เจ้าชายเฟอร์ดินานด์ทรงถูกกล่าวหาว่าเป็นพวกรักร่วมสองเพศ เนื่องจากพระอิริยาบถในบางครั้งของพระชนม์ชีพของพระองค์จะทรงหนักไปทางสตรีเสียมากกว่า

เจ้าชายเฟอร์ดินานด์ทรงอภิเษกสมรสโดยการถูกคลุมถุงชนกับเจ้าหญิงมารี หลุยส์แห่งปาร์มา พระราชธิดาในดยุคโรเบิร์ตที่ 1 แห่งปาร์มา ในวันที่ 20 เมษายน พ.ศ. 2436 ที่วิลลา พิเอนอร์ ในลูคคา ประเทศอิตาลี ทั้ง 2 พระองค์มีพระโอรส-ธิดารวมกัน 4 พระองค์ ได้แก่

• พระเจ้าซาร์บอริสที่ 3 แห่งบัลแกเรีย
• เจ้าชายคิริลแห่งบัลแกเรีย
• เจ้าหญิงยูโดเซียแห่งบัลแกเรีย
• เจ้าหญิงนาเด็จดาแห่งบัลแกเรีย

เจ้าหญิงมารี หลุยส์สิ้นพระชนม์ในวันที่ 31 มกราคม พ.ศ. 2442 หลังจากมีพระประสูติกาลพระธิดาองค์สุดท้อง เจ้าชายเฟอร์ดินานด์ทรงไม่อภิเษกสมรสอีกจนกระทั่งเจ้าหญิงคลีเมนทีน พระชนนีสิ้นพระชนม์ในปีพ.ศ. 2450 เพื่อสร้างความมั่นคงแก่พระราชวงศ์และพระโอรสธิดาต้องการผู้ดูแล เจ้าชายเฟอร์ดินานด์ทรงอภิเษกสมรสกับเจ้าหญิงเอเลนอร์ รอสแห่งคอสทริกส์ ในวันที่ 28 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2451

เจ้าชายเฟอร์ดินานด์ทรงนิยมไปพักผ่อนที่ชายหาดคาพริ ประเทศอิตาลี ทรงมีความสำราญพระทัยมาก ซึ่งพระองค์ได้เป็นต้นแบบของราชวงศ์ยุโรปที่ไม่เป็นไปตามธรรมเนียม

จุดตกต่ำของสตัมโบลอฟและนำไปสู่การลอบสังหารเขาในเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2438 นำไปสู่การปรองดองกันอีกครั้งระหว่างรัสเซียและบัลแกเรียในกุมภาพันธ์ พ.ศ. 2439 และการเปลี่ยนแปลงนิกายทางศาสนาของเจ้าชายบอริส พระโอรสจากโรมันคาทอลิกสู่ออร์ทอด็อกซ์ซึ่งได้รับการชมเชยจากรัสเซีย แต่ได้รับการต่อต้านจากพระญาติของพระองค์สายออสเตรียซึ่งเป็นโรมันคาทอลิก โดยเฉพาะสร้างความเกลียดชังให้แก่ สมเด็จพระจักรพรรดิฟรานซ์ โจเซฟที่ 1 แห่งออสเตรียพระปิตุลาของพระองค์