หลังจากพระเจ้าอินโจเสด็จขึ้นครองราชย์ได้เพียงสิบเดือน ก็เกิดเหตุการณกบฏขึ้นเมื่อ ลีควาล (เกาหลี: 이괄 李适) เป็นขุนพลซึ่งมีบทบาทอย่างมากในการรัฐประหารเมื่อค.ศ. 1623 ได้รับการแต่งตั้งให้เป็นผู้บัญชาการกองกำลังชายแดนทางตอนเหนือ ไว้สำหรับป้องกันการรุกรานของราชวงศ์โฮ่วจิน (ราชวงศ์ชิง) แต่ลีควาลกลับมองว่าตำแหน่งทหารชายแดนนั้นเป็นตำแหน่งที่ต้อยต่ำ ไม่เหมาะสมแก่คุณความดีความชอบของตนเองที่ได้เคยกระทำไว้ จึงเกิดความไม่พอใจและใช้กองกำลังชายแดนเหนืออันมากมายมหาศาลที่อยู่ใต้บังคับบัญชาของตนเอง บุกไปยังเมืองฮันซองในค.ศ. 1624 พระเจ้าอินโจพร้อมทั้งพระราชวงศ์เสด็จหลบหนีออกมาฝ่าวงล้อมของกบฏไปประทับที่เมืองคงจูทางตอนใต้ของนครฮันซอง ลีควาลสามารถตีนครฮันซองได้และตั้งเจ้าชายฮึงอันพระปิตุลาของพระเจ้าอินโจเป็นกษัตริย์ชั่วคราว ฝ่ายพระเจ้าอินโจนายพล จางมัน (เกาหลี: 장만 張晩) ได้รวบรวมทัพเข้าบุกยึดเมืองหลวงคืนจากลีควาลได้สำเร็จ นายพลลีควาลได้ถูกทหารผู้ทรยศของตนเองสังหาร