ในปีพ.ศ. 2412 พระองค์ทรงปฏิเสธที่จะรับราชบัลลังก์สเปน

ในบั้นปลายพระชนม์ชีพพระเจ้าเฟอร์นานโดที่ 2 ทรงสมรสกับนักร้องอุปรากรคือ เอลิซา ฮันสเลอร์ และได้บรรดาศักดิ์เป็นเคานท์เตสแห่งเอ็ดลา

พระเจ้าเฟอร์นานโดที่ 2 ทรงเป็นผู้มีสติปัญญาและมีพระทัยใฝ่ทางด้านศิลปะเช่นเดียวกับพระทัยที่นิยมความทันสมัยและแนวคิดเสรีนิยม พระองค์ทรงเป็นผู้เชี่ยวชาญในด้านการแกะสลัก, เครื่องปั้นดินเผาและภาพสีน้ำ

ในปีพ.ศ. 2381 พระองค์ทรงสร้างพระราชวังเปนาใกล้ซินทรา เป็นสถาปัตยกรรมในจินตนาการป่าในสไตล์ที่ผสมผสานในรูปแบบสัญลักษณ์ที่อาจเทียบเคียงได้กับปราสาทนอยชวานชไตน์ของสมเด็จพระเจ้าลุดวิกที่ 2 แห่งบาวาเรีย พระองค์ทรงใช้พระชนม์ชีพในบั้นปลายที่ปราสาทนี้ร่วมกับพระมเหสีพระองค์ที่สอง โดยทรงรับอุปถัมภ์จิตรกรที่ยิ่งใหญ่ตลอดเวลาของพระองค์