาแห่งชาติของประเทศในวันที่ 7 กรกฎาคม พ.ศ. 2430 ตามปฏิทินเกรกอเรียน ซึ่งได้สิทธิจากการต่อต้านอิทธิพลของรัสเซียอย่างรุนแรง ได้มีการเสนอบัลลังก์แก่ราชนิกุลอื่นก่อนเจ้าชายเฟอร์ดินานด์ จากเจ้าชายเดนมาร์กถึงแถบคอเคซัสและแม้แต่กษัตริย์แห่งโรมาเนีย การขึ้นครองราชย์ของพระองค์ได้รับการไม่ยอมรับจากหลายๆราชวงศ์ในยุโรป สมเด็จพระราชินีนาถวิกตอเรียแห่งสหราชอาณาจักรซึ่งเป็นพระญาติชั้นหนึ่งของพระบิดาของพระองค์ได้กล่าวกับนายกรัฐมนตรีของพระนางว่า "เขาไม่เหมาะสมอย่างยิ่ง ... ละเอียดอ่อน,นอกรีต,อ่อนแอ เราต้องหยุดยั้งความคิดของเขาเดี๋ยวนี้" แม้ว่าในช่วงต้นเจ้าชายเฟอร์ดินานด์ทรงถูกให้ร้ายต่างๆแต่พระองค์ก็ประสบความสำเร็จในการครองราชย์ครบรอบ 10 ปีครั้งแรก

บทบาททางการเมืองของพระองค์ในช่วงแรกทรงถูกครอบงำโดยผู้นำพรรคเสรีนิยม สเตฟาน สตัมโบลอฟ ซึ่งมีนโยบายห่างเหินกับรัสเซียและสนับสนุนออสเตรีย