รัชกาลของพระองค์เต็มไปด้วยความขัดแย้งที่ขมขื่น โดยเฉพาะการต่อต้านของพระราชอนุชา ดยุกอเบลแห่งชเลสวิกทรงต้องการแยกตัวเป็นอิสระโดยได้รับการสนับสนุนจากเหล่าเคานท์ในฮ็อลชไตน์ กษัตริย์อีริคที่ 4 ยังต้องทรงต่อสู้กับเหล่าชาวนาในแคว้นสคาเนีย ที่ก่อกบฏต่อการจ่ายภาษีหนักให้ทางการในเรื่องของการไถนา จำนวนคันไถของคนหนึ่งคนเป็นเครื่องวัดความมั่งคั่งของคนๆ นั้น ทำให้กษัตริย์ทรงได้รับฉายานามว่า "plough-penny" (ไถ-เงิน) (เดนมาร์ก: Erik Plovpenning)[4]

กษัตริย์อีริคที่ 4 ทรงครองราชย์ได้หนึ่งปี ก็เกิดความขัดแย้งกับพระราชอนุชา ดยุกอเบลแห่งชเลสวิก ในปีค.ศ. 1242 ความขัดแย้งกินเวลาต่อเนื่องสองปีก่อนที่พระราชอนุชายินยอมที่จะพักรบในปีค.ศ. 1244 เพื่อร่วมรบในสงครามครูเสดในเอสโตเนีย ในขณะเดียวกันกษัตริย์อีริคทรงเผชิญปัญหากับภาคีทางศาสนาที่มองว่าพวกเขาต้องได้รับการยกเว้นการเสียภาษีตามที่กษัตริย์อีริคทรงประเมิน กษัตริย์อีริคทรงต้องการให้มีการจัดเก็บภาษีที่ดินของคริสตจักรเช่นเดียวกับผู้ถือครองที่ดินรายอื่น สมเด็จพระสันตะปาปาทรงส่งเอกอัครสมณทูตมาเจรจาไกล่เกลี่ยข้อพิพาทระหว่างกษัตริย์กับเหล่าบิชอปในโอเดนเซในปีค.ศ. 1245 การปัพพาชนียกรรมได้ถูกใช้เป็นคำขู่แก่ใครก็ตาม ไม่ว่าจะมีอำนาจมากหรือน้อยที่ทำการล่วงเกินสิทธิพิเศษของคริสตจักรสมัยโบราณ สิ่งนี้ถูกส่งมาเตือนกษัตริย์อีริคที่ 4 ว่าคริสตจักรจะไม่ยอมหากพระองค์ยังคงดำเนินการประเมินทรัพย์สินของศาสนจักรเพื่อวัตถุประสงค์ทางภาษีต่อไป[5]

ในปีค.ศ. 1249 กษัตริย์อีริคทรงพิโรธใส่นีเอลส์ สติกเซน บิชอปแห่งรอสคิลด์ เขาได้หลบหนีออกจากเดนมาร์กในปีเดียวกัน กษัตริย์อีริคทรงยึดทรัพย์สินของบาทหลวงในเกาะเชลลันด์รวมถึงเมืองโคเปนเฮเกนซึ่งเป็นเมืองเกิดใหม่ แม้ว่ามีการแทรกแซงจากสมเด็จพระสันตะปาปาอินโนเซนต์ที่ 4 ทรงสนับสนุนการคืนสถานะของบิชอปและส่งคืนทรัพย์สมบัติให้สังฆมณฑล แต่ข้อพิพาทก็ไม่สามารถยุติได้ นีเอลส์ สติกเซนมรณภาพในปีค.ศ. 1249 ณ โบสถ์แคลร์โวซ์ ทรัพย์สินก็ไม่ถูกฟื้นคืนให้ให้สังฆมณฑลจนกระทั่งกษัตริย์อีริคที่ 4 สวรรคตในปีค.ศ. 1250[6]

ความขัดแย้งระหว่างกษัตริย์อีริคที่ 4 และพระราชอนุชาทั้งสองได้มาถึงจุดแตกหักอีกครั้งในปีค.ศ. 1246 เริ่มจากการที่กษัตริย์อีริคทรงยกทัพบุกฮ็อลชไตน์ โดยพยายามยึดดินแดนที่เคยเป็นของพระราชบิดาคืนมา ดยุกอเบลแห่งชเลสวิกทรงอภิเษกสมรสกับธิดาของอดอล์ฟที่ 4 แห่งฮ็อลชไตน์และทรงเคยเป็นผู้ปกครองของน้องชายในพระชายาทั้งสอง คือ เคานท์แห่งฮ็อลชไตน์ ได้แก่ โยฮันน์ที่ 1 เคานท์แห่งฮ็อลชไตน์-คีล และเกอร์ฮาร์ดที่ 1 เคานท์แห่งฮ็อลชไตน์-อิตเซโฮเอ เจ้าชายอเบล ดยุกแห่งชเลสวิกทรงบีบบังคับให้พระเชษฐายกเลิกแผนการโจมตีเสีย ในปีถัดมา ดยุกอเบลและทหารฮ็อลชไตน์ได้บุกเข้าไปคาบสมุทรจัตแลนด์และเกาะฟึน ได้เผาทำลายและปล้นสะดมตั้งแต่เมืองราเนอส์ไปจนถึงโอเดนเซ เจ้าชายอเบลได้รับการสนับสนุนจากสันนิบาตฮันเซอเมืองลือเบ็ค และพระราชอนุชาคือ เจ้าชายคริสตอฟเฟอร์ ลอร์ดแห่งลอลลันด์และฟัลสเตอ และพระเชษฐาต่างมารดาคือ คนุด ดยุกแห่งเบคิงเงอ[7]

กษัตริย์อีริคที่ 4 ทรงตอบโต้ทันที ด้วยการยึดเมืองรีเบคืน และยึดเมืองสเวนบอร์กซึ่งเป็นเมืองที่เจ้าชายอเบลได้รับเป็นมรดกจากพระราชบิดา ในปีค.ศ. 1247 พระองค์ยึดครองปราสาทอาเรสคอฟบนเกาะฟึน และจับกุมเจ้าชายคริสตอฟเฟอร์ พระอนุชาและดยุกคนุด พระเชษฐาต่างมารดาไว้เป็นเชลย มีการจัดทำสนธิสัญญาสันติภาพด้วยเจ้าหญิงโซฟีแห่งเดนมาร์ก (1217-1247) พระขนิษฐาในกษัตริย์อีริคที่ 4 พระนางทรงเป็นพระชายาในโยฮันที่ 1 มาร์เกรฟแห่งบรันเดนบูร์ก (ราวค.ศ. 1213-1266) โดยมีข้อตกลงให้กษัตริย์อีริคครอบครองเดนมาร์กทั้งหมด ในปีค.ศ. 1249 ชาวนาในสคาเนียลุกฮือก่อกบฏต่อต้านภาษีคันไถ กษัตริย์ทรงสามารถรักษาความสงบไว้ได้ด้วยการช่วยเหลือจากเกาะเชลลันด์ แต่ศาสนจักร ดยุกอเบลและชาวเยอรมันทางตอนใต้ของคาบสมุทรจัตแลนด์ได้รวมตัวกันเป็นพันธมิตรต่อต้านกษัตริย์[8][9]