ในรัชสมัยของพระเจ้าอินโจ ชนเผ่าแมนจูในแมนจูเรียภายใต้การนำของฮงไทจิ (Hong Taiji) กำลังสะสมขยายอำนาจคุกคามจักรวรรดิจีนราชวงศ์หมิง แม้ว่าอาณาจักรโจซอนจะมีฐานะเป็นประเทศราชของจักรวรรดิจีนจึงต้องให้การสนับสนุนฝ่ายราชวงศ์หมิงในการทำสงครามกับชาวแมนจู แต่ในรัชสมัยของเจ้าชายควังแฮได้ดำเนินนโยบายเป็นกลางมาโดยตลอด และอาณาจักรโจซอนไม่ได้อยู่ในฐานะที่จะขัดขวางการขยายอำนาจของฮงไทจิ แต่ในรัชสมัยของพระเจ้าอินโจขุนนางฝ่ายตะวันตกครอบครองราชสำนัก มีความเห็นว่าราชวงศ์หมิงเคยมีบุญคุณต่อโจซอนในช่วงการบุกครองเกาหลีของญี่ปุ่น (พ.ศ. 2135–2141) จึงสมควรที่จะทดแทนบุญคุณโดยให้การสนับสนุนราชวงศ์หมิงอย่างเต็มที่ โดยฝ่ายโจซอนได้ให้การสนับสนุนนายพล เหมาเหวินหลง (อักษรจีน: 毛文龍 Mao Wenlong) ขุนพลของจีนประจำ คาบสมุทรเหลียวตง

ขุนนางเกาหลีคนหนึ่งชื่อว่า ฮันยุน (เกาหลี: 한윤) มีส่วนร่วมในการกบฏของลีควาลในค.ศ. 1624 หลบหนีไปยังเมืองเสิ่นหยาง (Shenyang) อันเป็นเมืองหลวงของราชวงศ์จินในขณะนั้น และได้พบกับนายพลคังฮงนิป (เกาหลี: 강홍립 姜弘立) นายพลชาวเกาหลีผู้ที่ตกเป็นเชลยของพวกแมนจู ฮันยุนได้กล่าวแก่นายพลคังว่า ครอบครัวของนายพลคังในโจซอนได้ถูกประหารชีวิตไปจนหมดสิ้นด้วยเหตุที่นายพลคังมาเข้าพวกกับแมนจู[2] ด้วยความโกรธแค้นนายพลคังฮงนิปจึงเสนอต่อฮงไทจิให้ยกทัพเข้ารุกรานโจซอน เพื่อล้มล้างขุนนางฝ่ายตะวันตกออกไปและคืนราชบัลลังก์ให้แก่เจ้าชายควังแฮ (ยังมีพระชนม์ชีพอยู่บนเกาะคังฮวา) ฮงไทจิจึงส่งเจ้าชายอามิน (Amin) ผู้เป็นลุง ยกทัพแมนจูเข้ารุกรานอาณาจักรโจซอนในปีค.ศ. 1627 โดยมีนายพลคังฮงนิปเป็นผู้นำทาง เรียกว่า การรุกรานเกาหลีของแมนจูครั้งที่หนึ่ง (First Manchu Invasion of Korea) หรือ การรุกรานปีจองมโย (เกาหลี: 정묘호란 丁卯胡亂)

อันดับแรกทัพแมนจูได้เข้าบุกยึดทำลายฐานที่มั่นของเหมาเหวินหลง ริมแม่น้ำยาลูชายแดนทางเหนือ เป็นการเปิดเส้นทางให้กองทัพของเจ้าชายอามินและคังฮงนิปยกทัพเข้ามาในโจซอนได้ ฝ่ายโจซอนส่งแม่ทัพจางมันไปต้านทานการรุกรานที่ชายแดนทางเหนือแต่ไม่สำเร็จ เมื่อคังฮงนิปนำทัพของเจ้าชายอามินรุกคืบลงมาทางใต้เรื่อยๆ ฝ่ายราชสำนักโจซอนวิตกว่าจะเสียเมืองฮันซอง (โซล) ให้แก่พวกแมนจู พระเจ้าอินโจพร้อมทั้งพระราชวงศ์และขุนนางผู้ใหญ่จึงเสด็จลี้ภัยมาอยู่ที่เกาะคังฮวา ฝ่ายแมนจูเห็นว่าฝ่ายโจซอนมีความเกรงกลัวทัพแมนจูถึงเพียงนี้จึงเปิดโต๊ะเจรจา ทัพแมนจูจะยอมถอยกลับไปถ้าหากโจซอนเลิกส่งบรรณาการให้แก่ราชวงศ์หมิง เลิกการใช้ศักราชนามปีตามพระนามของฮ่องเต้ต้าหมิง และให้สัตย์สาบานว่าจะไม่รุกล้ำอาณาเขตซึ่งกันและกัน มีความสัมพันธ์กันเป็นบ้านพี่เมืองน้อง ฝ่ายโจซอนจึงยอมรับข้อตกลง

