หลังทำการปิดล้อมกลุ่มกบฏชาวเวลส์ที่อาเบเริสทรุยธ์ตั้งแต่เดือนตุลาคม ค.ศ. 1407 เฮนรี เจ้าชายแห่งเวลส์สามารถยึดอาเบเริสทรุยส์ได้ในเดือนกันยายน ค.ศ. 1408 ในช่วงต้นปี ค.ศ. 1409 พระองค์ยึดปราสาทฮาร์เลชในเวลส์ได้ ในปีนั้นเจ้าชายเฮนรีผู้เป็นทายาทในบัลลังก์ได้ขึ้นเป็นเสนาบดี สุขภาพของพระเจ้าเฮนรีที่ 4 เริ่มย่ำแย่ พระองค์ป่วยเป็นโรคที่ทำให้เสียโฉม (คาดว่าน่าจะเป็นโรคเรื้อน, โรคซิฟิลิส หรือไม่ก็โรคสะเก็ดเงิน) จนปลีกวิเวกจากสังคม ทั้งยังถูกรัฐสภากล่าวหาบริหารจัดการงบประมาณสำหรับการทำศึกสงครามผิดพลาดในราชสำนัก เริ่มเกิดความขัดแย้งขึ้นและธอมัส อารันเดล อาร์ชบิชอปแห่งแคนเทอร์บรีได้ขึ้นมาครองความเป็นใหญ่ในราชสำนัก กระทั่งในปี ค.ศ. 1410 ฝ่ายตรงข้ามซึ่งนำโดยเจ้าชายเฮนรีได้ขับไล่เขาลงจากอำนาจ

ความสัมพันธ์ระหว่างกษัตริย์กับเจ้าชายเฮนรีผู้เป็นพระราชโอรสย่ำแย่ลงเมื่อเกิดกบฏขึ้นในฝรั่งเศส กษัตริย์ต้องการผูกมิตรกับกลุ่มผู้นำกบฏ ขณะที่เจ้าชายต้องการช่วยสหายชาวบูร์กอญของพระองค์ทำสงครามกับกลุ่มกบฏ หลังมีความเห็นไม่ลงรอยกันพระเจ้าเฮนรีที่ 4 ได้ถอดเจ้าชายเฮนรีออกจากสภากษัตริย์ในวันที่ 30 พฤศจิกายน ค.ศ. 1411 ต่อมาในช่วงปลายปี ค.ศ. 1412 พระเจ้าเฮนรีที่ 4 กลายเป็นผู้ไร้ความสามารถ เจ้าชายเฮนรีได้เข้ามารับช่วงต่อบริหารบ้านเมือง ความสัมพันธ์ระหว่างสองพ่อลูกยังคงตึงเครียดจนกระทั่งในวันที่ 20 มีนาคม ค.ศ. 1413 พระเจ้าเฮนรีที่ 4 เสด็จสวรรคตด้วยพระชนมายุ 46 พรรษา ร่างของพระองค์ถูกฝังที่อาสนวิหารแคนเทอร์บรีตรงข้ามกับหลุมศพของเจ้าชายดำ เจ้าชายเฮนรี พระราชโอรสของพระองค์ได้ขึ้นครองราชย์เป็นพระเจ้าเฮนรีที่ 5 กษัตริย์รัชกาลต่อมา