รัชทายาทโซฮยอนขณะประทับเป็นองค์ประกันอยู่ที่เมืองเสิ่นหยาง ได้ทรงสานสัมพันธ์อันดีกับราชสำนักแมนจูทำให้ทรงได้รับการสนับสนุน ซึ่งเป็นสิ่งที่พระเจ้าอินโจกังวลพระทัยเพราะทรงเกรงว่าฝ่ายแมนจูจะยกทัพมากระทำการรัฐประหารปลดพระองค์ลงจากบัลลังก์แล้วให้รัชทายาทโซฮยอนขึ้นเป็นกษัตริย์โชซ็อนแทน ใน ค.ศ. 1644 ทัพราชวงศ์ชิงภายใต้การนำของเจ้าชายดอร์กอน (ตัวเอ่อกุน) เข้ายึดกรุงปักกิ่งและเข้าปกครองจีนแผ่นดินใหญ่ ในระหว่างที่ประทับอยู่เมืองปักกิ่งนั้น เจ้าชายโซฮยอนได้พบกับนายโยฮันน์ อดัม แชล ฟอน เบลล์ (Johann Adam Schall von Bell) มิชชันนารีชาวเยอรมันที่อาศัยอยู่ในกรุงปักกิ่งขณะนั้น นายแชลฟอนเบลล์ได้แนะนำให้เจ้าชายทรงรู้จักกับวิทยาการตะวันตกและคริสต์ศาสนา ในปีเดียวกันเจ้าชายดอร์กอนทรงอนุญาตให้เจ้าชายโซฮยอนเสด็จนิวัติโจซอนเป็นการถาวร

ความสัมพันธ์ระหว่างพระเจ้าอินโจและเจ้าชายโซฮยอนนั้นไม่สู้จะดีนักอยู่เดิม และเมื่อเจ้าชายโซฮยอนทรงตรัสถึงโลกตะวันตกและคริสต์ศาสนาทำให้พระเจ้าอินโจทรงเห็นว่าพระโอรสนั้นเสียสติไปเสียแล้ว อีกทั้งยังมีเสนาบดีซ้ายคิมจาจอมและพระสนมควีอิน ตระกูลโจ (เกาหลี: 귀인조씨 貴人趙氏) พระสนมองค์โปรดคอยยุยงให้พระเจ้าอินโจทรงเกลียดชังพระโอรส จนกระทั่งเกิดเหตุการณ์ไม่คาดฝันขึ้น เพียงสามเดือนให้หลังเจ้าชายรัชทายาทโซฮยอนก็สิ้นพระชนม์อย่างกระทันหันและเป็นปริศนา สร้างความพิศวงให้แก่ราชสำนักในสมัยนั้นหรือแม้กระทั่งนักประวัติศาสตร์ในปัจจุบัน มีการบันทึกไว้ในชิลลกหรือพงศาวดารราชวงศ์โจซอนว่าพระศพเจ้าชายโซฮยอนนั้นเน่าเปื่อยสลายลงอย่างรวดเร็วอย่างผิดธรรมชาติ ทำให้เกิดข้อสงสัยว่าเจ้าชายอาจทรงถูกวางยาพิษสิ้นพระชนม์ ชาวเกาหลีในสมัยต่อมาและนักประวัติศาสตร์ในปัจจุบันมีความเห็นพ้องต้องกันว่ารัชทายาทโซฮยอนสิ้นพระชนม์ด้วยน้ำพระหัตถ์ของพระเจ้าอินโจผู้เป็นพระบิดา

ตามหลักของลัทธิขงจื้อเมื่อรัชทายาทโซฮยอนสวรรคต ตำแหน่งรัชทายาทจะต้องเป็นของพระโอรสองค์โตสุดของรัชทายาทโซฮยอนนั่นคือเจ้าชายลีซอกชอล[3] แต่ทว่าพระเจ้าอินโจประสงค์จะให้พระอนุชาของเจ้าชายโซฮยอนคือเจ้าชายพงนิม ซึ่งเสด็จนิวัติโจซอนตามหลังพระเชษฐามาเป็นรัชทายาทองค์ต่อมา เนื่องจากทรงพอพระทัยนโยบายที่จะยกทัพรุกรานราชวงศ์ชิงเพื่อทำการแก้แค้นให้แก่โจซอนของเจ้าชายพงนิม พระเจ้าอินโจจึงทรงกล่าวหาพระชายาตระกูลคัง (เกาหลี: 민회빈강씨 愍懷嬪姜氏) พระชายาของเจ้าชายโซฮยอนว่าเป็นผู้ปลงพระชนม์พระสวามี ให้สำเร็จโทษโดยการประทานยาพิษ และเนรเทศพระโอรสทั้งหมดของเจ้าชายโซฮยอนไปยังเกาะเชจู และแต่งตั้งเจ้าชายพงนิมเป็นรัชทายาทใน ค.ศ. 1645

พระเจ้าอินโจสวรรคตในปี ค.ศ. 1649 เจ้าชายพงนิมรัชทายาทขึ้นครองราชย์ต่อมาเป็นพระเจ้าฮโยจง