ปัจจุบันทีมชาติสาธารณรัฐเช็กอยู่ภายใต้การคุมทีมของ มิชาล บิเล็ค โดยก่อนหน้าที่จะมีการแยกตัวเมื่อปี ค.ศ. 1992 พวกเขาเข้าร่วมการแข่งขันในรายการของสหพันธ์ฟุตบอลระหว่างประเทศ (ฟีฟ่า) และสหภาพสมาคมฟุตบอลยุโรป (ยูฟ่า) ในชื่อของ โบฮีเมีย, ออสเตรีย-ฮังการี และ เช็กโกสโลวาเกีย ในช่วงทศวรรษที่ 90 เช็กโกสโลวาเกีย ได้แตกประเทศ และกลายเป็นสาธารณรัฐเช็กกับสโลวาเกียแทน

ภายหลังการแยกตัวในปี ค.ศ. 1992 สาธารณรัฐเช็กลงเล่นทัวร์นาเมนต์สำคัญแรกคือ ยูโร 1996 และพวกเขาก็สร้างประวัติศาสตร์เป็นรองแชมป์ในรายการนั้น ซึ่งเป็นผลงานที่ดีที่สุดของทีมนับตั้งแต่ร่วมแข่งขันมา แต่ถึงแม้ประสบความสำเร็จอย่างรวดเร็วตั้งแต่ต้น พวกเขากลับได้เล่นฟุตบอลโลกเพียงครั้งเดียวเท่านั้น คือในปี ค.ศ. 2006 ซึ่งตกรอบแรก เช่นเดียวกับการเก็บกระเป๋ากลับบ้านก่อนกำหนดในยูโร 2008 โดยสาธารณรัฐเช็กลงเล่นเกมอุ่นเครื่องนัดแรกในแมตช์เยือนตุรกี และชนะไป 4-1 เมื่อวันที่ 23 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 1994 และเข้าร่วมทัวร์นาเมนต์แรกคือยูโร 1996 ซึ่งในรอบคัดเลือกพวกเขาทำสถิติชนะ 6 เสมอ 3 และแพ้ 1 จบในอันดับ 1 ของกลุ่ม 5 ได้ผ่านเข้าไปเล่นรอบสุดท้ายที่ประเทศอังกฤษ ในยูโร 1996 รอบสุดท้าย สาธารณรัฐเช็กแพ้เยอรมนี 0-2 ในเกมแรก แต่พวกเขาก็ยังสามารถผ่านเข้าสู่รอบแพ้คัดออกได้สำเร็จ และยังคงเดินหน้าโชว์ฟอร์มเก่งอย่างต่อเนื่อง ภายใต้การนำทัพของยอดดาวเตะอย่าง พาเวล เนดเวด, แพทริก แบร์เกอร์ และ คาเรล โพดอลสกี้ จนทะลุเข้าไปชิงชนะเลิศกับเยอรมนี แต่ก็ต้องแพ้ไป 2-1 จากโกลเด้นโกลของ โอลิเวอร์ เบียร์โฮฟฟ์ ในช่วงต่อเวลาพิเศษที่สนามกีฬาเวมบลีย์

จากความสำเร็จอย่างยิ่งใหญ่ในยูโร 1996 ทำให้สาธารณรัฐเช็กได้รับการคาดหมายว่าจะสามารถผ่านเข้าไปเล่นฟุตบอลโลก 1998 ที่ประเทศฝรั่งเศส อย่างไรก็ตาม พวกเขาจบเพียงอันดับ 3 ในรอบคัดเลือก ตามหลังสเปนและยูโกสลาเวีย ทำให้ต้องพลาดเข้าไปเล่นในทัวร์นาเมนต์นั้น

