พันธะแฮโลเจนกำลังเป็นที่สนใจของนักวิทยาศาสตร์สาขาผลิกศาสตร์โดยเฉพาะการออกแบบโครงสร้างผลึก ซึ่งพันธะแฮโลเจนได้ถูกใช้เป็นเครื่องมือในระดับโมเลกุลในการสร้างโครงสร้างผลึกให้มีสมบัติตามที่ออกแบบไว้ และยังพบพันธะชนิดนี้ในสารชีวโมเลกุลขนาดใหญ่อีกด้วย อย่างไรก็ตาม พันธะแฮโลเจนยังถือว่าเป็นอันตรกิริยาในระดับโมเลกุลที่ใหม่และยังไม่เป็นที่รู้จักอย่างแพร่หลายนัก