แรกเริ่มนั้นพิพิธภัณฑ์สัตว์น้ำมอนเทอเรย์เบย์ได้รับบริจาคเงินทุนจาก มูลนิธิ David and Lucile Packard ซึ่งได้สนับสนุนพิพิธภัณฑ์มาอย่างต่อเนื่อง ทุนดำเนินงานนั้นครอบคลุมทั้งค่าเข้าชม ค่าธรรมเนียม Special event และค่าธรรมเนียมสมาชิก[9] การจัดองค์กรภายในพิพิธภัณฑ์ได้แบ่งออกเป็นสามหน่วยงาน ได้แก่ มูลนิธิพิพิธภัณฑ์สัตว์น้ำ Monterey Bay, the Support Services และ the Research Institue ที่ดำเนินงานเรือเดินสมุทรสามลำสำหรับงานวิจัย