ตามกฎหมายของโปรตุเกส พระราชสวามีในสมเด็จพระราชินีนาถจะได้รับพระอิสริยยศ "พระมหากษัตริย์" หลังจากสมเด็จพระราชินีนาถทรงมีพระสูติกาลบุตรพระองค์แรกจากการอภิเษกสมรสครั้งนี้ (นั่นเป็นเหตุผลที่พระราชสวามีพระองค์แรกของสมเด็จพระราชินีนาถคือ โอกุสต์ เดอ โบอาร์แน ไม่ได้รับพระอิสริยยศ "พระมหากษัตริย์") หลังจากการประสูติของพระราชโอรสซึ่งต่อมาคือ พระเจ้าเปดรูที่ 5 แห่งโปรตุเกส เจ้าชายแฟร์ดีนันท์จึงได้รับการเฉลิมพระนามว่า พระเจ้าฟือร์นังดูที่ 2 แห่งโปรตุเกส

ถึงแม้ว่าสมเด็จพระราชินีนาถมารีอาที่ 2 จะทรงมีพระราชอำนาจในการปกครองแต่เพียงผู้เดียว แต่ทั้งสองพระองค์ทรงประกอบพระกรณียกิจร่วมกันอย่างดีและทรงร่วมกันแก้ไขปัญหาวิกฤตต่างๆในรัชกาลของสมเด็จพระราชินีนาถมารีอาที่ 2 พระเจ้าฟือร์นังดูทรงมีบทบาทสำคัญในประวัติศาสตร์การเมืองโปรตุเกส โดยทรงบริหารราชการด้วยพระองค์เองในระหว่างที่พระมเหสีทรงพระครรภ์

แต่ในที่สุด สมเด็จพระราชินีนาถมารีอาที่ 2 เสด็จสวรรคตจากการมีพระประสูติกาลบุตรพระองค์ที่ 11 ทำให้รัชกาลของพระเจ้าฟือร์นังดูต้องสิ้นสุดลง แต่ก็ทรงดำรงเป็นผู้สำเร็จราชการแทนพระองค์ในช่วงปีพ.ศ. 2396 จนถึงพ.ศ. 2398 ในช่วงระหว่างที่พระเจ้าเปดรูที่ 5 ยังไม่ทรงบรรลุนิติภาวะ