ในปีค.ศ. 1889 พระราชบิดาของเจ้าชายอเล็กซานเดอร์ คือ พระเจ้ามิลานที่ 1 แห่งเซอร์เบีย ทรงสละราชบัลลังก์อย่างไม่คาดคิดและทรงออกไปดำรงพระชนม์ชีพส่วนพระองค์ ได้มีการประกาศให้เจ้าชายอเล็กซานเดอร์ทรงดำรงเป็นพระมหากษัตริย์แห่งเซอร์เบียภายใต้ผู้สำเร็จราชการแทนพระองค์จนกว่าจะทรงบรรลุนิติภาวะในพระชนมายุ 18 พรรษา สมเด็จพระราชินีนาตาลียาทรงดำรงเป็นผู้สำเร็จราชการแทนพระองค์

ในปีค.ศ. 1893 พระเจ้าอเล็กซานเดอร์ทรงมีพระชนมายุ 16 พรรษา ทรงสำคัญพระองค์เองว่าบรรลุนิติภาวะแล้ว ด้วยการปลดผู้สำเร็จราชการแทนพระองค์และรัฐบาล และทรงนำพระราชอำนาจมาไว้ที่พระองค์เอง การกระทำของพระองค์ได้รับการสนับสนุนอย่างมาก โดยที่ทรงแต่งตั้งคณะรัฐมนตรีจากฝ่ายพรรคการเมืองปฏิกิริยา

ในเดือนพฤษภาคม ค.ศ. 1894 พระเจ้าอเล็กซานเดอร์ทรงล้มล้างรัฐธรรมนูญเสรีนิยมของพระเจ้ามิลานในปีค.ศ. 1888 โดยพลการและทรงฟื้นฟูรัฐธรรมนูญฉบับอนุรักษนิยมในปีค.ศ. 1869 ทัศนคติของพระองค์ต่อสงครามกรีซ - ตุรกี (1897) ทรงแสดงความเป็นกลางอย่างเห็นได้ชัด

ในปีค.ศ. 1894 พระมหากษัตริย์หนุ่มทรงนำพระราชบิดากลับมายังเซอร์เบีย และในปีค.ศ. 1898 ทรงแต่งตั้งอดีตพระมหากษัตริย์เป็นผู้บัญชาการทหารสูงสุดแห่งกองทัพเซอร์เบีย ในช่วงนี้อดีตพระเจ้ามิลานทรงใช้อำนาจในการปกครองโดยพฤตินัย