ในช่วงยุค 2000 สาธารณรัฐเช็กสามารถเข้าไปเล่นยูโร 2000 ที่ประเทศเนเธอร์แลนด์และประเทศเบลเยี่ยมได้สำเร็จ โดยในรอบคัดเลือก พวกเขามีเกมรับเหนียวแน่น เสียไปเพียง 5 ประตูเท่านั้นจาก 10 นัด แต่ในรอบสุดท้ายพวกเขาต้องโชคร้ายเมื่อต้องเจอกับเนเธอร์แลนด์เจ้าภาพ เมื่อยิงชนเสาชนคานถึง 3 ครั้ง ก่อนจะแพ้ 0-1 จากจุดโทษในนาทีสุดท้าย และแพ้ฝรั่งเศส 1-2 แม้จะปิดท้ายด้วยการชนะ เดนมาร์ก 2-0 แต่พวกเขาก็ต้องตกรอบแรก รวมทั้งสาธารณรัฐเช็กก็พลาดในการเข้าไปเล่นฟุตบอลโลก 2002 ที่ประเทศญี่ปุ่นและประเทศเกาหลีใต้ เมื่อพวกเขาจบอันดับ 2 ของกลุ่มในรอบคัดเลือก ตามหลังเดนมาร์ก และแพ้เบลเยียมในเกมเพลย์ออฟ

จากความล้มเหลวในครั้งนั้นทำให้พวกเขาต้องปรับโครงสร้างของทีมใหม่ทั้งหมด และนักเตะที่เป็นแกนหลักของทีมได้แก่ พาเวล เนดเวด, ยาน โคลเลอร์, มิลาน บารอส, มาเร็ค ยานคูลอฟสกี้ และ โทมัส กาลาเซ็ค รวมทั้งผู้รักษาประตูดาวรุ่งอย่าง เปเตอร์ เช็ค สาธารณรัฐเช็กยุคใหม่ทำสถิติสุดยอดระหว่างปี ค.ศ. 2002 - 2003 จากการถล่มคู่แข่งถึง 53 ประตูจาก 19 นัด และไม่พ่ายแพ้ต่อทีมใดเลย รวมทั้งผ่านเข้าไปเล่นยูโร 2004 ได้อย่างง่ายดาย และได้รับการยกย่องว่ามีโอกาสที่จะสอดแทรกขึ้นมาคว้าแชมป์ที่ประเทศโปรตุเกสมาครองได้ ทว่าสถิติไร้ถ่าย 20 นัดของพวกเขาต้องสิ้นสุดลงจากการแพ้ไอร์แลนด์ในเกมอุ่นเครื่องเมื่อวันที่ 31 มีนาคม ค.ศ. 2004 สาธารณรัฐเช็กชนะรวดทั้ง 3 นัดในรอบแบ่งกลุ่ม ซึ่งรวมถึงชนะเนเธอร์แลนด์ 2-0 และชนะเยอรมนี 3-2 ก่อนจะชนะเดนมาร์กในรอบ 8 ทีมสุดท้าย และเข้าไปเจอกับกรีซ ม้ามืดประจำทัวร์นาเมนต์ แต่พวกเขาก็ต้องหยุดเส้นทางเอาไว้เพียงรอบนี้เมื่อมาโดนยิงซิลเวอร์โกลในช่วงต่อเวลาพิเศษ หลังจากที่มีโอกาสจะเป็นผู้ชนะในแมตช์นั้นอยู่หลายครั้ง ก่อนที่กรีซจะผ่านเข้าไปคว้าแชมป์ยูโร 2004 ได้อย่างสุดเหลือเชื่อ

