พระเจ้าอัลฟอนโซเสด็จพระราชสมภพในซาโมรา พระองค์เป็นพระโอรสคนเดียวของพระเจ้าเฟร์นันโดที่ 2 แห่งเลออนกับอูร์รากาแห่งโปรตุเกส[1] พระบิดาของพระองค์เป็นพระโอรสคนสุดท้องของพระเจ้าอัลฟอนโซที่ 7 แห่งเลออนและกัสติยาที่ได้รับส่วนแบ่งในการแบ่งราชอาณาจักร อันเป็นชนวนก่อเกิดความขัดแย้งขึ้นภายในตระกูลที่สิ้นสุดลงเมื่อพระเจ้าเฟร์นันโดที่ 3 แห่งกัสติยา พระโอรสของพระเจ้าอัลฟอนโซที่ 9 รวมราชอาณาจักรเข้าด้วยกันอีกครั้ง[2]