พันธะไฮโดรเจนและพันธะแฮโลเจนแสดงโดยเส้นประ

1 )   D ⋯ H − A {\displaystyle \mathrm {1)\ D\cdots H{-}A} } 2 )   Z − Y ⋯ X − R {\displaystyle \mathrm {2)\ Z{-}Y\cdots X{-}R} }

1. พันธะไฮโดรเจน
2. พันธะแฮโลเจน

ในกรณีของพันธะไฮโดรเจน อะตอมผู้ให้ (donor; D) คือ อะตอม กลุ่มของอะตอม หรือโมเลกุลที่มีความหนาแน่นของอิเล็กตรอนมากและสามารถสร้างอันตรกิริยาแบบดึงดูด (attractive interaction) กับอะตอมของไฮโดรเจนที่มีความหนาแน่นของอิเล็กตรอนต่ำได้ โดยอะตอมของไฮโดรเจนต้องมีการสร้างเกิดพันธะกับอะตอม A ที่มีความสามารถในการดึงดูดอิเล็กตรอนสูง เช่นเดียวกันกับในกรณีของพันธะแฮโลเจน อะตอม กลุ่มอะตอม หรือโมเลกุล R มีความสามารถในการดึงดูดอิเล็กตรอนสูง ทำให้อะตอมของแฮโลเจน X มีความหนาแน่นของอิเล็กตรอนต่ำหรือมีเป็นบริเวณที่เป็นอิเล็กโตรไฟล์ ทำให้เกิดอันตรกิริยาแบบดึงดูดกับอะตอม Y ซึ่งมีความหนาแน่นของอิเล็กตรอนสูงได้