พระเจ้าอาฟงซูที่ 6 เสด็จพระราชสมภพในวันที่ 21 สิงหาคม พ.ศ. 2186 ณ พระราชวังริเบย์รา ลิสบอน ประเทศโปรตุเกส เป็นพระโอรสในพระเจ้าฌูเอาที่ 4 แห่งโปรตุเกสกับลุยซาแห่งเมดินา-ซิโดเนีย เมื่อมีพระชนมายุได้ 3 พรรษา พระองค์ทรงพระประชวรหนักจนเกือนสิ้นพระชนม์ ส่งผลให้พระวรกายซีกขวาคล้ายจะเป็นอัมพาต ต่อมาพระราชบิดาได้สถาปนาเจ้าชายอาฟงซูเป็น "ดยุคแห่งบรากังซา"

หลังจากเจ้าชายเทโอโอซิโอแห่งบราซิล ผู้เป็นพระเชษฐาได้สิ้นพระชนม์ลงในปีพ.ศ. 2196 ขณะมีพระชนมายุเพียง 19 พรรษา ทำให้เจ้าชายอาฟงซูได้ดำรงตำแหน่งรัชทายาทโปรตุเกสและทรงได้รับการสถาปนาเป็น "เจ้าชายแห่งบราซิล"