สาธารณรัฐเช็กทำสถิติของตัวเองขึ้นใหม่ใน ฟุตบอลโลก 2006 รอบคัดเลือก เมื่อพวกเขาถล่ม อันดอร์ร่า 8-1 และในแมตช์เดียวกันนั้น ยาน โคลเลอร์ ก็กลายเป็นดาวซัลโวสูงสุดตลอดกาลของทีมชาติ ด้วยจำนวน 35 ประตู และพวกเขาก็จบลงด้วยการเป็นอันดับ 2 ของกลุ่ม ก่อนชนะนอร์เวย์ในรอบเพลย์ออฟ ทำให้ทีมได้ผ่านเข้าไปเล่นฟุตบอลโลกได้เป็นครั้งแรก สาธารณรัฐเช็กได้รับข่าวดีเมื่อ พาเวล เนดเวด ตัดสินใจกลับมาเล่นให้ทีมชาติอีกครั้ง หลังเคยประกาศเลิกเล่นเมื่อจบการแข่งขันยูโร 2004 และสมาชิกชุดฟุตบอลโลก 2006 ก็มาจากชุดยูโร 2004 ถึง 18 คนเลยทีเดียว ทว่าพวกเขาก็ต้องตกรอบแรกที่ประเทศเยอรมนีอย่างสุดเหลือเชื่อ ทั้งที่ชนะสหรัฐอเมริกา 3-0 ในเกมแรก แต่ก็แพ้กาน่าและอิตาลีในอีก 2 นัดต่อจากนั้น และหลังจบทัวร์นาเมนต์ พาเวล เนดเวด, คาเรล โพดอลสกี้ และวราติสลาฟ ล็อกเวนซ์ ต่างก็ประกาศแขวนสตั๊ดหลังความผิดหวังในฟุตบอลโลก 2006 นั้น โดยสาธารณรัฐเช็กกลับมาทำได้ดีอีกครั้งในการแข่งขันยูโร 2008 รอบคัดเลือก จากการคว้าแชมป์กลุ่ม จบในอันดับที่เหนือกว่าเยอรมนี และในการแข่งขันรอบสุดท้ายที่ประเทศออสเตรียและประเทศสวิตเซอร์แลนด์ สาธารณรัฐเช็กเอาชนะเจ้าภาพร่วมไปได้ 1-0 ในรอบแบ่งกลุ่มนัดแรก ก่อนจะแพ้โปรตุเกส 1-3 และแพ้ตุรกี 3-2 ส่งผลให้ต้องตกรอบแรกไปอย่างเหลือเชื่อ และเป็นแมตช์สุดท้ายที่ คาเรล บรูคเนอร์ คุมทีม

ในฟุตบอลโลก 2010 รอบคัดเลือก สาธารณรัฐเช็กภายใต้การคุมทีมของ ปีเตอร์ ราด้า ทำผลงานได้ย่ำแย่อย่างมาก ทำให้เขาต้องถูกปลดจากตำแหน่ง และนักเตะอีก 6 คนของโทษถูกแบนจากทีมชาติ และถึงแม้มีการแต่งตั้ง อิวาน ฮาเซ็ค เข้ามาคุมทีมแทน แต่ก็ไม่สามารถนำทีมไปเล่นรอบสุดท้ายที่ประเทศแอฟริกาใต้ได้ โดยจบรอบคัดเลือกเพียงอันดับ 3 ของกลุ่ม ทำให้ อิวาน ฮาเซ็ค ประกาศลาออก

สาธารณรัฐเช็กเข้าสู่การเปลี่ยนแปลงทีมอีกครั้ง โดยอยู่ภายใต้การคุมทีมของ มิชาล บิเล็ค โดยในยูโร 2012 รอบคัดเลือก ทีมเริ่มต้นด้วยการแพ้ลิทัวเนีย แต่พวกเขาก็คว้าชัยชนะนัดสำคัญได้ในการเจอสกอตแลนด์ ตามด้วยชนะลิกเตนสไตน์ และถึงแม้จะแพ้ต่อสเปน แชมป์ฟุตบอลโลก 2010 พวกเขาก็ยังคว้าสิทธิ์ไปเล่นเพลย์ออฟได้สำเร็จ และได้ผ่านเข้าไปเล่นในรอบสุดท้ายที่ประเทศโปแลนด์และประเทศยูเครนโดยชนะมอนเตเนโกรด้วยประตูรวม 2 นัด 3-0 โดยในรอบสุดท้าย แม้นัดแรกในรอบแบ่งกลุ่มจะแพ้รัสเซียไป 4-1 แต่ 2 นัดที่เหลือสามารถชนะได้ทั้งหมด เริ่มจากชนะกรีซไป 2-1 และชนะโปแลนด์ไป 1-0 ผ่านเข้ารอบเป็นแชมป์กลุ่ม แต่ก็ต้องตกรอบไปด้วยการแพ้โปรตุเกสไป 0-1

ส่วนฟุตบอลโลก 2014 รอบคัดเลือก สาธารณรัฐเช็กจบรอบคัดเลือกเพียงอันดับ 3 ของกลุ่ม B ทำให้ไม่ผ่านเข้าไปเล่นรอบสุดท้ายที่ประเทศบราซิล ส่วนยูโร 2016 สาธารณรัฐเช็กคว้าแชมป์กลุ่ม A ทำให้ได้สิทธิ์ไปเล่นรอบสุดท้ายที่ประเทศฝรั่งเศสทันที