ในขั้นตอนการออกแบบขั้นพื้นฐานของพิพิธภัณฑ์ ได้ดำเนินการสูบน้ำทะเลจากอ่าวมอนเทอเรย์ตลอดทั้งวัน ด้วยอัตรา 2,000 แกลลอนต่อนาที สำหรับตู้จัดแสดงกว่า 100 ตู้ ในเวลากลางวันน้ำจะถูกกรองให้ใสขึ้น ขณะที่เวลากลางคืน น้ำทะเลดิบที่ยังไม่ผ่านการกรองจะถูกสูบเข้ามาในตู้ต่าง ๆ เพื่อนำแพลงก์ตอนเข้ามาสำหรับเป็นอาหารสัตว์ น้ำทะเลที่ใช้แล้วจากพิพิธภัณฑ์จะไหลลงสู่อ่าว การออกแบบลักษณะนี้พิพิธภัณฑ์เป็นส่วนหนึ่งของอ่าวในเชิงนิเวศวิทยา และทำให้สามารถเพาะเลี้ยงสิ่งมีชีวิตอย่าง Giant kelp ซึ่งปกติแล้วไม่สามารถเพาะเลี้ยงพิพิธภัณฑ์สัตว์น้ำทะเลทั่วไปได้