รัชสมัยของพระเจ้าเฮนรีที่ 4 เป็นรัชสมัยที่เต็มไปด้วยความขัดแย้งและการก่อกบฏ หลายคนมองว่าพระองค์แย่งชิงบัลลังก์มาอย่างไม่ชอบธรรม กลุ่มบุคคลสำคัญที่เคยช่วยพระองค์ปราบพระเจ้าริชาร์ดมุ่งมั่นกับการสร้างฐานอำนาจให้ตนเองมากกว่าการค้ำจุนราชบัลลังก์ ในเดือนมกราคม ค.ศ. 1400 กลุ่มผู้สนับสนุนอดีตกษัตริย์ได้วางแผนจับกุมตัวพระเจ้าเฮนรีที่ 4 ในงานเลี้ยงฉลองวันสมโภชพระคริสต์แสดงองค์เพื่อเอาบัลลังก์กลับคืนมาให้พระเจ้าริชาร์ดที่ 2 ทว่าแผนการล้มเหลว มีผู้สมคบคิดคนหนึ่งทรยศนำแผนการไปบอกแก่พระเจ้าเฮนรี แกนนำทั้งหมดถูกจับกุมตัวและถูกประหารชีวิต ในวันที่ 17 กุมภาพันธ์มีการประกาศว่าพระเจ้าริชาร์ดที่ 2 ได้เสด็จสวรรคตแล้วที่ปราสาทพอนเตอแฟรค ภายหลังในปี ค.ศ. 1871 ดีน สแตนลีย์แห่งเวสต์มินสเตอร์ได้ทำการพิสูจน์โครงกระดูกของพระองค์และไม่พบร่องรอยของความรุนแรงจึงคาดว่าพระองค์น่าจะสวรรคตเพราะความหิว แต่ยังไม่มีหลักฐานยืนยัน

ต่อมาในวันที่ 25 กรกฎาคมพระเจ้าเฮนรีได้นำทัพขึ้นเหนือเพื่อเตรียมบุกสกอตแลนด์ กองทัพอังกฤษไปถึงสกอตแลนด์ในเดือนสิงหาคมและได้ทำการปิดล้อมปราสาทเอดินบะระแต่ประสบความล้มเหลว ในวันที่ 16 กันยายน ในเวลส์ โอไวน์ เกลินดูร์ได้ก่อกบฏต่อพระเจ้าเฮนรีด้วยการประกาศตนเป็นเจ้าชายแห่งเวลส์และเข้ายึดปราสาทคอนเวย์ โดยมีพันธมิตรคือกลุ่มผู้สนับสนุนตระกูลมอร์ติเมอร์ที่มองว่าเอ็ดมันด์ มอร์ติเมอร์ ลูกหลานในสายไลโอเนลแห่งแอนท์เวิร์ป ดยุคแห่งแคลเรนซ์ (พระเชษฐาของจอห์นแห่งกอนท์ พระบิดาของพระเจ้าเฮนรีที่ 4) คือทายาทโดยชอบธรรมของพระเจ้าริชาร์ดที่ 2 ซึ่งควรได้เป็นกษัตริย์ตามสิทธิของบุตรหัวปี

ในเดือนมิถุนายน ค.ศ. 1401 ได้เกิดยุทธการที่เฮิดด์เกน กองทัพอังกฤษพ่ายแพ้แก่อกองทัพเวลส์บริเวณใกล้กับอาเบเริสทรุยส์ ในวันที่ 22 มิถุนายน ค.ศ. 1402 กองทัพอังกฤษได้ทำยุทธการที่เนสบิตมัวร์ปราบกลุ่มชาวสกอตแลนด์ที่ทำการรุกราน ในวันที่ 22 มิถุนายน กองกำลังอังกฤษพ่ายแพ้ต่อกลุ่มกบฏชาวเวลส์อีกครั้งในยุทธการที่เบรินกลาส ในวันที่ 14 กันยายนเฮนรี ฮอตสเปอร์นำกองกำลังอังกฤษปราบกลุ่มผู้รุกรานชาวสกอตแลนด์ในยุทธการที่ฮัมเบิลตันฮิลล์

