พิพิธภัณฑ์สัตว์น้ำมอนเทอเรย์เบย์มีความสัมพันธ์อย่างใกล้ชิดกับ Monterey Bay Aquarium Research Institute (MBARI) ซึ่งตั้งอยู่ที่ Moss Landing แคลิฟอร์เนีย ที่ส่วนต้นของ Monterey Canyon มีชื่อเสียงไปทั่วโลกจากการวิจัยสิ่งมีชีวิตใต้ทะเลลึกและงานวิจัยอื่น ๆ เกี่ยวกับชีววิทยาทางทะเล[8] อ่าว Monterey อยู่ในเขต Monterey Bay National Marine Sanctuary (MBNMS) ซึ่งเป็นพื้นที่อนุรักษ์ทางทะเล (เทียบเท่ากับอุทยานแห่งชาติทางทะเล) นอกชายฝั่งแคลิฟอร์เนียตอนกลาง

พิพิธภัณฑ์สัตว์น้ำมอนเทอเรย์เบย์เป็นพิพิธภัณฑ์สัตว์น้ำเพียงแห่งเดียวในโลกที่มีฉลามขาวยักษ์ไว้ในครอบครองเกิน 16 วัน ทางพิพิธภัณฑ์ประสบความสำเร็จในการเลี้ยงฉลามขาวที่ยังไม่โตเต็มที่ในหลาย ๆ ครั้ง และเจ้าหน้าที่ได้พัฒนากระบวนการจับ จัดแสดง ขนส่ง และปล่อยคืนสู่ธรรมชาติ ให้ละเอียดรอบคอบมากขึ้น ฉลามขาวแต่ละตัวจะถูกติด Tag ก่อนปล่อยออกสู่ทะเล โดยสาเหตุที่ต้องปล่อยอาจเนื่องมาจากเริ่มล่าสัตว์อื่น ๆ ในตู้เดียวกัน หรือจำเป็นต้องเคลื่อนย้ายเพื่อความปลอดภัยในการปล่อยออกสู่ทะเล