ในค.ศ. 1635 ฮงไทจีเปลี่ยนชื่อราชวงศ์จากราชวงศ์โฮ่วจินหรือราชวงศ์จินหลังเป็นราชวงศ์ชิง (Qing dynasty) และต้องการที่จะเปลี่ยนความสัมพันธ์กับอาณาจักรโจซอนจากบ้านพี่เมืองน้องเป็นประเทศแม่-ประเทศราช ได้ทำการเรียกร้องบรรณาการจิ้มก้องจากอาณาจักรโจซอนและส่งราชทูตมายังเมืองฮันซอง ทางฝ่ายเกาหลีได้ทำการต้อนรับทูตแมนจูอย่างเย็นชาและแอบซุ่มซ่อนกองกำลังทหารไว้ ฮงไทจีจึงแน่ใจว่าว่าโจซอนจะไม่มีวันยอมรับราชวงศ์ชิงได้โดยไม่ใช้กำลัง การรุกรานครั้งที่สองจึงเกิดขึ้นในค.ศ. 1636 เรียกว่า การรุกรานเกาหลีของแมนจูครั้งที่สอง (Second Manchu Invasion of Korea) หรือ การรุกรานปีพยองจา (เกาหลี: 병자호란 丙子胡亂) โดยฮงไทจีเป็นผู้นำทัพแมนจูเข้ารุกรานโจซอนด้วยตนเอง

ฝ่ายโจซอนเตรียมการรับมือไว้แล้วโดยการให้นายพล อิมกยองออป (เกาหลี: 임경업 林慶業) ผู้มีความสามารถคอยตั้งรับอยู่ทางเหนือ แต่ทว่าฮงไทจีกลับหลีกเลี่ยงการปะทะกับทัพของนายพลอิมและรีบยกทัพมายังกรุงฮันซองอย่างรวดเร็ว บรรดาพระราชวงศ์และขุนนางผู้ใหญ่จึงหลบหนีไปยังเกาะคังฮวาอีกครั้ง แต่ทว่าด้วยการทำงานที่ขาดประสิทธิภาพของคิมจาจอม ทำให้พระเจ้าอินโจและรัชทายาทเสด็จหลบหนีไม่ทันถูกทัพของฮงไทจีติดตามถึง จึงถูกทัพแมนจูทำการปิดล้อมอยู่ที่ป้อมนัมฮันซาน (เกาหลี: 남한산 南漢山) ทางตอนใต้ของเมืองฮันซองพร้อมกับขุนนางคนสำคัญต่างๆ หลังจากถูกปิดล้อมอยู่เป็นเวลาหลายเดือนเสบียงเริ่มหมดลงทำให้บรรดาขุนนางมิอาจทนได้ ด้วยคำแนะนำของขุนนางฝ่ายตะวันตกผู้อาวุโสพระเจ้าอินโจทรงยอมจำนนต่อฮงไทจีในที่สุดในค.ศ. 1637

การเจรจาสงบศึกมีข้อตกลงให้อาณาจักรโจซอนเป็นประเทศราชของราชวงศ์ชิง ต้องส่งบรรณาการจิ้มก้องให้แก่ราชวงศ์ชิง โดยฮ่องเต้ฮงไทจีมีพระราชโองการให้สร้างอนุสรณ์สถานรำลึกชัยชนะของแมนจูเหนือโจซอน เรียกว่า อนุสรณ์ซัมจอนโด (เกาหลี: 삼전도비 三田渡碑) แล้วทรงนัดพบกับพระเจ้าอินโจที่อนุสรณ์สถานนั้น ทรงให้พระเจ้าอินโจคำนับพระองค์ห้าครั้งและเอาพระเศียรโขกลงกับพื้นอีกสามครั้ง เพื่อเป็นการแสดงการสวามิภักดิ์โดยสิ้นเชิงต่อแมนจู นอกจากนี้พระเจ้าอินโจยังต้องทรงส่งพระโอรสสองพระองค์ ได้แก่ เจ้าชายรัชทายาทโซฮย็อน (เกาหลี: 소현세자 昭顯世子) และเจ้าชายพงนิม (เกาหลี: 봉림대군 鳳林大君 ต่อมาคือพระเจ้าฮโยจง) ไปเป็นองค์ประกันที่เมืองเสิ่นหยาง เป็นความอัปยศครั้งยิ่งใหญ่ของพระเจ้าอินโจและในประวัติศาสตร์เกาหลี และเป็นเหตุให้เกาหลีต้องตกเป็นประเทศราชของราชวงศ์ชิงไปอีกเป็นเวลาสองร้อยห้าสิบปี