ในช่วงปลายปี ค.ศ. 1402 ฌานแห่งนาวาร์ คู่หมั้นของพระเจ้าเฮนรี กับธิดาของพระนางเดินทางออกจากเบรอตาญมาอังกฤษ ในวันที่ 7 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 1403 พระเจ้าเฮนรีกับฌานสมรสกันที่อาสนวิหารวินเชสเตอร์ แต่พระราชินีคนใหม่ไม่เป็นที่นิยมของทั้งประชาชนและชนชั้นสูง

ในเดือนกรกฎาคมของปีนั้น เฮนรี เพอร์ซีหรือฮอตสเปอร์ บุตรชายของเอิร์ลแห่งนอร์ทัมเบอร์แลนด์และเขยของตระกูลมอร์ติเมอร์ประกาศตนเป็นพันธมิตรกับโอไวน์ เกลินดูร์และตระกูลมอร์ติเมอร์ในการต่อสู้กับพระเจ้าเฮนรี แต่ก่อนที่เฮนรี เพอร์ซีจะได้รวมกองทัพเข้ากับกลุ่มของตระกูลมอร์ติเมอร์ พระเจ้าเฮนรีได้นำทัพขึ้นเหนือและปราบเพอร์ซีได้ในยุทธการที่ชรูวส์บรีในวันที่ 21 กรกฎาคม เพอร์ซีถูกกองทัพของกษัตริย์สังหาร ผู้นำคนอื่นๆ ถูกประหารชีวิตด้วยการแขวนคอและถูกตัดหัวเสียบประจาน แต่พระเจ้าเฮนรีละเว้นโทษตายให้แก่เอิร์ลแห่งนอร์ทัมเบอร์แลนด์ บิดาของเพอร์ซีที่หนีไปสกอตแลนด์

ในวันที่ 14 มิถุนายน ค.ศ. 1404 โอไวน์ เกลินดูร์ประกาศตัวเป็นเจ้าชายแห่งเวลส์และร่วมเป็นพันธมิตรกับฝรั่งเศส ในวันที่ 11 มีนาคม ค.ศ. 1405 เฮนรีแห่งมอนเมาธ์ เจ้าชายแห่งเวลส์นำกองทัพอังกฤษปราบกลุ่มกบฏเวลส์ได้ที่ยุทธการที่กรอสมอนต์ (มอนเมาธ์เชอร์) กลุ่มกบฏเวลส์พ่ายแพ้ต่อกองกำลังอังกฤษอีกครั้งในยุทธการที่อัส์กในวันที่ 5 พฤษภาคม ในวันที่ 8 มิถุนายนริชาร์ด สกรอป อาร์ชบิชอปแห่งยอร์กได้ก่อกบฏต่อพระเจ้าเฮนรีที่ 4 โดยมีเฮนรี เพอร์ซี เอิร์ลแห่งนอร์ทัมเบอร์แลนด์ให้การสนับสนุน สกรอปพ่ายแพ้และถูกประหารชีวิต นอร์ทัมเบอร์แลนด์หนีไปสกอตแลนด์อีกครั้ง ในวันที่ 22 มีนาคม ค.ศ. 1406 พระเจ้าเฮนรีจับตัวเจมส์ ทายาทในบัลลังก์สกอตแลนด์มาอยู่ในการควบคุม เอิร์ลแห่งนอร์ทัมเบอร์รุกรานอังกฤษอีกครั้งในปี ค.ศ. 1408 โดยมีสกอตแลนด์ให้การสนับสนุน พระเจ้าเฮนรีนำทัพไปหากองกำลังดังกล่าวที่แบรมแฮมมัวร์ในวันที่ 19 กุมภาพันธ์และคว้าชัยชนะได้อย่างเด็ดขาด นอร์ทัมเบอร์แลนด์ถูกสังหารในสนามรบ