พระเจ้าอัลฟอนโซที่ 9 ได้บัลลังก์มาด้วยความยากลำบากแม้จะมีสิทธิ์โดยชาติกำเนิด ในเดือนกรกฎาคม ค.ศ. 1188 ลูกพี่ลูกน้องของพระองค์ พระเจ้าอัลฟอนโซที่ 8 แห่งกัสติยา เรียกร้องให้อัลฟอนโซผู้อ่อนวัยกว่ายอมรับอัลฟอนโซผู้อาวุโสกว่าเป็นเจ้าเหนือหัว แลกกับการที่อัลฟอนโซผู้อาวุโสกว่าจะยอมรับอำนาจในเลออนของอัลฟอนโซผู้อ่อนวัยกว่า[3]

หนึ่งในเหตุการณ์สำคัญที่สุดในรัชสมัยของพระเจ้าอัลฟอนโซคือการประชุมกอร์เตสเดเลออนที่ระเบียงมหาวิหารนักบุญอิซิโดโร สถานการณ์ทางเศรษฐกิจที่ย่ำแย่ในต้นรัชสมัยบีบบังคับให้พระเจ้าอัลฟอนโซต้องขึ้นภาษีชนชั้นล่าง อันนำไปสู่การต่อต้านและการปฏิวัติในเมืองสองสามแห่ง กษัตริย์ตอบสนองด้วยการเรียกประชุมกอร์เตสหรือกลุ่มสมัชชาที่ประกอบด้วยขุนนาง นักบวช และผู้แทนเมือง และเผชิญหน้ากับข้อเรียกร้องให้จ่ายเงินชดเชย บริหารภายในประเทศให้ดียิ่งขึ้น และใช้จ่ายเงินอย่างรอบคอบ นักประวัติศาสตร์มองว่าการประชุมการ์เตสของพระเจ้าอัลฟอนโซมีบทบาทสำคัญต่อการก่อตั้งรัฐสภาตามระบอบประชาธิปไตยทั่วทั้งยุโรป

ภาพจำหลัก ๆ อีกอย่างของพระเจ้าอัลฟอนโซคือการอภิเษกสมรสในเวลาต่อมาที่เป็นชนวนปัญหาระหว่างพระองค์กับสมเด็จพระสันตะปาปาเซเลสทีนที่ 3 พระองค์อภิเษกสมรสครั้งแรกในปี ค.ศ. 1191 กับตึเรซาแห่งโปรตุเกส[1] ลูกพี่ลูกน้องลำดับที่หนึ่งที่มีพระธิดาให้พระองค์สองคนกับพระโอรสหนึ่งคนที่สิ้นพระชนม์ตั้งแต่ยังเด็ก การแต่งงานถูกประกาศให้เป็นโมฆะโดยพระคาร์ดินัลเกรกอรี ผู้แทนสมเด็จพระสันตะปาปา ด้วยเหตุผลว่าเป็นการร่วมประเวณีกันของญาติใกล้ชิด[4]

หลังการพ่ายแพ้ของพระเจ้าอัลฟอนโซที่ 8 แห่งกัสติยาที่สมรภูมิอาลาร์โกส พระเจ้าอัลฟอนโซที่ 9 บุกกัสติยาโดยมีชาวมุสลิมให้ความช่วยเหลือด้านกองทัพ[1] พระองค์ถูกสมเด็จพระสันตะปาปาเซเลสทีนที่ 3 ตัดขาดจากศาสนา ในปี ค.ศ. 1197 พระเจ้าอัลฟอนโซที่ 9 อภิเษกสมรสกับเบเรงเกลาแห่งกัสติยา ลูกพี่ลูกน้องลำดับที่หนึ่งที่อยู่ห่างกันหนึ่งขั้นเพื่อกระชับสันติภาพระหว่างเลออนกับกัสติยา[5] การทำผิดด้วยการร่วมประเวณีกับญาติใกล้ชิดครั้งที่สองนี้ทำให้ผู้แทนสมเด็จพระสันตะปาปาลงโทษให้ราชอาณาจักรต้องโทษต้องห้าม[6] ในปี ค.ศ. 1198 สมเด็จพระสันตะปาปาอินโนเซนต์ที่ 3 ประกาศให้การแต่งงานของพระเจ้าอัลฟอนโซที่ 9 กับเบเรงเกลาเป็นโมฆะ แต่ทั้งคู่ก็ยังอยู่ด้วยกันจนถึงปี ค.ศ. 1204[7] การถูกประสันตะปาปาประกาศให้การแต่งงานเป็นโมฆะครั้งนี้เป็นแรงขับเคลื่อนให้พระเจ้าอัลฟอนโซผู้อ่อนวัยกว่ากลับมาโจมตีลูกพี่ลูกน้องของตนอีกครั้งในปี ค.ศ. 1204 แต่สนธิสัญญาทั้งที่ทำในปี ค.ศ. 1205, 1207 และ 1209 ต่างบีบให้พระองค์ยอมรับในอาณาเขตและสิทธิ์ที่ตนมี[8][9] สนธิสัญญาในปี ค.ศ. 1207 เป็นเอกสารสาธารณะที่เก่าแก่ที่สุดที่ยังเหลือรอดอยู่ที่เขียนด้วยภาษาถิ่นกัสติยา[10]

ทว่าสมเด็จพระสันตะปาปาถูกบังคับให้ปรับเปลี่ยนมาตราการด้วยความเสี่ยงที่ว่าหากไม่สามารถประกอบพิธีกรรมทางศาสนาได้ ประชาชนก็จะไม่สนับสนุนนักบวช และพฤติกรรมนอกรีตดังกล่าวจะแพร่กระจายเป็นวงกว้าง กษัตริย์จึงต้องโทษต้องห้ามเพียงผู้เดียว แต่ก็ไม่ได้สร้างความแตกต่างใด ๆ ให้กับพระองค์ พระองค์ยังคงได้รับการสนับสนุนจากนักบวชของพระองค์[4]

ในปี ค.ศ. 1211 พระเจ้าอัลฟอนโซที่ 9 แห่งเลออนมอบปราสาทอัลกัญญิเซสให้กลุ่มอัศวินเทมพลาร์[11] ผู้อยู่อาศัยในปราสาทต่างฉลองให้กับชัยชนะครั้งใหญ่ของกลุ่มอัศวิน[12]